Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ? - Page 2
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Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ?



  1. #31
    yves95210

    Re : Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ?


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    Citation Envoyé par FabiFlam Voir le message
    j'ai bien l'impression que l'auteur a inversé la spécificité et la sensibilité.

    Je trouvais très bizarre le chiffre donné par B4lbu de seulement 28% d'infectés sur les tests revenus positifs. C'est très peu.

    Mais il utilise une spécificité de 75% et une sensibilité de 90%. Dans tous les documents que j'ai lu sur la PCR COVID j'ai plutôt vu l'inverse : des spécificités de 99%, et des sensibilités variant de 50% à 80%.
    Je ne sais pas de quand date cette page. Mais ces pourcentages dépendent du type de test utilisé, et donc de la période à laquelle les tests ont été faits :
    L'un des premiers tests de Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction, en abrégé RT-PCR, a été développé à La Charité à Berlin en janvier 2020 en utilisant la PCR quantitative et a formé la base de 250 000 kits que l'OMS distribue[2]. Le 2 mars, l'OMS diffuse un protocole-type établi par l'institut Pasteur de Paris[3]. D'après une étude coréenne, ce dernier test aurait une sensibilité inférieure à la détection du gène N[4].

    La sensibilité de ce type de test est évaluée entre 50 et 60 % et la spécificité est assez mauvaise à 75 % , contre 99 % et 98 % pour les tests PCR multiplex[5], qui ne sont pas encore utilisés au début du mois de mai 2020.
    (source)
    J'ose espérer que c'est le deuxième type de test qui est utilisé aujourd'hui ?

    La page citée permet de faire varier les différents paramètres, donc tu peux regarder ce que ça donne avec les pourcentages de spécificité et de sensibilité que tu indiques.

    D'autre part, les calculs sont faits par défaut avec une prévalence de 10%; c'est l'ordre de grandeur de la proportion de la population qui a été infectée depuis 10 mois (sans-doute plutôt 15% aujourd'hui). Mais les personnes infectées ne le restent pas indéfiniment; je ne sais pas exactement quelle est la période suivant la contamination durant laquelle le virus est présent en quantité suffisante pour qu'elles soient infectées (et infectieuses). Mais il me semble qu'en moyenne c'est plutôt de l'ordre d'une dizaine de jours (2 ou 3 avant l'apparition des symptômes chez ceux qui en ont; 7 ou 8 après). C'est donc le nombre de personnes contaminées en 10 jours qu'il faut considérer et non le nombre total depuis le début de l'épidémie. En ce moment cela doit représenter moins de 0,5% de la population.

    Si on veut estimer le taux de faux-positifs (ou de faux-négatifs) dans une campagne de tests aléatoires sur la population, c'est l'incidence qu'il faut utiliser (% de la population nouvellement infectée durant cette période), et non la prévalence (% de la population ayant été infectée depuis le début de l'épidémie).

    Mais là aussi, c'est un paramètre que tu peux modifier (mais seulement par pas de 1%) si tu veux obtenir un résultat plus réaliste.
    Et par exemple, en réglant le paramètre nommé "prévalence" (qui devrait être l'incidence) à 1%, la sensibilité à 70% et la spécificité à 98%, je trouve une probabilité de 26% d'être réellement infecté lorsque le résultat du test est positif (44% avec une spécificité de 99%).
    C'est normal : 2% de 99% de l'échantillon testé sont des faux positifs, et 98% de 1% de l'échantillon sont des vrais positifs, au total ça fait un peu moins de 3% de résultats positifs alors qu'il n'y a que 1% de personnes vraiment infectées...

    D'où effectivement un vrai problème si le résultat positif du test PCR est le seul critère utilisé pour contraindre les gens à s'isoler.
    Sauf s'ils ont des symptômes (même si ceux-ci ne sont pas spécifiques au Covid : après tout pour d'autre maladies respiratoires contagieuses, l'isolement pour éviter de contaminer d'autres personnes devrait aussi être la règle...). Ou, en l'absence de symptômes, si on sait qu'ils ont été en contact prolongé avec un patient Covid avéré (là aussi par la présence de symptômes).
    Autrement dit, dans le cadre d'une campagne de tests aléatoires, en cas de résultat positif le diagnostic devrait systématiquement être confirmé par un avis médical.
    Tout autant qu'en cas de résultat négatif; mais dans ce cas tout le monde devrait en être conscient compte-tenu du taux de faux négatifs...

