Matlab : besoin de l'avis d'utilisateur de "profiler" .

[invite6f730007]

Bonjour,

j'essaye d'optimiser un code tout simple (je construit une "pseudomatrice" d'adjacence) à appliquer à des matrices de très grande taille.

Mon problème est le suivant :

pour une tâche parfaitement identique (copier le nombre -1 dans une colonne), Matlab triple quasiment le temps d'opération en moins de 10 lignes de code...

Que se passe-t-il ?
Comment corriger ce désagrément?

Merci d'avance
Bonne soirée
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[doul11]

Bonsoir,

Comment corriger ce désagrément?

Faire un code en C/C++

[invite6f730007]

Je n'ai jamais eu le bonheur de programmer en C et je débute sur Matlab .


Toutefois, s'il était possible d'incorporer un programme en C dans matlab (j'en ai besoin pour tracer différents graphiques...), une bonne âme pourrait-elle me programmer ces quelques lignes ... (pas très long, plutôt simple, mais c'est ce qui pompe le plus de temps d'après profiler)

A est la matrice carrée que je construis.
M, N, T0 et T1 sont des matrices et vecteurs créés par Matlab auparavant (je suppose qu'il "suffit" de les enregistrer sous matlab et de les incorporer au programme C).

for k=1:length(M),
k0=M(k);
k2=T0(T1(k0,1)+1,T1(k0,2));
if k2>0,
A(k0,k2)=-1;
A(k2,k0)=-1;
A(k0,k0)=A(k0,k0)+1;
A(k2,k2)=A(k2,k2)+1;
end;
end

for k=1:length(N),
k0=N(k);
k1=T0(T1(k0,1),T1(k0,2)+1);
if k1>0,
A(k0,k1)=-1;
A(k1,k0)=-1;
A(k0,k0)=A(k0,k0)+1;
A(k1,k1)=A(k1,k1)+1;
end;
end

Merci d'avance

[inviteb9f49292]

Pour que MATLAB soit rapide, il faut éviter de faire des boucles et préférer des opérations sur les matrices en choisissant correctement le(s) vecteur(s) servant d'incide(s). Par exemple,

for k=1:length(M),
    k0=M(k);
    k2=T0(T1(k0,1)+1,T1(k0,2));
    if k2>0,
        A(k0,k2)=-1;
        A(k2,k0)=-1;
        A(k0,k0)=A(k0,k0)+1;
        A(k2,k2)=A(k2,k2)+1;
    end
end

pourrait être remplacé par quelque chose qui ressemble à:

n = find (T0(T1(M, 1) + 1, T1(M, 2)) > 0);
A(M, T0(n)) = -1;
A(T0(n), M) = -1;
A(M, M) = A(M, M) + 1;
A(T0(n), T0(n)) = A(T0(n), T0(n))  + 1;

L'idée est là mais je n'ai pas testé.

[A voir en vidéo sur Futura]