...paléontologie systématique et phylogénie...

[invite4277e6ee]

Bonsoir à tous !!
J'ai actuellement un petit soucis de vocabulaire... j'aimerais connaître la différence entre ces deux sciences "paléontologie systématique" et "phylogénie". Ou sont ce les mêmes ?
D'avance merci !
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[invite772cf17c]

Salut.

Pour moi, la paléontologie systématique cherche à classer les espèces fossiles. La phylogénie cherche à établir les liens de parenté entre tous les organismes vivants, fossiles ou actuels. La phylogénie est plutôt une branche de la biologie, et elle est établie majoritairement sur des espèces actuelles par des caractères moléculaires (ADN). Elle peut à la limite se passer de la paléontologie. Pour les espèces fossiles, dans la très grande majorité des cas, il n'y a pas d'ADN, et c'est la paléontologie systématique qui prend alors le relai et tente avec des caractères morphologiques d'établir des relations de parenté entre espèces. Avec de (très) nombreux biais et incertitudes.

Josquin

[Cendres]

Je suis d'accord avec Josquin.

[black adder]

Bonjour,
Je suis d'accord avec Josquin et Cendres... à part sur la toute fin, la phylogénie moléculaire a aussi de nombreux biais et incertitudes, mais ça doit venir du fait que je suis paléontologue

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite772cf17c]

Bonjour,
Je suis d'accord avec Josquin et Cendres... à part sur la toute fin, la phylogénie moléculaire a aussi de nombreux biais et incertitudes, mais ça doit venir du fait que je suis paléontologue

Et si je te dis que je suis un biologiste qui s'est mis à la paléonto pure ?

Je suis d'accord avec toi, même si je ne l'ai pas précisé dans mon post. Mais il est aujourd'hui rarissime que l'on ait des vrais problèmes dans les phylogénies moléculaires, concernant la topologie des arbres. On est loin du temps où on publiait que le hamster n'était pas un rongeur... Ou alors, on a des incertitudes, des noeuds non résolus, mais on sait qu'ils sont problématiques, et on le dit. Pour les horloges moléculaires, c'est différent... je ne leur fais absolument pas confiance. Et elle donnent en général des résultats très différents des données paléontologiques.

Josquin

[black adder]

C'est marrant ça, je suis un ex-biologiste aussi. En tout cas, je suis d'accord sur le fait que beaucoup de problèmes ont été résolus en phylogénie moléculaire, même si je suis assez souvent mesuré sur certains résultats. Quoiqu'il en soit, ce que je trouve extrêmement intéressant, c'est la confrontation des résultats obtenus en moléculaire et en morphologique car ces approches ne s'opposent pas, elles sont complémentaires. Donc, paix et amour dans le monde de la phylogénie !

[Cendres]

Pour les horloges moléculaires, c'est différent... je ne leur fais absolument pas confiance. Et elle donnent en général des résultats très différents des données paléontologiques.

Josquin

C'est pour cela que des modèles plus sophistiqués ont été utilisés, ce qui a donné l'horloge moléculaire relaxée.

[invite14397db8]

C'est marrant ça, je suis un ex-biologiste aussi. En tout cas, je suis d'accord sur le fait que beaucoup de problèmes ont été résolus en phylogénie moléculaire, même si je suis assez souvent mesuré sur certains résultats. Quoiqu'il en soit, ce que je trouve extrêmement intéressant, c'est la confrontation des résultats obtenus en moléculaire et en morphologique car ces approches ne s'opposent pas, elles sont complémentaires. Donc, paix et amour dans le monde de la phylogénie !

Un bel exemple de complémentarité ne serait-il pas la position des oiseaux? Ou l'on a d'un côté ces extraordinaires fossiles de dinosaures à plumes et de l'autre des données moléculaires rapprochant les oiseaux des crocodiles, sans parler de ces fameuses protéines de tyrannosaure.

