Les virus : cellules procaryotes ?

[fabien.che]

Si on considère le stade cellule comme un stade à part entière on peut très bien répondre :

Qu'est ce qui permet de discriminer le virus de la cellule une fois celle-ci infectée? Dans ce cas là le virus a des interactions/échanges avec l'extérieur, ainsi qu'un métabolisme.

Pour ce qui est de mieux définir le vivant je laisse à d'autres plus érudits .

La première réponse qui me vient est : si on part dans ce genre de considération, que l'hôte infecté est un parasite à part entière, nous sommes tous des virus !

Mais admettons. Je n'ai pas l'esprit fermé, je suis prêt à l'imaginer. Mais même dans ce cas, ça n'est acceptable que si vous me dites que le virus, une fois dans sa cellule hôte, modifie les échanges (ou le métabolisme) qui existaient avant l'infection et/ou profite de ces échanges (du métabolisme), au détriment de la cellule. Or, je ne crois pas que ce soit le cas (mais je peux me tromper).
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[mantOs]

La première réponse qui me vient est : si on part dans ce genre de considération, que l'hôte infecté est un parasite à part entière, nous sommes tous des virus !

Mais admettons. Je n'ai pas l'esprit fermé, je suis prêt à l'imaginer. Mais même dans ce cas, ça n'est acceptable que si vous me dites que le virus, une fois dans sa cellule hôte, modifie les échanges (ou le métabolisme) qui existaient avant l'infection et/ou profite de ces échanges (du métabolisme), au détriment de la cellule. Or, je ne crois pas que ce soit le cas (mais je peux me tromper).

Pas mal de virus produisent des protéines qui modifient l'intégrité de la cellule, son trafic, sa capacité de réponse etc. Certains augmente/diminues la quantité de récepteur à leur surface afin de moduler les échanges cellules/cellules.

[invité576543]

Certes, on considère une spore, étant métaboliquement inactive, comme vivante. Donc, les virus métaboliquement inactifs également, peuvent être considéré comme vivant. C'est ce que je comprends dans cet extrait.

Mais, la spore n'est qu'un état du cycle complet de la bactérie. Or, comme vous l'avez dit, il faut considérer l'ensemble du cycle. Et dans l'ensemble du cycle viral, le virus reste métaboliquement inactif.

C'est encore un problème de mots (1). Qu'entend-on par "actif". Si le fait (et c'est un fait) que la présence des éléments du virus entraînent la création de nouveaux virus est accepté comme une "activité", alors le virus est anaboliquement actif, au sens où il influence (il dirige, par sa simple présence) l'anabolisme de la cellule.

Si on considère que l'activité ne concerne que les exécutants, alors la conclusion sera différente.

Mais est-ce qu'émettre des informations qui modifient les actions des exécutants n'est pas considéré en général comme une activité? Un général qui ne tire aucun coup de feu est-il actif ou pas dans une guerre?

Quelles conséquences auraient, par exemple dans le travail scientifique, de considérer les virus juste "passifs", i.e., à l'instar des poisons, comme l'arsenic ou la toxine botulique? Serait-ce constructif?

Je voulais également avancer la notion d'interactions et d'échanges (surtout d'échanges) avec le milieu extérieur. Par exemple, comment un virus réagit-il face à des conditions environnementales défavorables (pour rester sur le thème de la bactérie et de sa spore...) ?

Si par "défavorable" on entend conditions qui modifient l'être de façon qu'à jamais toute reproduction est interdite, virus, bactéries et tout autre être vivant sont sur un pied d'égalité.

Si on entend "conditions dans lesquelles la reproduction n'est pas possible, mais telles que celle peut redevenir possible si les conditions changent", je ne vois pas non plus de différence essentielle entre virus et spores. Dans les deux cas on trouve une grande variété dans l'ampleur ou la nature des conditions défavorables. S'il y a une différence, c'est qu'on ne peut pas parler d'un "être" bien cerné qui serait au virion ce que la bactérie est à la spore : on ne parle de virus que lorsqu'il y a une forme "assimilable" à la spore (le virion) dans leur cycle reproductif. Alors que l'état spore est facultatif, c'est une variante du cycle adapté, justement, à des conditions défavorables.

