Immunité préexistante ?

[persimon]

Bonsoir

J'ai entendu cette brève à la radio à propos de personnes fortement exposées au sars-cov2 qui ne tombent pas malades, tests PCR négatifs et recherche d'anticorps négative.
https://www.franceculture.fr/emissio...-novembre-2021

Il se trouve que c'est mon cas, et je connais au moins deux autres personnes dans la même situation. Typiquement conjoint et enfants malades et positifs, pas de gestes barrières à l'intérieur du foyer (je sais c'est mal mais ce n'est pas le sujet) et pas de contamination.
L'émission se base sur un article paru dans Nature https://www.nature.com/articles/s41586-021-04186-8 qui émet l'hypothèse d'une immunité pré-existante acquise avec des coronavirus saisonniers bénins.
Je n'ai pas les compétences pour lire et comprendre l'article.
Qu'en pensez-vous ?
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[titijoy3]

nous sommes tous différents, au moins génétiquement, il est possible que certains virus n'aient pas les capacités d'infecter certaines personnes,

ça s'est déjà vu pour d'autres maladies

[yves95210]

nous sommes tous différents, au moins génétiquement, il est possible que certains virus n'aient pas les capacités d'infecter certaines personnes,

ça s'est déjà vu pour d'autres maladies

Avant de répondre à côté de la plaque, il faudrait au moins lire ce que dit l'étude. Rien à voir avec des particularités génétiques.

Elle indique plutôt que c'est l'exposition répétée à d'autres coronavirus qui a permis au système immunitaire de personnes qui, bien que fortement exposées au SARS-CoV-2, n'ont pas développé d'infection (jamais testées PCR+ bien que suivies régulièrement, pas d'anticorps détectables), de produire et de conserver des cellules T "mémoire" dirigée contre des épitopes largement conservés parmi les différents types de coronavirus humains, leur procurant ainsi une immunité croisée contre le SARS-CoV-2.

Ci-dessous l'abstract traduit (automatiquement par Deepl + quelques corrections) :

Les personnes potentiellement exposées au SRAS-CoV-2 ne développent pas nécessairement une positivité au PCR ou aux anticorps, ce qui laisse penser que certaines peuvent éliminer une infection subclinique avant la séroconversion. Les cellules T peuvent contribuer à l'élimination rapide d'infections au SRAS-CoV-2 et à d'autres coronavirus. Nous avons émis l'hypothèse que les réponses des cellules T mémoires préexistantes, avec un potentiel de protection croisée contre le SARS-CoV-2, se développeraient in vivo pour favoriser un contrôle viral rapide et faire avorter l'infection.
Nous avons mesuré les lymphocytes T réactifs au SRAS-CoV-2, y compris ceux contre le RTC, chez des travailleurs de la santé (TS) faisant l'objet d'un suivi intensif et demeurant négatifs de manière répétée par PCR, fixation d'anticorps et neutralisation. Les TS séronégatifs présentaient des lymphocytes T mémoires plus puissants et plus multi-spécifiques que ceux d'une cohorte pré-pandémique non exposée, et plus fréquemment dirigés contre le RTC que les réponses dominées par les protéines structurelles observées après une infection détectable (cohorte concurrente appariée). Les TS séronégatifs présentant les cellules T spécifiques du RTC les plus fortes présentaient une augmentation de l'IFI27, une signature innée précoce robuste du SRAS-CoV-2, suggérant une infection abortive.
L'ARN-polymérase au sein du RTC était la plus grande région de haute conservation de séquence parmi les coronavirus humains saisonniers (HCoV) et les clades du SARS-CoV-2. L'ARN-polymérase était préférentiellement ciblée (parmi les régions testées) par les cellules T des cohortes pré-pandémiques et des TS séronégatifs. Les cellules T spécifiques de l'épitope RTC permettant la reconnaissance croisée des variants des HCoV ont été identifiées chez les TS séronégatifs. Les cellules T préexistantes enrichies spécifiques de l'ARN-polymérase se sont développées in vivo pour s'accumuler préférentiellement dans la réponse mémoire après une infection putative abortive par rapport à une infection manifeste par le SRAS-CoV-2. Nos données mettent en évidence les cellules T spécifiques du RTC comme cibles pour les vaccins contre les Coronaviridae endémiques et émergents.

[titijoy3]

certaines personnes ne sont jamais malades, elles ont été en contact avec toutes les catégories de virus ?

on attrape la grippe alors qu'on l'a déjà eu, ça ne devrait pas ce produire ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[yves95210]

certaines personnes ne sont jamais malades, elles ont été en contact avec toutes les catégories de virus ?

C'est assez difficile de ne jamais avoir été en contact avec l'un ou l'autre des coronavirus humains, comme avec d'autres virus respiratoires endémiques...

on attrape la grippe alors qu'on l'a déjà eu, ça ne devrait pas ce produire ?

Comme le virus de la grippe mute, il est capable de nous infecter même si nous l'avons déjà rencontré. Mais en général on n'est pas gravement malade lorsqu'on attrape la grippe justement parce qu'on a déjà eue (probablement à de multiples reprises depuis l'enfance, et souvent de manière asymptomatique).
Du moins quand il ne s'agit pas d'une nouvelle souche du virus, ou d'une souche qui n'a pas circulé depuis des décennies, car dans ce cas elle peut donner lieu à des pandémies aux lourdes conséquences, comme celles qu'on a connues au 20e siècle, à commencer par la tristement célèbre grippe espagnole.

