Actu - Le microbiote et les symptômes de la Covid-19 sont corrélés

[invite94355a9b]

Comment évolue la composition du microbiote intestinal pendant et après une infection à SARS-CoV-2 ? Détails dans cet article.*

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[Flyingbike]

Bonjour Julien

J'ai parcouru ce papier hier en me disant qu'il n'allait pas tarder a arriver ici



La meilleure façon, selon moi, d'explorer la causalité du microbiote dans le développement de formes sévères, c'est par étude prospective. Sans cela, on ne peut, comme tu le rappelles, exclure un effet de la maladie (ou du traitement, ou de la baisse d'activité, ou modification de l'alimentation, ou séjour hospitalier, etc...) sur la dysbiose.

Evidemment, comme il s'agit d'analyser le microbiote effectivement très hétérogène, pour avoir des données solides sur des évènements rares on part sur des dizaines de milliers de patients. Et en séquençage métagénomique shotgun, on est à plusieurs centaines d'euros par échantillon.

[BarbuSceptique]

Salut Julien

Oui récolter des données de façon prospective semble la meilleure solution pour éviter un maximum de biais c'est clair. Après, des designs du style "arbre de forêt" comme dans d'autres papiers que j'ai déjà écris pourrait être sympa à réaliser aussi lorsqu'on aura suffisamment de jeux de données !

Mais oui, les contraintes financières sont colossales...

[jacodepo]

Vous allez chercher des scientifiques du bout du monde, alors que des trouveurs de ############ à Lille ont déjà décrit l'action de la molécule naturellement présente dans l'intestin des personnes en bonne santé : c'est une lipoprotéine avec domaine CHAP synthétisée par les bifides, qui dans le mucus intestinal, s'oppose à la translocation des bactéries du microbiote. Des travaux sur coxaki virus ont montré que la lipoprotéine, par son domaine CHAP empêche la clé par laquelle les virus pénètrent dans les cellules (ou les bactéries) de fonctionner. Les vibrions issus des cellules infectées ne pouvant plus se répandre, la progression virale est stoppée. Des travaux récents non encore publiés montent que SARSCOV2 est aussi bloqué par la lipoprotéine synthétisée par les bifides. Notez que cette lipoprotéine est aussi présente dans le lait maternel pour protéger le nourrisson des translocations du microbiote intestinal en cours de formation ( publié) ############ sait faire produire in vitro la lipo. par une souche de bifidum longum sélectionnée pour sa productivité.

Domaine CHAP : ensemble de 100à140 acides aminées ayant une fonction enzymatique capable de lyser les peptidoglycanes des bactéries, et ########## l a montré, empêcher la fonction enzymatique des virus pour entrer dans les cellules

[A voir en vidéo sur Futura]

[Flyingbike]

Vous allez chercher des scientifiques du bout du monde, alors que des trouveurs de ############à Lille ont déjà décrit l'action de la molécule naturellement présente dans l'intestin des personnes en bonne santé : c'est une lipoprotéine avec domaine CHAP synthétisée par les bifides, qui dans le mucus intestinal, s'oppose à la translocation des bactéries du microbiote. Des travaux sur coxaki virus ont montré que la lipoprotéine, par son domaine CHAP empêche la clé par laquelle les virus pénètrent dans les cellules (ou les bactéries) de fonctionner. Les vibrions issus des cellules infectées ne pouvant plus se répandre, la progression virale est stoppée. Des travaux récents non encore publiés montent que SARSCOV2 est aussi bloqué par la lipoprotéine synthétisée par les bifides. Notez que cette lipoprotéine est aussi présente dans le lait maternel pour protéger le nourrisson des translocations du microbiote intestinal en cours de formation ( publié) ########## sait faire produire in vitro la lipo. par une souche de bifidum longum sélectionnée pour sa productivité.

Domaine CHAP : ensemble de 100à140 acides aminées ayant une fonction enzymatique capable de lyser les peptidoglycanes des bactéries, et ############ l a montré, empêcher la fonction enzymatique des virus pour entrer dans les cellules

Aucun rapport avec le sujet, aucun recul et intervention non pertinente. Des boites qui vendent à prix d'or des bactéries lactiques sans preuve d'effet (puisque ce sont des compléments alimentaires) y'en a des tonnes. Nous sommes sur un forum scientifique, pas sur une boutique du télé achat.

[syborgg]

Si on a pu mettre des milliards sur des tests RT-PCR, on doit pouvoir mettre 200 E par personne pour determiner le microbiote intestinal (par PCR aussi d'ailleurs..) de quelques milliers de patients dans le cadre d'une etude prospective...

[Flyingbike]

ben oui, évidemment. Encore un yaka faucon qui fait de la clinique de canapé ?

