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Darwin dynamite la génétique




  1. #31
    minushabens

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Le projet ENCODE et ses interprétations ont fait mourir de rire (ou de colère) les spécialistes de l'évolution.
    si c'est le cas c'est un peu effrayant: qu'un chercheur ou un petit groupe de chercheurs se fourvoie n'est pas rare, mais là on parle de plus de 400 chercheurs qui ont produit plus de 1000 publis (je viens de visiter leur site), d'un projet soutenu par les universités les plus prestigieuses. Comment cela est-il (ou serait-il) possible?

    -----


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  3. #32
    Antropos

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Où est le problème avec le projet ENCODE ?
    " L'essence de la technique n'est absolument rien de technique " M. Heidegger

  4. #33
    Amanuensis

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Je ne comprends pas l'objection.

    Et la thèse ne semble pas être, ni impliquer, que "tout le génome est sous sélection".
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

  5. #34
    Bluedeep

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Antropos Voir le message
    Où est le problème avec le projet ENCODE ?
    Vous avez lu l'article passé en lien par Alhec ?
    Visiblement non.

  6. #35
    Alhec

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Amanuensis Voir le message
    Je ne comprends pas l'objection.

    Et la thèse ne semble pas être, ni impliquer, que "tout le génome est sous sélection".
    En fait si, elle suppose que l'essentiel du génome a une fonction, or les zones du génome dont on parle ici ont pour caractéristique de ne pas être conservée et donc de ne pas être sous sélection, donc le projet de ce chercheur est d'étudier la "fonction" de parties du génome que la théorie de l'évolution considère comme sans fonction. C'est vrai que ce n'est pas exprimé comme ça dans l'article mais ça revient à ça. Je conseille la lecture de l'article que j'ai mis en lien.


    "si c'est le cas c'est un peu effrayant: qu'un chercheur ou un petit groupe de chercheurs se fourvoie n'est pas rare, mais là on parle de plus de 400 chercheurs qui ont produit plus de 1000 publis (je viens de visiter leur site), d'un projet soutenu par les universités les plus prestigieuses. Comment cela est-il (ou serait-il) possible?"

    Parce que l'étude a été réalisée par des gens qui n'ont jamais étudié la théorie de l'évolution. Cela dit, si certains biologistes ont réagi si agressivement, c'est effectivement en partie à cause de l'ampleur du projet. Je comprends que ce soit difficile à croire vu de l'extérieur. Mais je ne peux rien faire d'autres que vous inviter à lire les articles scientifiques sur le sujet, je crois que les spécialistes de l'évolution expliquent très bien le problème avec les conclusions du projet ENCODE.

    Ce que ENCODE montre c'est que dans une cellule, si on prend une région d'ADN au hasard, on trouve toujours une protéine qui va interagir avec cette région. C'est tout ... Les protéines et l'ADN, ce sont de grandes molécules, pleines de charges. Ce n'est pas étonnant qu'elles interagissent de manière aspécifique. Réciproquement, cette interaction ne prouve absolument pas qu'elle a de l'importance.

    D'ailleurs, je mets ici un morceau du test de l'onion...

    "Whatever your proposed functions are, ask yourself this question: Why does an onion need a genome that is about five times larger than ours?”

        —T. Ryan Gregory (personal communication)

    Admettons que le gars ait raison ... pourquoi un oignon aurait besoin de 5 fois plus d'instruction qu'un homme? En quoi sa structure est-elle plus complexe? Et il existe des amibes (unicellulaires) avec des génomes encore plus grands. Posez-vous cette question à chaque fois que vous lisez quelqu'un qui dit "j'ai compris à quoi servait l'essentiel du génome humain!". Si il a trouvé, alors il doit pouvoir expliquer à quoi sert l'essentiel du génome de l'onion et donc pourquoi l'oignon a besoin de 5 fois plus de génome que nous.
    Dernière modification par Alhec ; 02/02/2017 à 17h06.