    Evidemment la situation n'est pas la même si on ne fait pas des tests aléatoirement, et qu'on cible les personnes ayant des symptômes et les contacts proches de cas confirmés.
    Comme la plupart des symptômes caractéristiques du Covid dans les cas bénins ou modérés (et de manière générale dans les premiers jours de la maladie) ne lui sont pas spécifiques (et peuvent être les même que pour un rhume commun ou la grippe), en cette saison ce ne sont peut-être que 20% des personnes ayant ces symptômes qui sont réellement malades du Covid.
    Mais cela donne quand-même des résultats bien meilleurs : avec les mêmes taux de sensibilité (70%) et de spécificité (98%) que ci-dessus, si 20% des personnes ciblées sont réellement infectées, la probabilité d'être infecté lorsque le résultat du test est positif est de 90% (95% si la spécificité est de 99%).

    En résumé : plus les tests sont réalisés massivement, indépendamment de la présence de symptômes ou de l'existence de contacts connus avec des personnes déjà diagnostiquées, plus les résultats sont à prendre avec des pincettes.

    -----

  2. #32
    FabiFlam

    Re : Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ?

    Citation Envoyé par papy-alain Voir le message
    Clair que, sans faire aucun calcul, cette probabilité de 28 % apparaissait irréaliste car, dans ce cas, les tests PCR n'auraient eu aucun intérêt.
    Non détrompe-toi, si tu te places dans l'hypothèse basse (90% de spécificité et 50% de sensibilité), c'est pire:

    Avec 10% d'infectés dans la population, on aura sur 1000 tests: 50 tests positifs corrects et 90 tests positifs incorrects, soit seulement 50/140 = 36% de chances d'être infecté si on reçoit un test positif.

    C'est apparemment très mauvais mais supposons qu'on ne teste que les personnes symptomatiques et que 90% de ces personnes ont été réellement infectées par le COVID (on est en période d'épidémie et c'est le principal virus qui sévit), sur ces personnes 94% de celles qui auront un test positif sauront que leurs symptômes sont dus à la COVID et non à un autre virus. Ce n'est pas ridicule.

    Donc il y a la sensibilité et la spécificité, et la manière dont le test est utilisé qui compte pour avoir une idée de son utilité.

    FabiFlam
    Dernière modification par FabiFlam ; 27/12/2020 à 11h16.

  3. #33
    FabiFlam

    Re : Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    D'autre part, les calculs sont faits par défaut avec une prévalence de 10%; c'est l'ordre de grandeur de la proportion de la population qui a été infectée depuis 10 mois (sans-doute plutôt 15% aujourd'hui). Mais les personnes infectées ne le restent pas indéfiniment; je ne sais pas exactement quelle est la période suivant la contamination durant laquelle le virus est présent en quantité suffisante pour qu'elles soient infectées (et infectieuses). Mais il me semble qu'en moyenne c'est plutôt de l'ordre d'une dizaine de jours (2 ou 3 avant l'apparition des symptômes chez ceux qui en ont; 7 ou 8 après). C'est donc le nombre de personnes contaminées en 10 jours qu'il faut considérer et non le nombre total depuis le début de l'épidémie. En ce moment cela doit représenter moins de 0,5% de la population.
    Bien vu ! Autant pour moi ! A ce moment là ce n'est même pas la peine de faire le calcul: aucun test n'est assez spécifique ni assez sensible pour que dépister la population générale ait un intérêt !

    FabiFlam

  4. #34
    FabiFlam

    Re : Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ?

    Enfin je modère ce que je viens d'écrire: ça peut avoir un intérêt si on cherche à dépister les asymptomatiques, mais l'étude réclamera d'autres investigations que le simple test PCR.