C'est qui "on" ?

[syborgg]

Ca ne vous derangerait pas de ne pas etre aussi agressif ?... Tu crois tout savoir toi ?... "on" c'est evident dans ce contexte, c'est l'etat !

[Flyingbike]

Ca ne vous derangerait pas de ne pas etre aussi agressif ?... Tu crois tout savoir toi ?... "on" c'est evident dans ce contexte, c'est l'etat !

BIEN SUR QUE NON JE NE SAIS PAS TOUT, sauf que moi, quand je ne sais pas, je ne la ramène pas en disant "yaka faucon l'état ceci l'état cela, il suffit de". Et en l'occurrence, les essais cliniques axés microbiote, je sais PARFAITEMENT comment ça fonctionne.

Alors maintenant, merci de m'expliquer pourquoi l'état mettrait des millions dans une étude, et dans quel but, et avec quelle légitimité ????

[syborgg]

Je n'ai pas envie de continuer a discuter dans ces conditions. Tant d'agressivite c'est louche. Va boire un tilleul et une douche froide et on en reparlera apres.. Au cas ou tu ne l'aurais pas remarque je ne suis pas un inculte qui va parler pour ne rien dire au cafe du coin. Un peu de subtilite ne ferait pas de mal.

[Flyingbike]

Ce n’est pas une discussion, c’est une personne qui se greffe sur une discussion en pensant que la solution c’est qu’il n’y a qu’à mettre de l’argent tombé du ciel pour faire une étude sans visiblement y réfléchir un peu plus. Dans l’état, ça relève plus d’une discussion de comptoir que d’une discussion scientifique.

[JPL]

Je confirme que Flyingbike est particulièrement compétent pour parler du microbiote et si ces interventions le fâchent il y a une bonne raison.

Merci de revenir à des questions pour apprendre ou contribuer, et non pour polémiquer. Fin de cette polémique déplacée.

[syborgg]

Le probleme ici n'est pas sa competence (dont je ne doute pas) mais plutot son agressivite. Surtout venant d'un moderateur, qui devraient en principe montrer l'exemple en se contenant et en etant courtois. Ce n'est d'ailleurs pas le seul moderateur qui as cette tendance agressive. Je n'avais aucune intention de polemiquer par ailleurs, c'est un proces d'intention que tu me portes. Maintenant si cette partie du Forum est une chasse gardee destinee a la quelque dizaine de moderateurs et intervenants qui tournent en boucle et sont toujours d'accord sur tout, et qui ne souffrent pas l'intervention d'autres personnes portant la moindre contradiction, alors autant le dire tout de suite ca sera clair

[Flyingbike]

Je suis particulièrement agacé de la tournure de la plupart des discussions sur ce sujet puisque chacun peut donner son avis avec, la plupart du temps, une vision totalement excentrée du problème = hors réalité.

C'est pour cette raison aussi que ces discussions sont difficiles à modérer.

Ici, c'est parti de votre suggestion irréaliste résumée par "il suffit que l'état paye". Je ne doute pas de votre bonne volonté mais c'est totalement déconnecté du fonctionnement réel de la recherche.
Excusez moi pour cet agacement qui vous a peut être paru soudain, mais cela reflète une frustration croissante due aux sujets Covid.

Je propose de transformer cela en discussion constructive.



Pour en revenir donc au sujet initial, si on veut répondre avec pertinence à la question de "le microbiote est il un facteur de risque dans la survenue du Covid (ou de formes graves du Covid)", il faut grosso-modo recruter des patients non malades, analyser le microbiote, et ensuite le comparer avec leur microbiote une fois qu'ils auront éventuellement déclaré la maladie. Et, pour bien faire, il faudrait également faire une analyse post-maladie. Rien qu'avec ce design simpliste, on est à 3 analyses par patient. Il reste ensuite à inclure suffisamment de volontaires pour en avoir suffisamment déclarant la maladie et pouvoir, après stratification par sévérité, pouvoir faire des comparaisons statistiques.

On en arrive très rapidement à des études extrêmement complexes qui ne sont de toute façon PAS à la charge de l'état. Une telle étude coute des dizaines de millions d'euros.

On a également la possibilité d'essayer de tirer des informations de prélèvements ou de données existantes, qui auraient été collectées dans le cadre d'autres études ou d'études plus petites. Ce n'est pas forcément plus facile car il se pose ici la question de l'homogénéité : critères d'inclusion, données cliniques collectées, modalités de prélèvement et d'analyse des échantillons, ....