  7. #36
    Amanuensis

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    pourquoi un oignon aurait besoin de 5 fois plus d'instruction qu'un homme?
    En quoi parler en termes de "besoin" a un sens en biologie? Les chats ont-ils besoin des puces?
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

  8. #37
    mh34

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Je ne comprends pas : on parle bien de ceci? https://genome.ucsc.edu/ENCODE/
    νοὗσοι δ'ἄνθρώποισιν φέρουσαι σιγῇ, ἔπει φωνὴν ἕξειλετο μητιστα Ζεύς

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  10. #38
    Alhec

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Je ne vois pas l'intérêt de systématiquement se la ramener sur toutes les discussions pour faire le malin sur des points de sémantique, je suis persuadé que tu fais semblant de ne pas comprendre. Par ailleurs la réponse à ta question se trouve dans l'article que j'ai mis en lien.

  11. #39
    Alhec

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par mh34 Voir le message
    Je ne comprends pas : on parle bien de ceci? https://genome.ucsc.edu/ENCODE/
    Oui c'est ça. Mon message du dessus ne s'adressait pas à toi.

  12. #40
    mh34

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Mon message du dessus ne s'adressait pas à toi.
    J'avais compris.
    Je ne comprends pas en quoi ce projet peut dire quelque chose sur l'évolution, en fait....
    νοὗσοι δ'ἄνθρώποισιν φέρουσαι σιγῇ, ἔπει φωνὴν ἕξειλετο μητιστα Ζεύς

  13. #41
    Alhec

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par mh34 Voir le message
    J'avais compris.
    Je ne comprends pas en quoi ce projet peut dire quelque chose sur l'évolution, en fait....
    Moi non plus, c'est bien ce que disent les spécialistes du sujet, ENCODE ne nous apprend rien sur l'évolution ni la fonction des éléments du génome (puisque la fonctionnalité d'un élément génomique est établie à partir de son histoire évolutive). Pourtant ENCODE a été présenté comme démontrant que 80% du génome était fonctionnel.

  14. #42
    Amanuensis

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Par ailleurs la réponse à ta question se trouve dans l'article que j'ai mis en lien.
    Non. L'article en lien est un article de dénigrement, on ne sait pas s'il présente honnêtement la thèse attaquée. J'y vois plein de rhétorique gratuite, ce qui rend l'article douteux et ruine le message. Je ne doute pas qu'il y ait un message important, mais la couche de rhétorique agressive ne me permet pas de l'extraire.

    Vu de l'extérieur, ce qui ressort de manière dominante c'est une "guèguerre" entre clans. Et ça cache le fond scientifique.

    Il n'y avais pas mieux comme référence à proposer?

    Je ne vois pas l'intérêt de systématiquement se la ramener sur toutes les discussions pour faire le malin sur des points de sémantique
    Réflexion curieuse pour quelqu'un qui donne en lien un papier dont le propos principal semble être de discuter le terme "function". Est-ce une manière de dire qu'on peut discuter le papier mais pas son propos principal, parce que c'est "un point de sémantique" dont on "ne voit pas l'intérêt"?
    Dernière modification par Amanuensis ; 03/02/2017 à 06h27.
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

  15. #43
    minushabens

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Parce que l'étude a été réalisée par des gens qui n'ont jamais étudié la théorie de l'évolution.
    j'ai un peu de mal avec ça. Tout biologiste qui se respecte doit connaître la théorie de l'évolution. Et c'est d'ailleurs le cas dans mon expérience.

  16. #44
    f.oreste

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par EauPure Voir le message
    Darwin dynamite la génétique



    Il y avait déjà les mutations aléatoires évolutionnistes et maintenant c'est l'expression des gènes qui serait aléatoire évolutionniste
    ça donne plus de poids aux algorithmes évolutionnistes
    hm, a vue de nez, c'est très interressant ce processus selectif d'une phénomène aléatoire... mais... mais, si cela correspond bien à un phénomène, il n'en reste pas moins que le résultat final est globalement très consrvateur... soit que le résultat est quasi prédictible en ce que les poules ne ont pas des canards... et que si l'on veux un chien, l'on ne peux esperer l'obtenir par voie naturelle... trivial ? comme exemple... peut-être, mais cela vas quand même gravement contre l'idée un procéssus évolutif au plan génomique... en ce que la fin ressemblant a ce qui etait prévisible, l"on ne saurait conclure a un carractère aléatoire du processus "global"

    par contre, ce qui me viens immédiatement en tête à la lecture de cet article, et de la multiplication/activtion aléatoire des gènes, correspond un peu à l'explosion de diversité du cambrien (faune de burgess), et avec ensuite une sélection drastique des variant comme autant de possible...