[titijoy3]

ok, merci yves

[MissJenny]

L'émission se base sur un article paru dans Nature https://www.nature.com/articles/s41586-021-04186-8 qui émet l'hypothèse d'une immunité pré-existante acquise avec des coronavirus saisonniers bénins.
Je n'ai pas les compétences pour lire et comprendre l'article.
Qu'en pensez-vous ?

je n'ai pas non plus assez de connaissances en immunologie pour pouvoir avoir un avis critique sur cet article. Je vois que les commentaires des referees (sur le "peer review file") ne sont pas tous très positifs.

[yves95210]

je n'ai pas non plus assez de connaissances en immunologie pour pouvoir avoir un avis critique sur cet article. Je vois que les commentaires des referees (sur le "peer review file") ne sont pas tous très positifs.

J'ai encore moins que toi les connaissances nécessaires pour avoir un avis sur la qualité de l'étude, et n'ai lu que l'abstract et la conclusion de l'article.
Mais les commentaires des referees ont été pris en compte dans la version en ligne (cf. les réponses des auteurs aux referees), et suite à cela les conclusions des referees sont au contraire plutôt positives :

Referee #1:
The authors have made some substantial revisions and improved the clarity of many key figures.
They have also added valuable data. There are a few relatively minor points that could be clarified.
(...)
Referee #2:
I have reviewed the revised manuscript draft. The authors have improved the manuscript by
softening some of the statements, clarifying some issues and including additional data. I believe that
the as a result the authors have addressed most of my concerns and I would therefore recommend
acceptance.

Referee #3:
The authors did an excellent job at responding to the comments of the reviewers. This reviewer has
no additional comments or questions.

[MissJenny]

ah oui je n'avais pas lu jusqu'au bout... de toutes façons c'est vrai que les commentaires sont souvent très négatifs même quand on a fait du bon boulot. Ca fait partie du jeu.

[Bounoume]

bonsoir yves95210: ta citation de https://www.nature.com/articles/s41586-021-04186-8

L'ARN-polymérase au sein du RTC était la plus grande région de haute conservation de séquence parmi les coronavirus humains saisonniers (HCoV) et les clades du SARS-CoV-2.

https://www.sfmu.org/upload/30_viepr...covid/NL55.pdf (société de médecine d' urgence, blog d' un membre....)

Les auteurs proposent au final de développer de
nouveaux vaccins ciblant cette région RTC (Replication and Transcription Complex protein) plutôt que la protéine S. Il est vrai que si c’est
faisable et efficace, nous serions protégés des variants ! [Merci au Dr. Axel Ellrodt]

peut-être.......

et mon interrogation (vu que j' ai des bestioles diverses à la maison....)
ce complexe RTC, est-il identique et conservé chez les coronavirus animaux?

[yves95210]

et mon interrogation (vu que j' ai des bestioles diverses à la maison....)
ce complexe RTC, est-il identique et conservé chez les coronavirus animaux?

Désolé, mais je n'ai pas (mais alors, pas du tout) les connaissances permettant de répondre à cette question...

[JPL]

Personnellement ce qui me pose problème, c’est que ce n’est pas une protéine de surface ; donc quelle peut être l’efficacité d’un hypothétique vaccin dans ce cas ?

[persimon]

Ce que je trouve étonnant c'est que les personnes étudiées semblent totalement résistantes au virus. Ainsi une immunité acquise par exposition à des coronavirus bénins serait plus efficace que celle conférée par la covid19 ou par les vaccins actuels puisque dans ces deux cas, on peut à nouveau être contagieux et développer une forme atténuée de la maladie ?

[yves95210]

Si je comprends bien, l'hypothèse est que l'exposition répétée aux coronavirus (chez les professionnels de santé sujets de l'étude plus fréquemment que dans le reste de la population) "entraîne" progressivement le système immunitaire, rendant plus efficace la réponse immunitaire cellulaire (lymphocytes T), au point qu'elle devient capable d'éliminer ces virus (y compris le SARS-CoV-2) avant qu'ils aient pu suffisamment se multiplier dans l'organisme pour susciter une réponse humorale (production d'anticorps). Et, pour le SARS-CoV-2, avant qu'il se soit suffisamment multiplié pour être détectable au bout d'un nombre de cycles de PCR inférieur au seuil défini comme correspondant à un cas "positif".

[MissJenny]

Personnellement ce qui me pose problème, c’est que ce n’est pas une protéine de surface

d'ailleurs les chercheurs ont dosé un interféron et pas des anticorps. L'interféron se fixe sur la cellule infectée et induit la production d'enzymes qui s'attaquent aux ARN viraux à l'intérieur de la cellule, donc non enveloppés.

donc quelle peut être l’efficacité d’un hypothétique vaccin dans ce cas ?

a priori un vaccin doit pouvoir induire cette réponse immunitaire (puisque l'infection le peut). Mais la maturation des lymphocytes T est peu efficace chez les vieux, donc je devine qu'un tel vaccin aurait un intérêt surtout chez les jeunes. Enfin sous réserve que j'aie bien compris, vu que ma connaissance de l'immunologie est rudimentaire.