Darwin dynamite la génétique

[JPL]

ça ne réfute quand même pas la notion d'ADN poubelle.

Je ne l'ai jamais pensé ni dit.
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[invite9dc7b526]

Il y a quand-même un fait à expliquer si vraiment 90% de l'ADN ne sert à rien: dupliquer l'ADN consomme de l'énergie et prend du temps, et donc un ADN totalement inutile devrait être contre-sélectionné.

[Cendres]

Il y a quand-même un fait à expliquer si vraiment 90% de l'ADN ne sert à rien: dupliquer l'ADN consomme de l'énergie et prend du temps, et donc un ADN totalement inutile devrait être contre-sélectionné.

Pourquoi être contre-sélectionné si c'est inutile ? Défavorable et délétère, ok...

[invite9dc7b526]

Tout ce qui utilise des ressources sans apporter d'avantage sélectif est a priori défavorable. Mais je reconnais qu'un variant qui "oublierait" de répliquer un petit morceau d'ADN aurait un avantage négligeable. Il faudrait supprimer une grande part de l'ADN inutile, mais comme le procédé de réplication ne peut pas le reconnaître ce n'est pas a priori possible. Cependant des organismes pour lesquels la vitesse de réplication est vitale, comme les virus n'ont pas d'ADN inutile (les virus ont même parfois plusieurs cadres de lecture pour les mêmes séquences). Et donc il doit quand-même y avoir un moyen de se débarrasser de l'ADN en trop.

[invite51d17075]

Et donc il doit quand-même y avoir un moyen de se débarrasser de l'ADN en trop.

bjr,
mais par quel mécanisme ?
quelle serait la nature du "méta" process qui ferait du toilettage ? et sur quels critères ?
Cdt

[Cendres]

Tout ce qui utilise des ressources sans apporter d'avantage sélectif est a priori défavorable.

Tout dépend si cette utilisation de ressources est "suffisamment défavorable"; en dehors de l'ADN, on connaît bien des organismes dits "maladaptés", dont la reproduction par exemple entraîne une surmortalité (hyène tachetée par exemple), et qui ne sont pas contre-sélectionnés.

[invite9dc7b526]

parce qu'il doit y avoir pléiotropie. Et puis je ne sais pas si la population d'hyènes tâchetées est très florissante.

[invite9dc7b526]

bjr,
mais par quel mécanisme ?
quelle serait la nature du "méta" process qui ferait du toilettage ? et sur quels critères ?
Cdt

pas de mécanisme particulier : une simple délétion aléatoire suffirait. C'est vrai maintenant que j'y pense, que ça peut fonctionner sur un petit génome comme celui d'un virus (où quelques dizaines de bases en moins font une différence) mais pas sur un gros génome. Donc on aurait un seuil en taille au-delà duquel un génome serait incapable de se nettoyer et accumulerait des séquences inutiles. C'est possible...

[invite51d17075]

pas de mécanisme particulier : une simple délétion aléatoire suffirait...

indépendamment de la taille du génome , je me demande bien quel serait le rapport bénéfice/risque d'un tel process !
ps : je n'y connais quasi rien en génétique, à part mes lectures ici sur le sujet.

[invite14397db8]

Il y a quand-même un fait à expliquer si vraiment 90% de l'ADN ne sert à rien: dupliquer l'ADN consomme de l'énergie et prend du temps, et donc un ADN totalement inutile devrait être contre-sélectionné.

L'efficacité de la sélection naturelle dépend aussi de la "taille efficace" de la population. Si celle-ci est trop faible, les mutations légèrement délétères ne sont pas contre-sélectionnées et se comportent comme des mutations neutres et s'accumulent par dérive génétique. La taille efficace des populations virales est infiniment plus importante que celles des eucaryotes, pour suivre ton exemple. Si ça t'intéresse, Michael Lynch a énormément travaillé là-dessus, il y a même la démonstration mathématique qui existe

[Cendres]

parce qu'il doit y avoir pléiotropie. Et puis je ne sais pas si la population d'hyènes tâchetées est très florissante.

C'est un problème de clitoris surdimensionné, avec un fort taux de testostérone, d'où étranglement des jeunes et/ou hémorragie de la femelle; c'est pour ça que j'ai précisé "hors ADN". Cela n'empêche pas Crocuta crocuta d'être un des grands carnivores les plus communs d'Afrique. Dans les exemples de caractères inutiles, coûteux (mais quels coûts par rapport à d'éventuels autres avantages?) voire néfastes, tout n'est pas forcément contre-sélectionné (Lecointre citait le hoquet chez l'homme ). Tout dépend du fardeau représenté face aux pressions de sélection (et donc variations du milieu). Il y a toujours dans la nature des choses qui nous semblent aberrantes.

[Cendres]

Donc on aurait un seuil en taille au-delà duquel un génome serait incapable de se nettoyer et accumulerait des séquences inutiles. C'est possible...

Oui, il serait intéressant d'avoir des publis là-dessus.

[invite9dc7b526]

Ca a forcément été étudié. Un bon point de départ serait de tracer la proportion d'ADN non codant en fonction de la taille du génome. Je viens de passer un moment à chercher ça mais je n'ai pas trouvé.

Ce serait intéressant aussi de voir comment on est arrivé à l'estimation de 9% du génome sous sélection. Les tests basés sur le rapport entre mutations synonymes et non synonymes ne marchant pas avec l'ADN non codant, il doit y avoir autre chose. Je vais essayer de creuser ça.

[invite14397db8]

Ca a forcément été étudié. Un bon point de départ serait de tracer la proportion d'ADN non codant en fonction de la taille du génome. Je viens de passer un moment à chercher ça mais je n'ai pas trouvé.

Ce serait intéressant aussi de voir comment on est arrivé à l'estimation de 9% du génome sous sélection. Les tests basés sur le rapport entre mutations synonymes et non synonymes ne marchant pas avec l'ADN non codant, il doit y avoir autre chose. Je vais essayer de creuser ça.

Oui oui ça existe! je ne les ai pas ici, mais je si vous taper "Michael Lynch" sur Google, vous devriez trouver des choses. Par contre tu n'as rien trouvé parce que c'est une fausse piste. La première chose que je peux te dire, c'est de t'intéresser à la génétique des populations et au concept de "Ne" ou taille efficace de population. La réponse à ta question est liée à ça. J'essaierai de retrouver quelques références. Mais par exemple, on peut, sur base de ces lois, prédire que le génome humain ne peut avoir plus de 30 000 gènes, au delà de ça; il accumulerait trop d'éléments délétères dans les gènes (ce nombre avait été avancé par Ohno dans les années 60-70).

[invite9dc7b526]

merci pour la référence; je regarderai. Je connais déjà un peu la génétique des pops et la notion de taille efficace et je suis un peu sceptique: si l'ADN non codant évolue par dérive il devrait aussi bien s'accumuler qu'être éliminé.

[invite14397db8]

merci pour la référence; je regarderai. Je connais déjà un peu la génétique des pops et la notion de taille efficace et je suis un peu sceptique: si l'ADN non codant évolue par dérive il devrait aussi bien s'accumuler qu'être éliminé.

Mmmm, remarque fort intéressante. Je serais tenter de dire, vrai sauf si il y a des mécanismes particuliers qui favorisent plutôt l'accumulation d'éléments que leur délétion. Je pense par exemple à la transposition.