    a quoi bon cette diversité et cette explosion, si l'on a d'emblée un script menant à un organisme fonctionnel ? est-ce un moyen acquis, un caractère permettant de déjouer le hasard de la production, qui toujours contiennent des "malfaçons" (retour atelier) et le processus évolutif aurait pour trait de permettre la sélection "à coup sûr" des élément valide et fonctionnel pour l'assemblage final... en ce sens cette explosion-production sélection ressemble fortement ç un simple crible qualitatif dans un processus de production, ou l'on sait qu'il existe une part non-négligeable défaut de production....

    et une fois vous aurez lu ce méssage vous vous comporterez exactement comme ce procéssus évolutif, soit en accordant crédit (validation d'un possible) de message comme une variation possible de l'ensemble des réponses possible au premier message... le tout ressemblant au procéssus final...

    un simple brain-storming génetique par-là... (production d'idée aléatoire et selection a-postériori des meilleur variant-idées)

  17. #45
    mh34

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    (puisque la fonctionnalité d'un élément génomique est établie à partir de son histoire évolutive).
    Ah? Moi je croyais qu'il suffisait de prouver qu'un tableau clinique pathologique était lié à une mutation spécifique sur un de ces éléments pour en déduire ( au moins partiellement) sa fonction...
    νοὗσοι δ'ἄνθρώποισιν φέρουσαι σιγῇ, ἔπει φωνὴν ἕξειλετο μητιστα Ζεύς

  18. #46
    EauPure

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Moi aussi et si on fait une mutation dans l'ADN poubelle est ce que ça produit une pathologie détectable ?
    La béatitude est l'attitude de l’abbé : la théorie bleue

  19. #47
    Cendres

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par minushabens Voir le message
    j'ai un peu de mal avec ça. Tout biologiste qui se respecte doit connaître la théorie de l'évolution. Et c'est d'ailleurs le cas dans mon expérience.
    La situation m'a l'air plus compliquée: https://www.ac-paris.fr/portail/uplo..._godelle-2.pdf
    N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)

  20. #48
    minushabens

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Intéressant article. Merci. Il décrit la situation en France, je ne sais pas si c'est la même aux Etats-Unis, où sont situés la plupart des membres du consortium. En tout cas ce sont des généticiens, une discipline quand-même pas si éloignée de la théorie de l'évolution.

  21. #49
    mh34

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par EauPure Voir le message
    si on fait une mutation dans l'ADN poubelle est ce que ça produit une pathologie détectable ?
    Oui : http://unige.ch/communication/commun...CdP140724.html
    http://www.pnas.org/content/109/13/4980.abstract
    νοὗσοι δ'ἄνθρώποισιν φέρουσαι σιγῇ, ἔπει φωνὴν ἕξειλετο μητιστα Ζεύς

  22. #50
    Alhec

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par minushabens Voir le message
    j'ai un peu de mal avec ça. Tout biologiste qui se respecte doit connaître la théorie de l'évolution. Et c'est d'ailleurs le cas dans mon expérience.
    En tant que biologiste faisant une thèse sur le sujet j'ai l'impression que c'est très très loin d'être le cas. Le projet ENCODE n'est pas qu'un projet de biologiste d'ailleurs. La théorie de l'évolution est très peu enseignée dans le domaine des science biomédicales, par exemple.

  23. #51
    Alhec

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par mh34 Voir le message
    Ah? Moi je croyais qu'il suffisait de prouver qu'un tableau clinique pathologique était lié à une mutation spécifique sur un de ces éléments pour en déduire ( au moins partiellement) sa fonction...
    C'est en effet une bonne indication mais je ne pense pas que ce soit suffisant. Que se passe-t-il par exemple si cette mutation est absolument sans effet mais liée physiquement à une autre mutation qui elle, est responsable du tableau clinique, par exemple?

