Quel test statistique utiliser

[invite2da9d346]

Bonjour,

Je suis stagiaire statisticien et dans mon stage j'ai à comparer des taux de survie d'œufs de truites dans des rivières différentes. Il a été placé dans des capsules grillagées 210 œufs dans 5 rivières d'un Bassin Versant.

Comme données je ne possède que le pourcentage de survie pour chaque rivières et donc le nombre d'œufs qui est de 210 par rivières.

Je voudrais réaliser des tests statistiques pour savoir si ces pourcentages sont significativement différents entre eux deux par deux, et si un ou plusieurs se démarquent lorsque on les compare tous ensemble.

Si l'un d'entre vous pouvait me dire quels tests il faudrait que j'effectue je lui en serais très reconnaissant .

Je vous remercie d'avance, bien cordialement.
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[invite66c1bd7f]

Bonjour

les tests à utiliser dépendent de la nature de tes données. dans ton cas c'est un test anova suivis d'un test post-hoc si tes données sont paramétriques ou kruskal-wallis si elles ne le sont pas. Les deux ont le même fonctionnement: ils déterminent si des échantillons sont issues d'un même population en analysant la variance.

Quel logiciel utilises tu?

Cordialement

[invite2da9d346]

J'utilise le logiciel R

Mon prédécesseur semble avoir fait un test du khi deux et un fischer exact, cependant je ne sais pas sous quelles forme se présentaient ses données.

J'aurais été tenté de faire pareil que lui mais je ne sais pas si cela est possible juste avec les pourcentage de survie à comparer. J'ai cherché à savoir si cela était possible et comment le faire avec R, mais je tombe sur d'autres réponses.

Je ne pense pas pour l'ANOVA, car son utilité est plutôt de tester l'effet de traitements, et si les moyennes sont égales regarde le lien :

ftp://nephi.unice.fr/users/francour/ANCOVA_GLM.pdf

Merci pour ta réponse Cordialement

[invite66c1bd7f]

J'aurais été tenté de faire pareil que lui mais je ne sais pas si cela est possible juste avec les pourcentage de survie

du moment ou tu as le nombre initial d’œuf et le pourcentage de survie tu as aussi le nombre de survivants je testerais plutôt ça.

une question cependant: combien de capsule avez vous par rivière, est-ce un nombre fixe?

[A voir en vidéo sur Futura]

[gg0]

Bonjour Sitingbull.

Pour les comparaisons de pourcentages 2 à 2, le test du khi-deux sur les effectifs, ou le test de comparaison de moyennes donnent le même résultat; avec un échantillon de 210, sauf cas particulier, on peut comparer les pourcentages efficacement. Par contre, si on est amené à utiliser du Fischer exact, ça veut dire soit qu'il n'y a quasiment aucune mortalité, soit qu'il n'y a quasiment aucune survie. Sinon, on utilise le khi-deux. dans ce cas, les résultats dont difficiles à étudier. Et la comparaison de pourcentage est délicate !

Attention, quand on multiplie les tests, il faut diminuer le risque de chaque test.

Une fois la comparaison 2 à 2 faite, une comparaison globale n'est plus vraiment utile. Tu peux aussi faire la comparaison de pourcentages avec un échantillon comparé à la moyenne des 4 autres.

Cordialement.

Nb : Déjà regarder les résultats devrait te guider dans les tests utiles.

[invite2da9d346]

@P_L : oui il y a le même nombre d’œufs dans chaque rivières 210, (en fait ils ont mis deux types de capsule qui n'obtiennent pas le même taux de survie : enfin quoi qu'il en soit dans chaque rivières il y a la même proportion d’œufs dans les deux types de capsule donc ce qui compte c'est le taux de survie final sur les 210 œufs.)

@gg0 : oui c'est exactement ce qu'il s'est passé, il y avait trop peu de survie parfois d' où le Fischer exact. D'accord je me contenterai des tests deux à deux, pas de souci. Le khi deux me semble effectivement la bonne solution.

[invite9dc7b526]

Dans ce genre de situation j'ai tendance à utiliser la régression logistique (glm avec distribution binomiale) avec éventuellement un paramètre de surdispersion si ça s'avère nécessaire. Comme ça tu peux étudier simultanément l'effet rivière et l'effet du type de capsule, voire d'autres paramètres si tu as des mesures.

[invite2da9d346]

En fait je veux juste savoir si la la survie des oeufs d'une rivière impacté par une pollution est plus mauvaise ou meilleure, que dans les rivières témoins positif (++ agriculture à proximité) et que dans la rivière témoin négatif (peu d'impact lié à l'agriculture).

Je ne veux surtout pas comparer l'effet des capsules cela a déjà été fait.

Seule la comparaison de la survie entre rivières m'intéresse, pour cela je n'ai que le pourcentage. Et je sais que 210 oeufs ont été placés à chaque fois.

[invite66c1bd7f]

Dans ce cas je partirais sur l'analyse de variables booléennes (0= mort 1=survivant) pour chaque capsule. tu mets tout ça dans une matrice de contingence et puis un test du chi² (test de conformité à un standard, ton standard étant tes témoins) la dessus. Par contre j'analyserais séparément les différents types de capsules au risque d'apporter un biais à mon analyse si il a été montré que le type de capsule a un effet sur la mortalité.

par contre comment les capsules sont elles distribuées spatialement? Elles sont sur un linéaire ou en blocs à un endroit précis?



cdt.