[Matlab] Sélectionner et traiter plusieurs parties d'une même image

[invite143463bb]

Bonjour !

Je suis débutante sur Matlab et pour un projet de biologie, j'aimerais pouvoir traiter plusieurs cellules sur une même image en même temps. Quand je dis traiter, c'est pouvoir calculer l'aire/le volume de chacune des cellules que je sélectionne.

Voici le genre d'image sur lequel je travaille :

cells.jpg

J'aimerais que lorsque je clique sur une cellule, elle seule reste sur l'image comme ceci par exemple :
onecell.jpg

et que je puisse avoir accès à son aire et son volume (à partir de l'image ci-dessus, je sais à peu près comment je devrais procéder pour récupérer l'aire et le volume, c'est juste le passage d'une image à l'autre qui me pose problème).

J'aimerais également que plusieurs cellules soient sélectionnables, par exemple en cliquant sur 3 d'entre elles qui m'intéressent puis en cliquant sur un bouton "ok" (ou je ne sais pas si il y a un autre moyen), seulement ces 3 cellules seraient conservées et je pourrais avoir accès à leurs aires/volumes respectifs. Ce que je voudrais c'est que l'image soit comme ceci :

threecells.jpg

(les cellules sélectionnées ne seront pas nécessairement à côté, c'est juste un exemple).

J'avais pensé à utiliser imcrop, mais seulement ce moyen me permet d'obtenir juste une seule cellule à la fois et ne me permettra pas de conserver 3 cellules d'un coup comme sur la 3eme image si les cellules en question ne sont pas à côté... Par exemple comme ceci :
threecellsbis.jpg

En plus, cette fonction découpe l'image alors que j'aimerais conserver sa taille originale pour pouvoir comparer les images entre elles par la suite...


Voilà, si certains d'entre vous pouvez m'éclairer ça serait génial !! Merci beaucoup à ceux qui prendront la peine de lire et de répondre !

Enora
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[Antoane]

Bonjour,

C'est possible, mais il y a un peu de code à écrire. As-tu déjà réalisé des GUI (sans utiliser GUIDE) ?

L'idée pour sélectionner une cellule serait (par exemple) de :
- afficher l'image complète sur une figure ;
- appeler une fonction à chaque click sur l'image, cette fonction :

* déterminerait les coordonnées du click ;
* sélectionnerait tous les pixels blancs à côté du click.

- ferait des truc (affichage, calcul, etc.)

[Antoane]

Bonjour,

J'avais fait un truc assez similaire il y a peu.

clic gauche pour sélectionner une cellule, droit pour la retirer.

function cormoran(filename)

if nargin<1, filename='cellsNB.bmp'; end

% build picture
figure
im=imread(filename); % import picture
im2=im*255;
image(im2');

% improve display
g=gca;
g.Units='pixel';
g.XTick=[]; g.YTick=[];
g.Position=g.OuterPosition-g.TightInset*[-1 0 1 0; 0 -1 0 1; 0 0 1 0; 0 0 0 1];


% ********** callback for the mouse **********
set(gcf, 'WindowButtonDownFcn', @getMousePositionOnImage);
pan off % Panning may not interfere with this code

%% Main variable
data=guihandles(gcf);

data.figAx=g; 
data.conn=bwconncomp(im, 4);
data.selectedCells=[];
data.StotSel=0; % total area selected in pix. sq

% Save data:
guidata(gcf,data)

%% Callbacks
    function getMousePositionOnImage(src, event)        % **** acquire click on picture ****
        data=guidata(gcbf); 
        
        Pf=event.Source.CurrentPoint; % figure's referencial 
        Pa=Pf2Pa(Pf); % coordinates of the clicked point in the bmp-file referencial
        
        % linear index of Pa
        liPa=(Pa(2)-1)*size(im,1)+Pa(1);
        
        % Find the other pixels in the cell including Pa, i.e. find in
        %   which cell you clicked
        flag=0;
        for k=1:data.conn.NumObjects % for each cell of the plot
            if sum(data.conn.PixelIdxList{k}==liPa)>0, flag=1; break; end % break if the clicked point is in this cell
        end
        if flag==0; 
            warning('JAG:userInfo', 'No cell found here'); 
            return;
        end
        
        cellArea=length(data.conn.PixelIdxList{k}); % estimate the area of the selected cell
        display(['The area of the cell is: ', num2str(cellArea), ' pix. sq.']);
        
        % keep/remove the k^th cell
        if strcmpi(src.SelectionType, 'normal') % if left click
            if sum(data.selectedCells==k)==0    % if the cell is not selected yet
                data.selectedCells(end+1)=k;    % select the cell
                display(['Cell n°', num2str(k), ' added.'])
            else                                % if the cell is already selected
                 warning('Cell n° %0.3g already selected', k)
            end
        elseif  strcmpi(src.SelectionType, 'alt')% if right click
            if sum(data.selectedCells==k)>0      % if the cell is selected
                data.selectedCells(data.selectedCells==k)=[]; % unselect it
                display(['Cell n°', num2str(k), ' removed'])
            else                                 
                 warning('Cell n° %0.3g cannot be deleted for it is not selected', k)
            end
        end
        guidata(gcbf,data) % save
        
        totalAreaSelected(); % compute total selected area
        updatePlot();
end

    function Stot=totalAreaSelected() % **** calculate total selected area in pixel²
        data=guidata(gcbf);                 
        Stot=0; % initialise it 
        for k=data.selectedCells % for each selected cell
            Stot=Stot+length(data.conn.PixelIdxList{k}); % add its area to the total
        end
        data.StotSel=Stot; % save total area
        display(['Total Cell Area: ', num2str(Stot), ' pix. sq.']); 
        guidata(gcbf,data)
    end

    function updatePlot()                       % **** Update plot with new color for the selected cells
        data=guidata(gcbf);         
        im3=im2; % base image        
        for k=data.selectedCells % for each selected cell
            % change the color of the k^th cell
            jx=data.conn.PixelIdxList{k}; % linear indexes of the pixels of the k^th cell
            im3(jx)=12; % 12 = new color
        end
        image(im3'); % plot the new image
        guidata(gcbf,data); % not required
    end
    function Pa=Pf2Pa(Pf) % **** convert coordinates to the referencial of the plot
        sizePlot=data.figAx.Position([3,4]); % size of the plot in the figure (in pixels)
        sizeImg=flip(size(im)); % size of the bmp-file (in pixels: [x-length, y-length])
        
        Pa=(Pf-data.figAx.Position([1,2])).*sizeImg./sizePlot; % scale it
        Pa(2)=sizeImg(2)-Pa(2); % return Y-axis (downward -> upward)
        Pa=round(Pa); % it should be an integer.
        for k=1:2 % just in case you clicked outside of the plot.
            Pa(k)=max(1, Pa(k)); 
            Pa(k)=min(sizeImg(k), Pa(k));
        end
    end
end