[invite4277e6ee]

Avant toute chose, merci à tous pour vos réponses !
Donc, si j'ai bien compris la phylogénie et la paléontologie systématique sont deux sciences totalement indépendantes tant par le fait qu'elles n'utilisent pas les mêmes méthodes (ADN et Morphologie) et qu'elles ne s'intéressent pas aux mêmes animaux au sens où ces derniers n'ont pas le même âge. Toutefois ces deux sciences se complètent car dans certains cas la phylogénie permet de travailler sur des espèces fossiles.
Pour illustrer, prenons des exemples : l'adn des dinosaures a totalement disparu... donc la paléontologie systématique s'intéressera à ces animaux. A contrario, des reptiles fossiles moins anciens seront exploités par ces deux sciences mais davantage par la phylogénie...
Est-ce bien cela ?
Voilà, donc on peut en conclure que la phylogénie permet de placer une espèce relativement jeune sur le grand arbre de la vie animale, et a fortiori sur l'échelle des temps géologiques ?
Fiago

[invite1b62753f]

Donc, si j'ai bien compris la phylogénie et la paléontologie systématique sont deux sciences totalement indépendantes tant par le fait qu'elles n'utilisent pas les mêmes méthodes (ADN et Morphologie) et qu'elles ne s'intéressent pas aux mêmes animaux au sens où ces derniers n'ont pas le même âge. Toutefois ces deux sciences se complètent car dans certains cas la phylogénie permet de travailler sur des espèces fossiles.
Pour illustrer, prenons des exemples : l'adn des dinosaures a totalement disparu... donc la paléontologie systématique s'intéressera à ces animaux. A contrario, des reptiles fossiles moins anciens seront exploités par ces deux sciences mais davantage par la phylogénie...
Est-ce bien cela ?

Point du tout, jeune Fiago.
Le différence est BIEN plus simple:

• La systématique, ou taxonomie, est l'art de classer des êtres vivants. Quelque-soit la manière dont tu t'y prennes. Nous en avons des restes très anciens, où des noms d'animaux (mais ça marche aussi avec les plantes !) désigne un concept plus général et un autre plus spécifique. Ex: Ours brun et Ours blanc. Tu rapproches deux animaux considérés comme différents sous le concept d'"ours". C'est de là que viennent les noms "genres" et "espèces", parce que le genre englobe l'espère (le général sur le spécifique). Peu importe que ce soit un classement basée sur des données moléculaires ou anatomiques. Tu pourrais tout aussi bien classer les oiseaux par couleurs ou par tonalité de chant: c'est une forme de systématique/taxonomie comme d'autres sont encore plus farfelues.
  
• La phylogénie, elle, est l'art de déterminer qui est plus proche de qui. Les phylogénéticiens d'aujourd'hui interprètent la systématique/taxonomie hiérarchique des êtres vivants comme le résultat de leur évolution à partir d'une ascendance commune. Reprenons nos ours: si ces animaux apparaissent plus proches qu'ils ne le sont d'un hippopotame, d'une sardine ou d'un criquet, c'est qu'ils ont une histoire commune plus longue qu'avec ces derniers. (J'imagine que tu ne contrediras pas )

Attention cependant: on peut faire de la systématique/taxonomie sans notion de transformation des espèces, autrement dit d''évolution - situation qui a prévalu jusqu'au XIXème siècle, avant l'arrivée de Lamarck et Darwin. On peut même faire de la phylogénie sans notion d'évolution biologique, voire d'évolution tout court. J'ai vu des articles traitant par exemple d'une classification cladistique de galaxies, de langues ou encore des différentes versions d'un roman.

Pour ce qui est des instruments, les molécularistes se focalisent sur les taxons actuels et la paléontologues sur les actuels ET les fossiles. Le matériel diffère, les méthodes aussi, mais pas l'objectif. Et la systématique n'est heureusement pas reléguée à la paléontologie, sinon tu n'entendrais pas souvent parler de la découverte de nouvelles espèces...

Voilà, donc on peut en conclure que la phylogénie permet de placer une espèce relativement jeune sur le grand arbre de la vie animale, et a fortiori sur l'échelle des temps géologiques ?

Pourquoi jeune ? Tu peux placer N'IMPORTE quelle espèce sur l'arbre du vivant - mais ça ne veux pas dire que ce sera facile !

[invite4277e6ee]

Merci pour ces précisions Skoll, j'ai saisi les nuances entre ces deux sciences... pourtant j'ai encore un soucis du coté des classifications pour les animaux actuels

Tu pourrais tout aussi bien classer les oiseaux par couleurs ou par tonalité de chant: c'est une forme de systématique/taxonomie comme d'autres sont encore plus farfelues.

Ainsi, chaque personne peut inventer sa propre classification des oiseaux (selon différents critères) -> c'est la systématique

Et pour les classifications dites "officielles" (avec classe, ordre, sous-ordre, familles...) comment sont t-elles établies ? C'est les liens de parentés entre les êtres qui sert de critère principal ? -> Est ce plutôt la phylogénie qui permet d'établir cette classification ?

[invité576543]

On peut même faire de la phylogénie sans notion d'évolution biologique, voire d'évolution tout court.