Cordialement,

(1) Les questions discutées dans les derniers messages sont aussi des questions de mots : y répondre ne change strictement rien à nos connaissances objectives. Elles changent juste la manière d'exprimer ces connaissances. Exemple : ce n'est pas parce qu'on exclut les virus de l'arbre du vivant qu'on va réfrener l'application aux virus de la majeure partie de la biologie, comme les notions de reproduction, de mutation, de sélection, etc.

[doubleD]

Salut

Pour ce qui est du métabolisme, même dans le stade virion il se pourrait qu'il puisse se passe quelque chose.

J'ai pas le nom du virus en tête mais on a découvert un virus d'archae qui a une maturation extracellulaire: il est produit sous une forme qui ressemble un peu à un citron, et celle ci est non infectieuse. Dans le milieu extérieure, les deux pôles du citron vont s'allonger comme des aiguilles, ce qui change la morphologie du virus. C'est cette forme qui est infectieuse.

Après je ne sais pas si on a pu montrer comment cette maturation extracellulaire avait lieu. Mais c'est peut être le signe d'un métabolisme.

Et pour revenir au métabolisme, il y a bien des virus avec des activités dna pol dans le virion non ?

[mantOs]

Salut

Pour ce qui est du métabolisme, même dans le stade virion il se pourrait qu'il puisse se passe quelque chose.

J'ai pas le nom du virus en tête mais on a découvert un virus d'archae qui a une maturation extracellulaire: il est produit sous une forme qui ressemble un peu à un citron, et celle ci est non infectieuse. Dans le milieu extérieure, les deux pôles du citron vont s'allonger comme des aiguilles, ce qui change la morphologie du virus. C'est cette forme qui est infectieuse.

Après je ne sais pas si on a pu montrer comment cette maturation extracellulaire avait lieu. Mais c'est peut être le signe d'un métabolisme.

Et pour revenir au métabolisme, il y a bien des virus avec des activités dna pol dans le virion non ?

Si mes souvenir sont bon HBV fini de synthétiser son ADN dans le virion.

HIV mature sa polyprotéine dans le virion.

[doubleD]

Je savais bien que j'avais l'article quelque part:

Nature. 2005 Aug 25;436(7054):1101-2.
Virology: independent virus development outside a host.

Häring M, Vestergaard G, Rachel R, Chen L, Garrett RA, Prangishvili D.
Molecular Biology of the Gene in Extremophiles Unit, Institut Pasteur, 75724 Paris Cedex 15, France.

Et l'analyse plus poussée

J Mol Biol. 2006 Jun 23;359(5):1203-16.
Structural and genomic properties of the hyperthermophilic archaeal virus ATV with an extracellular stage of the reproductive cycle.

Prangishvili D, Vestergaard G, Häring M, Aramayo R, Basta T, Rachel R, Garrett RA.

Abstract

A novel virus, ATV, of the hyperthermophilic archaeal genus Acidianus has the unique property of undergoing a major morphological development outside of, and independently of, the host cell. Virions are extruded from host cells as lemon-shaped tail-less particles, after which they develop long tails at each pointed end, at temperatures close to that of the natural habitat, 85 degrees C. The extracellularly developed tails constitute tubes, which terminate in an anchor-like structure that is not observed in the tail-less particles. A thin filament is located within the tube, which exhibits a periodic structure. Tail development produces a one half reduction in the volume of the virion, concurrent with a slight expansion of the virion surface. The circular, double-stranded DNA genome contains 62,730 bp and is exceptional for a crenarchaeal virus in that it carries four putative transposable elements as well as genes, which previously have been associated only with archaeal self-transmissable plasmids. In total, it encodes 72 predicted proteins, including 11 structural proteins with molecular masses in the range of 12 to 90 kDa. Several of the larger proteins are rich in coiled coil and/or low complexity sequence domains, which are unusual for archaea. One protein, in particular P800, resembles an intermediate filament protein in its structural properties. It is modified in the two-tailed, but not in the tail-less, virion particles and it may contribute to viral tail development. Exceptionally for a crenarchaeal virus, infection with ATV results either in viral replication and subsequent cell lysis or in conversion of the infected cell to a lysogen. The lysogenic cycle involves integration of the viral genome into the host chromosome, probably facilitated by the virus-encoded integrase and this process can be interrupted by different stress factors.