    FabiFlam

  5. #35
    FabiFlam

    Re : Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    D'où effectivement un vrai problème si le résultat positif du test PCR est le seul critère utilisé pour contraindre les gens à s'isoler.
    Si on fait des tests aléatoirement, c'est un problème, mais comme ce sont les cas contacts (généralement la famille) qui sont testés, la probabilité de faux positifs diminue fortement. Exemple: si dans une famille de 4 tu testes 3 positifs, même asymptomatiques il y a de grosses chances pour qu'ils aient effectivement été infectés.

    FabiFlam

  6. #36
    yves95210

    Re : Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ?

    Clairement, ce qui compte, encore plus de la sensibilité et de la sélectivité des tests, c'est la qualité du choix de la population testée, choix qui doit être fait en fonction de la situation de l'épidémie.

    A aucun moment durant l'épidémie en France l'incidence hebdomadaire n'a fortement dépassé 1% : sinon le nombre d'hospitalisations par semaine aurait fortement dépassé les 20000, à peu près ce qu'on a connu brièvement lors des pics des deux vagues.
    Mais si seulement 20% des "cas suspects" (personnes ayant divers symptômes) sont réellement infectés, si on voulait tester tous ces cas lorsque la vague est au plus haut ça représenterait 3 millions de tests par semaine (5 fois 1% de 60 millions). Dans une telle période (surtout quand une grande partie de la population est confinée), autant limiter les tests aux personnes à risque (soit pour elles-mêmes soit pour leurs contacts éventuels). De toute façon, même si on détecte de manière exhaustive les personnes infectées, hors confinement le nombre de leurs contacts à risque sera trop élevé pour qu'on soit capable de tous les identifier et tester.

    En revanche, lorsque la circulation du virus est assez faible (avec un taux d'incidence inférieur à 0,1%), le fait d'être capable de tester tous les cas suspects (et la bonne volonté des personnes concernées pour se faire tester) permettrait de détecter 70 à 80% des porteurs du virus symptomatiques (ou asymptomatiques mais connus comme cas contact). Dans une telle période il est probable que parmi les personnes ayant divers symptômes peu spécifiques, la proportion de celles qui ont réellement le Covid soit plus faible, disons 10% (c'était à peu près le taux de positivité des tests chez les personnes symptomatiques au mois d'août). Si tous les cas suspects sont testés, cela représente 600000 tests par semaine, dont 40000 à 50000 résultats positifs et peut-être 150000 à 200000 contacts à tracer.
    Et là, la stratégie de test + isolement peut fonctionner, tout en ne conduisant à isoler à tort (faux positifs) qu'un petit nombre de personnes (10000 par semaine) - à condition que les résultats des tests soient communiqués dans les 24 heures (puisqu'en attendant le résultat, le patient devrait s'isoler).

  7. #37
    invite7a0a8d2e

    Re : Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ?

    Quelques questions que je me pose concernant la sensibilité/spécificité des tests :
    Refaire plusieurs fois le même test diminue-t-il les erreurs du test (faux positif et/ou faux négatif) ?
    Quelles sont les causes physiques des erreurs de test, et y a-t-il moyen, sachant la cause le cas échéant, de diminuer les erreurs ?

    J'ai vu par exemple qu'on avait eu des faux négatifs du fait de "faire les tests" dehors, alors que la basse température ne permet pas bien aux réactifs d'agir.
    Ou alors que certains tests seraient trop sensibles, détectant même des particules de virus exogènes (ne venant pas des patients).

  8. #38
    FabiFlam

    Re : Actu - Coronavirus : pourquoi la stratégie des tests de dépistage a échoué ?

    Brainman,

    Tu poses très bien la problématique des tests qui ne se limite pas à leur spécificité ni à leur sensibilité mais aussi les seuils de détection les conditions d'utilisation etc ...

    Je ne pense pas qu'il y ait de réponse systématique à cette question, il y a souvent dans les tests des zones où le résultat est considéré comme douteux. A ce moment là, faut-il refaire le test ou interpréter en fonction du contexte ?

    Les causes d'erreurs ne sont pas forcément simples à cerner au cas par cas, il y a plutôt une statistique de ces causes, du coup c'est vraiment au médecin de décider ce qu'il convient de faire selon moi.

    FabiFlam

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