Cela me paraît contradictoire dans les termes. Ne voulais-tu pas dire "systématique" à la place de "phylogénie".

J'ai vu des articles traitant par exemple d'une classification cladistique de galaxies, de langues ou encore des différentes versions d'un roman.

Dans les deux derniers cas au moins, il s'agit bien de rapprocher une systématique d'une histoire évolutive avec copies et débranchements, ce qui rend licite le mot phylogénie. Mais ce n'est pas ce qu'exprime le "même" dans le contexte de la phrase citée. Du coup, je ne comprends pas trop ces contre-exemples.

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Il me semble qu'une partie de la confusion entre systématique et phylogénie vient du fait qu'on cherche, quand c'est possible, à limiter l'arbitraire d'une systématique par un rapprochement à la phylogénie.

Pour le vivant, il semble clair que les systématiques justifiées par la phylogénie sont considérées "meilleures". (Elles sont certainement moins arbitraires.)

C'est les liens de parentés entre les êtres qui sert de critère principal ?

Je ne le présenterais pas comme cela, parce qu'il est impossible de remonter dans le passé et vérifier une parenté supposée.

C'est plutôt qu'on cherche maintenant une systématique aussi compatible que possible avec les indices de parenté que l'on constate.

Les critères que l'on utilise sont directement observables (que ce soient des caractères macroscopiques ou moléculaires, y compris l'ADN), et ce sont des hypothèses sur leur transmission le long des lignées qui en font des indices de parenté.

Cordialement,

[invite4277e6ee]

Ok donc les classifications que j'appelle "officielles" ou que tu appelles "meilleures" sont le fruit de la phylogénie...
toutefois, est ce une faute de proposer une autre classification, plus simple et s'appuyant sur la systématique, que celle plus complexe issue de la phylogénie ?

Un exemple : Classification de l'ordre des testudines (tortues)

Classification officielle :
deux sous-ordres : les Pleurodires et les Cryptodires.
13 familles
x genres
~300 espèces

Ma classification :
je répartis ces 300 espèces en trois catégories :
* les tortues terrestres

* les tortues aquatiques

* les tortues marines

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Cette dernière classification s'appuie donc sur la systématique. De fait, elle arbitraire. Mais pour présenter l'ordre des testudines à des personnes non scientifiques, est ce une faute de leur présenter les tortues classées suivant ces trois catégories ?

Fiago

[invité576543]

Ok donc les classifications que j'appelle "officielles" ou que tu appelles "meilleures" sont le fruit de la phylogénie...

Rien de ce que j'ai écrit ne correspond à l'idée de "fruit de la phylogénie". La phylogénie, au sens de "l'arbre généalogique" du vivant est ce qu'elle est, c'est un aspect de l'histoire du vivant, on cherche à la reconstruire, sous-partie de la reconstruction de l'histoire du vivant durant quelque chose comme 4 milliards d'années.

toutefois, est ce une faute de proposer une autre classification, plus simple et s'appuyant sur la systématique, que celle plus complexe issue de la phylogénie ?

Il y a un problème d'utilisation du vocabulaire. La systématique, c'est classer les espèces. Dire "une classification s'appuyant sur la systématique" n'a pas de sens avec le mot "systématique" selon le sens "classer les espèces".

Il y a la systématique, la discipline scientifique d'un côté; et de l'autre différentes classifications, dont certaines se réclament explicitement vouloir suivre strictement la phylogénie telle qu'on l'a reconstruite, et d'autres classifications, guidées par d'autres principes ou simplement reflétant des hypothèses différentes (à différentes époques) sur la phylogénie.

La notion de "officielle" donne une image quelque peu bureaucratique de la science !

Cette dernière classification s'appuie donc sur la systématique.

Qu'est-ce que cela veut dire? C'est juste une classification plus ancienne, et on peut la voir soit comme ayant été une hypothèse sur la phylogénie, hypothèse réfutée par la suite grâce à la prise en compte de plus d'informations ; soit comme une classification qui ne cherche pas à refléter strictement la phylogénie.

De fait, elle arbitraire. Mais pour présenter l'ordre des testudines à des personnes non scientifiques, est ce une faute de leur présenter les tortues classées suivant ces trois catégories ?

Cela dépend totalement de l'usage qui est fait de la classification, et de ce qu'on appelle "faute".

Ce qui est certain, c'est qu'en présentant une telle classification, on expose ces personnes à rencontrer des classifications différentes venant de publications scientifiques récentes. Comment vont-elles alors comprendre de quoi on parle ?

Cordialement,