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probleme avec le logiciel R



  1. #1
    livine

    probleme avec le logiciel R


    ------

    Voilà, je dois faire ce devoir mais je suis bloqué pour le calcul du modèle 3 sur le logiciel R. En effet, je ne sais pas quelle formule taper pour pouvoir obtenir les informations demander par le prof, donc si vous pouvez m'aidez ca serait super sympa. Tous les commentaires sont les bienvenus car il faut vous l'avouer la je ne sais plus quoi faire et toutes aidez pour la suite du devoir est bienvenue aussi.

    Merci d'avance

    Sujet:
    On réalise un essai de toxicité en administrant une série de doses de toxique à des groupes de 30 animaux.
    On obtient les résultats suivants
    log10 (dose): x 0.3 0.6 0.9 1.2 1.5
    nb décès : k 5 11 17 25 27
    effectif : n 30 30 30 30 30
    On pose que la réponse à étudier est y=k/n .
    Sur ces données, par moindres carrés et successivement, on ajustera les modèles :
    M1 : y=th0+th1x
    M2 : logit (y)=th0+th1x où logit (y)=ln(y/1−y)
    M3 : y= exp(u)/(1+exp(u)) avec u=th0+th1x

    Pour chacun des modèles, en utilisant les fonctions de R des moindres carrés et les fonctions associées, donner :
    les estimations des paramètres th0 et th1 ,
    les estimations de leurs écart types,
    leur intervalle de confiance et
    la matrice de variance covariance.

    Réaliser un graphique superposant les trois modèles, les observations et les intervalles de confiance construits sur ces observations.

    Pour chacun des modèles, donner les valeurs de la log(dose) et les valeurs de la dose pour lesquelles la moitié des animaux décèdent (DL50). Les situer sur le graphique. Commenter le choix d'un ou plusieurs modèles parmi M1 , M2 et M3 à partir du graphique finalement obtenu.

    La méthode des moindres carrés suppose que les variances des observations soient égales. Réaliser une étude propre à vérifier cette hypothèse. Pour l'un des modèles, au choix, évaluer ce que pourrait être une pondération. Réaliser l'ajustement de ce modèle en tenant compte de la pondération.

    On discutera de la nécessité de la pondération à partir de la comparaison des intervalles de confiance de la DL50, construits avec et sans pondération.

    -----

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  3. #2
    invite986312212
    Invité

    Re : probleme avec le logiciel R

    bonjour, si u = log(y/(1-y)) alors y=e^u/(1+e^u) donc dans les modèles 2 et 3 tu as la même relation fonctionnelle entre x et y. Mais le modèle d'erreur n'est pas le même!
    pour ajuster le modèle 3 sous R il faut utiliser le modèle non linéaire (la fonction nls)

  4. #3
    livine

    Re : probleme avec le logiciel R

    Merci pour ta réponse, le seul probleme c'est que u=th0+th1x pour le modéle 3. Sinon pour le faite de taper nls pour le faire que je suis dans du non linéaire ca je suis tout a faire d'accord. Voilà ou j'en suis et ou je bloque.

    Donc dans R après avoir rentrer mes données
    x<-c(0.3,0.6,0.9,1.2,1.5)
    y<-c(0.1667,0.3667,0.5667,0.8333, 0.9000)

    res1<-lm(y~x) pour le modèle 1

    res2<-lm(log(y/(1-y))~x) pour le modèle 2

    res3<-nls...................... pour le modèle 3

    Donc si quelqu'un peut m'aidez

  5. #4
    invite986312212
    Invité

    Re : probleme avec le logiciel R

    hum! pour 2 je ne ferais pas comme ça! as-tu entendu parler de modèle linéaire généralisé? (fonction glm)

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    livine

    Re : probleme avec le logiciel R

    non je n'ai pas entendu parler de cela

  8. #6
    invite986312212
    Invité

    Re : probleme avec le logiciel R

    bon, pour le modèle 2 tu peux faire comme tu as écrit.
    pour 3) je ferais comme ci
    >invlogit<-function(x)exp(x)/(1+exp(x))
    >nls(y~invlogit(theta1*x+theta 0),start=list(theta0=0,theta1= 1))

    où les valeurs de départ pour theta0 et theta1 sont à adapter à tes données.
    tu n'es pas obligé de créer la fonction "invlogit" mais ça simplifie les choses. C'est un principe avec R: on a tout intérêt à créer des objets intermédiaires et à garder des formules le plus simples prossibles.

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  10. #7
    livine

    Re : probleme avec le logiciel R

    Merci de m'avoir répondu. Je vais tester ta réponse et te tiens au courant si je rencontre à nouveau un problème.

    Encore merci pour ton aide

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