C'est évident que ce genre d'étude est en train d'être fait, le problème est qu'en attendant, avec la précipitation et l'effet de mode "microbiote" et "Covid", ne sortent que des études de petits effectifs aux conclusions très limitées (comme expliqué par Julien Hernandez dans cet article) et qu'au final, on n'en sait pas beaucoup plus.

[syborgg]

Je me felicite de ton explication a froid a propos de ton enervement, que je comprends en partie. De cette facon c'est plus facile et agreable de discuter sereinement. Mais tu devrais faire attention en tant que moderateur tout de meme....

Il y a eu un malentendu des de le depart : le fond de ma breve intervention n'etait pas de dire "il suffit que l'etat paye", bien entendu je suis conscient que ce genre d'etudes est complexe a concevoir et a mener a terme, je ne suis pas si eloigne que cela de la "realite" de la recherche bio medicale. C'etait plutot, sous forme de boutade, de souligner que moins du centieme de ce que l'etat aura debourse au final pour les test RT-PCR suffirait pour financer ce genre d'etudes, et que ca serait (conditionnel j'insiste) peu etre plus utile.

Ceci etant dit, tu dis si j'ai bien compris que ce genre d'etudes ne peut (ou ne doit ?) pas etre financee par des fonds publics. C'est bien cela ? Si oui pourquoi ?

D'autre part, y a t il des resultats de nature mathematique en bio stats qui disent a partir de quels effectifs de patients inclus les resultats d'un RCT peuvent ils etre consideres comme extremement fiables ? Je demande car souvent on entend dire qu'on ne peut pas tirer de conclusions de tel ou tel RCT car les effectifs etaient trop reduits, comme c'est le cas ici (oui il ne s'agit pas d'un RCT ici, mais la question est la meme dans ce cas).

[Flyingbike]

Ceci etant dit, tu dis si j'ai bien compris que ce genre d'etudes ne peut (ou ne doit ?) pas etre financee par des fonds publics. C'est bien cela ? Si oui pourquoi ?

Cela reste de la recherche relativement fondamentale, et ce n'est pas le rôle d'un état d'injecter directement là dedans. Ce genre d'étude pourrait être pris en charge par des organismes de recherche (type INSERM) mais ils n'ont de toute façon pas les épaules pour gérer financièrement cela, du moins pas sans fonds externes. Ce type de design d'étude est généralement multicentrique, c'est à dire qu'il y a plusieurs centres investigateurs, potentiellement a plusieurs endroits du globe, avec toutes les complications logistiques qui vont avec.

D'autre part, y a t il des resultats de nature mathematique en bio stats qui disent a partir de quels effectifs de patients inclus les resultats d'un RCT peuvent ils etre consideres comme extremement fiables ? Je demande car souvent on entend dire qu'on ne peut pas tirer de conclusions de tel ou tel RCT car les effectifs etaient trop reduits, comme c'est le cas ici (oui il ne s'agit pas d'un RCT ici, mais la question est la meme dans ce cas).

Les données qu'on peut être amené à comparer quand on étudie le microbiote, par exemple, sont de même nature que toute autre donnée. On peut donc calculer la fiabilité d'un résultat en fonction de l'écart mesuré, de la variabilité et du nombre d'échantillons. Si on fait un RCT pour tester l'effet d'un antihypertenseur, c'est simple : on connait d'avance les valeurs et leur répartition, il est facile de déterminer qu'il faut N patients pour espérer un résultat solide sur une réduction de X de la tension artérielle après traitement.
Dans le cas présent, c'est cependant difficile à évaluera priori car on ne sait pas nécessairement, qualitativement et quantitativement, ce qu'on peut être amené à observer, et l'analyse des données n'est pas formalisé a priori, à part du moins dans les grandes lignes. On peut être large pour déterminer, par exemple, une alpha diversité microbienne diminuée dans les patients qui vont développer une forme sévère, mais se rendre compte que si on affine l'analyse par sexe, en excluant les patients qui ont eu tel ou tel traitement et qu'on s'intéresse à l'abondance de telle ou telle espèce qui a l'air fortement corrélée au risque de décès, on est trop juste en effectif.

[syborgg]

Justement, la plus grande partie de la recherche fondamentale (biomedicale et autre) ne se fait elle pas dans les universites, financees majoritairement par des fonds publics ?..

[Flyingbike]

Justement, la plus grande partie de la recherche fondamentale (biomedicale et autre) ne se fait elle pas dans les universites

les universités ou autres établissements publics

financees majoritairement par des fonds publics ?..

justement non. En se contentant de la dotation de base, on ne peut pas faire grand chose. Les chercheurs titulaires des EPST ne font plus tant de recherche : ils courent après l'argent. Et je n'exagère pas.

