Comparaison de plusieurs population dans R

[invite3e73a56f]

Bonjour à tous,

Je suis actuellement en pleine rédaction d'un rapport de stage de microbiology. En gros j'ai une souche de bactérie que j'ai séparée en 4 traitements différents appliqués. J'ai ensuite compté les "survivantes". J'ai (uniquement) trois répétitions pour chaque traitement.
Je voudrais comparer le taux de survie des bactéries selon le traitement que je leur ai imposé et donc faire une comparaison des moyennes des populations.
Quelqu'un connaîtrait-il le moyen de faire ça sur R (je n'ai pas spécialement besoin de faire une ANOVA) et pourrait me donner les lignes de commandes pour faire ça? Je suis plus habitué à SAS mais dans l'incapacité de l'utiliser pour le moment.
Merci d'avance et bonne journée.
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[invitec5eb4b89]

Bonjour,

voici un exemple tout bête sur des données simulées:

# Données simulées, utiliser read.table pour importer des
# données depuis un fichier
x <- c(rnorm(10),rnorm(10),rnorm(10,1),rnorm(10))
y <- factor(rep(1:4,e=10))

# anova
print(anova(lm(x~y)))
# version non paramétrique
kruskal.test(x,y)

Attention à l'ANOVA, il faut faire l'hypothèse que les données sont gaussiennes et que les variances sont homogènes entre les classes. Or d'après la description que tu donnes de ton expérience, je doute que ces hypothèses soient validées, et avec seulement 3 individus par classes, elles sont de toute façon difficiles à tester.

C'est pourquoi j'ai rajouté le test de Kruskal Wallis, variante non paramétrique.

Bon courage pour le mémoire !
Vincent.