  24. #52
    Alhec

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Il ne faut pas confondre ADN non codant et ADN poubelle. L'ADN poubelle est non codant mais tous ce qui est non codant n'est pas "poubelle". Les séquences régulatrices, les micro ARNs, les ARNs ribosomiaux, etc ... tout ça c'est non codant mais ce n'est pas de l'ADN poubelle. Le terme ADN poubelle a été conçu pour spécifiquement désigné les parties du génome non fonctionnelles.
    Voir ici (et c'est en accès libre) pour une discussion intéressante sur l'ADN poubelle
    http://journals.plos.org/plosgenetic...l.pgen.1004351
    Je cite: "Today, “junk DNA” is often used in the broad sense of referring to any DNA sequence that does not play a functional role in development, physiology, or some other organism-level capacity."

  25. #53
    mh34

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Il ne faut pas confondre ADN non codant et ADN poubelle. L'ADN poubelle est non codant mais tous ce qui est non codant n'est pas "poubelle". Les séquences régulatrices, les micro ARNs, les ARNs ribosomiaux, etc ... tout ça c'est non codant mais ce n'est pas de l'ADN poubelle. Le terme ADN poubelle a été conçu pour spécifiquement désigné les parties du génome non fonctionnelles.
    Voir ici (et c'est en accès libre) pour une discussion intéressante sur l'ADN poubelle
    http://journals.plos.org/plosgenetic...l.pgen.1004351
    Je cite: "Today, “junk DNA” is often used in the broad sense of referring to any DNA sequence that does not play a functional role in development, physiology, or some other organism-level capacity."
    Ok merci.
    Mais je croyais que le terme d'ADN poubelle " avait été retoqué? On l'emploie encore?
    νοὗσοι δ'ἄνθρώποισιν φέρουσαι σιγῇ, ἔπει φωνὴν ἕξειλετο μητιστα Ζεύς

  26. #54
    Alhec

    Re : Darwin dynamite la génétique

    L'ADN poubelle est une conséquence de l'évolution chez les eucaryotes, qui est dominée par la dérive génétique et non la sélection. Pour faire simple, la taille efficace de la population humaine (et d'autres espèces) est trop réduite pour permettre à la sélection naturelle d'éliminer les éléments inutiles du génome, qui s'accumulent donc. C'est pour cela que le terme ADN poubelle date des années '60, bien avant la génomique. Son existence avait déjà été prédite.

    En conclusion, le terme est loin d'avoir disparu. C'est pour ça que j'ai mis le lien vers cet article de Plos Biology qui fait un bon résumé. En fait expliquer l'existence du Junk DNA est "facile" à partir du moment où on étudie la théorie de la génétique des populations.

  27. #55
    JPL

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Mais ce que disent les travaux du projet ENCODE c'est qu'un partie significative de ce qu'on considérait comme de l'ADN poubelle n'en est pas.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  28. #56
    mh34

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Que se passe-t-il par exemple si cette mutation est absolument sans effet mais liée physiquement à une autre mutation qui elle, est responsable du tableau clinique, par exemple?
    Dans tous les cas il faut la tester, pour savoir si elle est neutre.
    νοὗσοι δ'ἄνθρώποισιν φέρουσαι σιγῇ, ἔπει φωνὴν ἕξειλετο μητιστα Ζεύς

  29. #57
    Amanuensis

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    Il ne faut pas confondre ADN non codant et ADN poubelle. L'ADN poubelle est non codant mais tous ce qui est non codant n'est pas "poubelle".
    C'est bien là le problème, non? Comment alors classer proprement une partie de l'ADN comme "ADN poubelle"? Est-ce que cela a même un sens?

    Le discours donne l'impression d'une dichotomie binaire stricte. Fonctionnel / pas fonctionnel. pas poubelle /poubelle. Sûr que ça permet de sortir des pourcentages, etc.

    Mais on ne voit pas pourquoi ce serait aussi simpliste que ça.

    Que la théorie de l'évolution prédise l'existence d'un ADN poubelle à un sens fort paraît fort convainquant, mais ne permet pas d'en prédire la proportion (en particulier parce qu'elle pourrait varier au cas par cas, cf. oignons et humains), ni comment qualifier un bout d'ADN dans une dichotomie simpliste poubelle/pas poubelle.

    Peut-être bien que les biologistes du projet ENCODE vont trop loin, je ne sais pas juger.