[syborgg]

J'en profite pour m'insrtuire un peu sur le sujet : je comprends qu'il y a des partenariats public-prive, mais exactement, ou se fait la recherche biomedicale fondamentale aujourd'hui en France ?

[Flyingbike]

Dans les EPST (INRA/INSERM/CNRS/universités/CHU..), parfois regroupés en instituts, mais avec des financements variés (nationaux, régionaux, associatifs, privés...)

Mais le domaine est vaste ( ça va du modèle in silico aux études descriptives sur l'humain, en passant par les modèles cellulaires et animaux, etc.)

[syborgg]

l'INRA vraiment fait du biomedical ?...
Ce manque de dotation de base qui oblige ces organismes publics a aller chercher un complement dans le prive, le regrettes tu, ou trouves tu cela dans l'ordre des choses finalement ?

[Flyingbike]

l'INRA vraiment fait du biomedical ?...

Oui l'INRA fait du biomédical ! Un exemple de renommée mondiale : https://www.micalis.fr/. Dans ce type de structure, on va de la recherche fondamentale sur le microbe au dépot de brevet sur des produits de santé, par exemple.

Ce manque de dotation de base qui oblige ces organismes publics a aller chercher un complement dans le prive, le regrettes tu, ou trouves tu cela dans l'ordre des choses finalement ?

Je suppose qu'on ne peut que le regretter. C'est un des facteurs majeurs de la dégringolade de la recherche en France.
Le problème est complexe car pour être efficace, même pas forcément rentable, il faut attribuer des priorités aux différents axes. Ca se réfléchit sur des décennies. Mais il ne faut pas non plus négliger la recherche fondamentale "de base", celle qui n'essaie pas de vendre de retour sur investissement mais qui se "contente" de produire de la connaissance.

Avec la lourdeur et la complexité du système de recherche français, c'est simplement ingérable.

[yves95210]

Question qui fâche (mais ce n'est pas pour ça que je la pose) : peut-on y voir une des causes du retard pris par les labos français dans la recherche d'un vaccin contre le Covid ? Ou peut-être de manière plus générale dans la recherche en amont (et à fonds perdus tant qu'on n'a pas la "chance" de tomber sur une pandémie) sur les vaccins à ARNm ou à vecteur viral ?

[syborgg]

Mais il ne faut pas non plus négliger la recherche fondamentale "de base", celle qui n'essaie pas de vendre de retour sur investissement mais qui se "contente" de produire de la connaissance.
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C'est de cette recherche dont je parlais plus haut. Apparemment tu differencie la "recherche fondamentale" et la "recherche fondamentale de base". Mais la premiere n'est elle pas de la recherche appliquee ?...

[Flyingbike]

Question qui fâche (mais ce n'est pas pour ça que je la pose) : peut-on y voir une des causes du retard pris par les labos français dans la recherche d'un vaccin contre le Covid ? Ou peut-être de manière plus générale dans la recherche en amont (et à fonds perdus tant qu'on n'a pas la "chance" de tomber sur une pandémie) sur les vaccins à ARNm ou à vecteur viral ?

Dans ce cas précis, je ne pense pas. L'étape limitante dans cet exemple, ça n'est pas la connaissance ou la théorie qui sont là depuis très longtemps. Il n'y a pas de réelle innovation, par exemple pour les vaccins à ARNm, à part dans la nouveauté de l'application à l'homme. A mon avis, ce qui est limitant, c'est le transfert et la valorisation industriels : le moment ou ça sort d'un labo de recherche et ou c'est repris par un groupe pharmaceutique (via une start up, une licence, un brevet, etc.)

C'est de cette recherche dont je parlais plus haut. Apparemment tu differencie la "recherche fondamentale" et la "recherche fondamentale de base". Mais la premiere n'est elle pas de la recherche appliquee ?...

Il y a autant de degrés qu'on peu avoir envie d'en avoir, mais la nuance est dans l'applicabilité. Qu'on travaille sur les interactions entre une bactérie pathogène avec le système immunitaire de l'hote chez la souris, ou sur la structure d'une protéine membranaire d'un sous-type de lymphocyte au cours du développement embryonnaire, dans les deux cas c'est assez fondamental. Sauf que le premier exemple a une applicabilité bien plus évidente que le second. On aurait tendance à financer le premier et pas le second. Pourtant, le premier s'appuie peut être sur le second. La stratégie est complexe.

[syborgg]

Y a t il des pays ou ces domaines de recherche sont mieux consideré, mieux organisés et mieux financé par les pouvoirs publics qu'en France ? en ce qui concerne les mathematiques, la situation est beaucoup plus simple : la recherche fondamentale est financée a 100 % par l'état. Mais il est vrai qu'il n'y a besoin que d'un papier et d'un crayon....