[noir_ecaille]

On sait que certains virus comme la variole font produire, par la cellule infectée, des leurres de leur crû chargés de détourner les défenses immunitaires -- et n'ayant aucun impact positif/actif dans le cycle de réplication/production de virions.
On peut donc conclure que certains virus ne sont pas "inactif" (ou inertes ?) puisqu'ils ont des "gènes" codant des protéines structurales "inhabituelles" chez l'hôte. A cela s'ajoute la "finition" : la maturation externe à l'enveloppe de l'hôte, et donc indépendamment de son métabolisme ?

Je crois que la difficulté de considérer (plutôt que "savoir") les virus comme étant ou non vivant, n'est pas insurmontable. Faut-il changer une fois encore nos dictionnaires et nos points de vues ?

On a peut-être affaire avec une forme de vie non cellulaire, évoluant certes en parasite obligatoire, mais pas inerte -- sans prise ni adaptation avec l'environnement.

Mais accepter qu'un édifice chimique comme un virion soit vivant, implique-t-il que d'autres édifices chimiques auto-réplicatifs non cellulaires sont vivants ?

[invité576543]

sans prise ni adaptation avec l'environnement.

Que faut-il comprendre par ce texte ?

[noir_ecaille]

Le virus a un effet sur l'environnement -- son hôte entre autre -- et il s'adapte / mute au fil des générations. Il ne semble donc pas inerte mais actif, puisqu'il agit sur l'environnement et qu'il y répond par adaptations successives -- au contraire d'une pierre qui chute, subit autant qu'elle a une action sur l'environnement mais ne s'adapte en rien.

[invité576543]

OK, je n'avais pas compris que l'expression paraphrasait "inerte"...

[Yoyo]

Mais je ne sors pas le virus de son cycle complet, au contraire. Un parasite, autre que virus, une fois en place chez son hôte va détourner certaines voies de métabolisation.

Le virus aussi modifie totalement la physiologie de la cellule, en détournant tout l'appareil de synthèse protéique en faveur de ses propres genes, et du coup éteint tous les genes cellulaires.

Les virus se contentent " simplement " de répliquer du matériel génétique. A aucun moment de son cycle ne virus ne va consommer ou produire quelconque composé organique ou minéral. Et ça, selon moi, ce n'est pas très caractéristique du vivant.

Mais ce n'est pas ce que font les virus. De plus on ne pourra jamais résumer le vivant a une seule caractéristique!
Par exemple on arrive a reconstituer des voies métaboliques dans des vésicules lipidiques. Il y a donc reaction enzymatique, et pourtant ca n'est pas vivant.
Comme dit plus haut, certains virus finissent leur cycle de maturation a l'exterieur de la cellule infectée.

Mais accepter qu'un édifice chimique comme un virion soit vivant, implique-t-il que d'autres édifices chimiques auto-réplicatifs non cellulaires sont vivants ?

Un virion n'est pas un edifice chimique inerte! et la réponse a ta question est non. La notion d'auto-replication ne suffit pas pour définir le vivant.
-Interaction
-evolution/adaptation
-replication
-séparation du milieu exterieur

voila pour moi la combinaison minimum pour definir le vivant.

YOyo

[noir_ecaille]

Merci à Yoyo pour ces éclaircissements

Si les virus sont vivants, et qu'ils ne sont pas des cellules, seraient-ils un autre règne du vivant ?