    Mais je sais juger un procès à charge. Quand un camp attaque avec une approche visiblement simpliste (binarisation poubelle/pas poubelle), et utilise une argumentation ad hominem ("ils ne connaissent pas la théorie de l'évolution"), ma réaction est de disqualifier ces discours comme biaisés, de ne les lire "qu'avec des pincettes", et d'essayer de chercher ailleurs un discours plus nuancé, essayant de faire la part des choses.

    Les séquences régulatrices, les micro ARNs, les ARNs ribosomiaux, etc ... tout ça c'est non codant mais ce n'est pas de l'ADN poubelle. Le terme ADN poubelle a été conçu pour spécifiquement désigné les parties du génome non fonctionnelles.
    Donc simple synonymie entre "poubelle" et "non fonctionnel", ce qui ramène encore et toujours à la sémantique du terme "fonctionnel".

    Je cite: "Today, “junk DNA” is often used in the broad sense of referring to any DNA sequence that does not play a functional role in development, physiology, or some other organism-level capacity."
    Rien de plus difficile à utiliser en pratique qu'une définition négative. En plus, la définition ne précise pas les organismes à prendre en compte. Montrer (comment?) qu'une séquence n'a strictement aucun rôle ..., pour une cellule, ou pour un organisme, ne permet pas de généraliser la propriété négative à toute une population, toute une espèce, tout un clade, que sais-je?

    Ce n'est pas une définition opérationnelle, pas étonnant sur une telle base qu'il puisse y avoir polémique rhétorique.
    Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.

  30. #58
    illusionoflogic

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Tiens, j'ai une question : est-ce que les télomères sont considérés comme de l'ADN poubelle ?
    Lisez mes propos. Je suis pas là.

  31. #59
    minushabens

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par Alhec Voir le message
    C'est en effet une bonne indication mais je ne pense pas que ce soit suffisant. Que se passe-t-il par exemple si cette mutation est absolument sans effet mais liée physiquement à une autre mutation qui elle, est responsable du tableau clinique, par exemple?
    tu parles de déséquilibre de liiaison mais je pense que mh34 utilisait le verbe "lié" pour parler du cas où le mécanisme biochimique est établi. Dans ce cas la connaissance de l'histoire évolutive du gène n'a pas tellement d'importance.

    Je prends un exemple: la maladie appelée drépanocytose est due à une mutation de tel nucléotide sur le gène de la beta-globine, c'est un fait établi en-dehors de toute considération évolutive. La théorie de l'évolution permet de comprendre pourquoi cette mutation est présente avec telle fréquence dans telle population. Il y a bien un apport de la théorie de l'évolution à la compréhension de cette maladie, mais la connaissance du rôle fonctionnel de la mutation ne lui doit rien.
    Dernière modification par minushabens ; 04/02/2017 à 10h54.

  32. #60
    Alhec

    Re : Darwin dynamite la génétique

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Mais ce que disent les travaux du projet ENCODE c'est qu'un partie significative de ce qu'on considérait comme de l'ADN poubelle n'en est pas.
    Certes mais leur seul argument, c'est une activité biochimique, autrement dit, une interaction à un moment donné avec une protéine. C'est difficile à accepter. De plus ces zones sont non conservées dans l'évolution, ça devient vraiment difficile à expliquer. Et ensuite, ils ont utilisé énormément de lignées de cellules cancéreuses, qui sont connues pour être "permissives" au niveau transcriptionnel. Je conseille également la lecture attentive des articles, le "threshold" qu'ils utilisent pour retenir une interaction est parfois absolument ridicule tellement il est bas.

    Et on en revient toujours à la même chose: si 80% du génome est fonctionnel, comment la fonction est-elle maintenue sans sélection naturelle? Et puis rien à fait, pourquoi l'oignon ou l'amibe auraient-ils besoin de beaucoup plus de ces éléments que les mammifères? Pourquoi la taille du génome peut-elle varier du simple au double entre espèces soeurs? S'ils ont raison ils réfutent la théorie de l'évolution.

    J'ai trouvé un article qui répondra mieux à mh34 je crois:
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3619371/

    Ici il explique à la fois pourquoi l'ADN poubelle n'est pas mort, pourquoi cependant certaines parties d'ADN poubelle s'avéreront en fait avoir une fonction et pourquoi ça ne réfute quand même pas la notion d'ADN poubelle.

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