Analyse des Correspondances Multiples (ACM) sur R : Comment représenter mes variables ?

[invite02f22e6e]

Bonjour,

Mon jeu de données (pour le suivi des coléoptères) est composé exclusivement de données qualitatives (c'est pourquoi j'ai décidé de réaliser une ACM : Analyse des Correspondances Multiples) :

Types de variable (qualitatives ou quantitatives) / Nom des variables

Qualitative : Code parcelles (4 différentes)
Qualitative : Transect (lieu de passage : 1 et 2)
Qualitative : Hauteur de l'herbe du transect
Qualitative : Groupe de coléoptères
Qualitative : Type de coléoptères (ravageurs, floricoles...)
Qualitative : Présence de pullulation
Qualitative*** : Date de prélèvement des insectes
Qualitative** : Couverture du ciel
Qualitative** : Pluie
Qualitative** : Vent
Qualitative** : Température
Qualitative : Système de production (Bio ou conventionnel)
Quantitative * : Abondance (nombre total d'insectes appartenant à tel ou tel groupe)
Qualitative : Système de production des parcelles adjacentes (Bio, conventionnel ou les deux)

* J'ai discrétiser cette variable et je lui ai attribué des classes afin qu'elle devienne qualitative. Ai-je pris la bonne décision ?

** Ces variables n'expliquent en rien mon jeu de données, donc est ce que je dois les supprimer de l'ACM ?

*** Je ne sais pas comment représenter la variable "date" dans ma base de données. Dois-je mettre le mois et l'année dans des colonnes sans mettre une date précise (par exemple le 26/04/2013) car entre 2013 et 2017 les données n'ont pas été recueillies à la même date ? (1 parcelle = 4 dates différentes pour une année (sachant que les données ont été recueillies entre 2013 et 2017 et que j'ai 4 parcelles))? J'ai peur qu'en mettant une date précise cela pose problème et sépare mes individus à outrance dans le plan factoriel, car il y a pas loin de 84 dates différentes...

Merci à tous d'avance pour vos réponses.

Cordialement,
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[minushabens]

bonjour,

je pense qu'il faut d'abord se demander à quelle question scientifique (concernant les coléoptères) l'AFC est censée répondre. En d'autres termes (un peu vagues): quelles sont les corrélations que tu veux mettre en évidence?

quand on a des données récoltées en les mêmes lieux à plusieurs dates, on peut considérer une méthode d'analyse multi-tableaux (comme STATIS). Tu as de la doc sur le site du labo de biométrie de Lyon. Par exemple : https://pbil.univ-lyon1.fr/R/pdf/bsc.pdf

[invite02f22e6e]

Bonjour,

Je tenais à vous remercier pour votre réponse.

Mon sujet de stage est le suivant : Étude des effets non intentionnels des produits phytosanitaires sur la biodiversité.

En d'autres termes, je souhaite démontrer que le système de production ("biologique" ou "conventionnel") a un effet sur les populations de coléoptères.

Hypothèse : Le système de production bio favorise les ravageurs (variable = types de coléoptères).

L'AFC permettant de résumer et de visualiser un tableau de contingence, c'est à dire un tableau croisant deux variables qualitatives (au croisement de la ligne i et de la colonne j, on retrouve le nombre d'individus prenant la modalité i de la première variable et j de la seconde) je ne peux pas la réaliser. Mon jeu de données se présente différemment, mais peut-être que je fais fausse route...

Selon vous, la variable nommé "abondance" ne doit pas être passé sous forme qualitative (attribution de classes) s'il s'agit bien d'une ACM ?

J'ai regardé la documentation que vous m'avez envoyé très sérieusement et d'après ce que j'ai vu, les analyses sont assez semblables à celles que je peux obtenir sur R. Donc la vrai question, c'est de savoir si quand j'ajoute la variable date dans l'ACM s'il s'agit bien d'une ACM : Est ce que R ne considère-il pas qu'il y a forte fréquence de modalité pour tel ou tel date juste parce qu'elle se répète dans le jeu de donnée ou parce qu'elle s'associe aux autres modalités et que cela forme un groupe(*) (Exemple de résultats obtenus ci dessous) ? Après comme vu ci-dessous, il est possible également que la variable "date" soit associé à la variable "groupe de coléoptères"(**).

Exemple de résultats :

Le groupe 1 (caractérisés par une coordonnée positive sur l’axe) partage :

Une forte fréquence des modalités telles que Code.Parcelle=PIC 21, Système.de.production.parcelle s.adjacentes=Système de production parcelles adjacentes_Bio-Conventionnel, Classe_abondance=[1,3.5], Système.de.production=Système de production_Bio, Date=2016-05-18, Date=*2014-06-25, Date=*2013-07-03, Date=*2016-07-28, Groupe.de.Coleopteres=Groupe de Coleopteres_Bruches et Date=2013-06-05** (du plus commun au plus rare).

[minushabens]

Je ne suis pas certain d'avoir compris, mais si la question est de tester l'effet du type d'agriculture sur les populations de coléoptères, pourquoi ne pas ajuster un modèle linéaire (éventuellement généralisé)? plutôt que l'AFC qui est une méthode purement descriptive (donc qui ne fournit pas de tests d'hypothèses).

[A voir en vidéo sur Futura]