Mutations silencieuses

[invite648c26c8]

Bonjour

Je suis en PCEM1 et en cours de biochimie, je n'ai pas du tout compris ce qui distinguait les mutations silencieuses des mutations non silencieuses (comme faux sens, non sens,...), si quelqu'un pouvait m'aider s'il vous plait

Peut etre était ce un problème de prise de notes, mais mes recherches sur google comfirment bien cette version:
_d'après mon cours, les mutations silencieuses sont :
->les mutations qui s'effectuent sur des séquences d'ADN qui ne sont pas destinées à être transcrites, et qui n'ont pas de rôle de régulation d'une transcription.
-> au niveau exonique au niveau du 3ème nucléotide des triplets (donc codon synonyme)
-> et là au niveau exonique et à l'origine d'une modification de la séquence protéique avec donc des conséquences au niveau de l'activité biologique

Par rapport à ce dernier exemple de mutation silencieuse, quel est alors la différence avec une mutation non silencieuse s'il vous plait??
-----

[pommier]

bonjour
la mutation peut entraîner le remplacement d'un aa par un autre mais la forme de la protéine ou de ses sites actifs n'est pas modifiée; soit les aa sont de propriétés voisines soit celà concerne une partie de la molécule éloignée des sites actifs.
On peut aussi appeler ces mutations mutations conservatives.

[invitef9169c33]

Bonjour Koala,

C'est toi qu'a noté le 3e tiret ou tu l'as copié?

Moi je dirais plutôt le contraire : une mutation silencieuse est une mutation (dans ce cas) dans une séquence intronique qui n'est pas traduite car ayant été épissé pendant la maturation de l'ARNm.. Du coup, la protéine ne comporte pas de modif dans sa séquence ni dans sa structure...

Ceci dit, je ne pense pas qu'on puisse muter comme ça à volonté les introns puisqu'ils ont des fonctions de régulation de la transcription.

[invite648c26c8]

Merci à vous deux, je suis désolée d'etre autant dans le flou !

J'ai recopié texto mon cours (que j'ai vérifié avec d'autres élèves)

Je comprends pas trop vos réponses je suis désolée

Pommier: notre prof a bien spécifié que la constitution de la protéine finale était altérée, avec par exemple comme conséquence un défaut de sécrétion, d'activité, d'aptitude de dégradation, etc... ces conséquences ne concerneraient pas un défaut des sites actifs de la protéine?

Abricote:
le premier cas cité est pour moi un peu également étrange pour les memes raisons, surtout que dans les "mutations non silencieuses" elle cite également "les mutations au niveau du promotteur ou des introns"

En farfouillant dans des articles, on trouve bien des mutations silencieuses sur des séquences exoniques, ET ayant des conséquences, mais la prof n'a pas du tout insinué que cela concernait des parties exoniques épissées (car on n'a vu que les parties introniques épissées!) :

Par exemple, il a été montré qu’une mutation silencieuse dans l’exon 16 du gène APC entraîne la synthèse d’ARNm aberrants (perte de l’exon 16). La traduction de ces transcrits conduit à la formation de protéines tronquées, responsables de la polypose adénomateuse familiale (associée à un risque élevé de cancer colorectal). Comme le montre l’étude de Montera et coll. (J Med Genet, 2001), cette mutation affecterait une séquence régulatrice de l’épissage (normalement reconnue par SRp40, un facteur de régulation de l’épissage) et nécessaire à la reconnaissance de l’exon 16 (voir figure). Ainsi, une mutation dite « silencieuse », n’ayant « a priori » aucun effet sur la séquence codante, peut indirectement avoir un effet néfaste par l’élimination inappropriée d’un exon au cours de l’épissage.

Mutation silencieuse au niveau d’une séquence régulatrice de l’épissage (APC, exon 16)

Actuellement, grâce à l’aide de l’AFM, Pierre de la Grange développe un outil bio-informatique qui permettra aux généticiens d’estimer l’impact d’une mutation sur l’épissage des produits d’un gène. Cet outil, appelé MESS (« Mutation Effect on Splicing Search »), est développé à partir des données de FAST DB et devrait être mis à disposition de la communauté scientifique à la fin de l’année 2006.


(1) L’épissage alternatif
La majorité (90%) des gènes humains sont constitués d’exons (une dizaine en moyenne) séparés par des introns. Après transcription, les introns sont éliminés lors de la réaction d’épissage et les exons qui contiennent l’information nécessaire à la synthèse des protéines sont assemblés pour donner les ARN messagers. Au cours de la réaction d’épissage, des exons ou des parties d’exons peuvent être épissés différentiellement. Ce mécanisme connu sous le nom d’épissage alternatif est une règle et non une exception car la plupart (70%) des gènes humains produisent au moins deux ARNm différents par épissage alternatif des exons.

(2) Les séquences régulatrices de l’épissage
Des séquences exoniques ou introniques de 5 à 10 nucléotides, appelées « séquences régulatrices de l’épissage », jouent un rôle important dans la reconnaissance des sites d’épissage par le spliceosome. Ces séquences, qui peuvent être proches ou éloignées des sites d’épissage qu’elles contrôlent, sont reconnues par des protéines appelées facteurs d’épissage qui aident au recrutement local du spliceosome ou au contraire empêchent ce recrutement (rôle « enhancer » ou « silencer »).

http://209.85.129.104/search?q=cache...lnk&cd=4&gl=fr

Alors voulait elle seulement parler de parties exoniques non destinées à etres codantes seulement? Ca ne semble pas possible puisqu'on en a jamais entendu parler..

Je crois que je m'enterre...!

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitec9f0f895]

Pourquoi faire simple quand on peut faire compliqué???

j'ai l'impression que vous melangez un peu tout!
stricto sensus une mutation silencieuse est une mutation qui modifie la sequence nucleotidique sans changer la sequence en acide aminé. Maintenant certains acides aminés ont des propriétés physico-chimiques similaires. Donc remplacer une ileu par une leu, peut ne pas avoir de grande consequence physiologiques.
A partir du moment ou la proteine ne presente plus la meme activité, localisation ou stabilité que la proteine sauvage on ne peut pas parler de mutation silencieuse!

L'extrait sité plus haut parle de l'exon-skipping (saut d'exon), c'est un cas particulier de l'epissage alternatif, qui n'a rien a voir avec la question initiales. (une mutation affectant l'epissage de l'ARN ne peut pas etre silencieuse). Il y a clairement abus de language.

YOyo

[invite648c26c8]

Merci Yoyo !

Donc il y a abus de langage dans l'article ET dans mon cours (puisqu'elle parle de modifications d'activité etc)?!

Ca fait beaucoup mais de toutes façons tout le monde est resté un peu confu par rapport à ce passage du cours autour de moi donc elle aura surement quelques retours

Merci

[invite5351d78c]

Comme l'a dit Yoyo, un remplacement d'un acide aminé par un autre ayant des propriétés physico-chimiques similaires est la plupart du temps silencieux, par exemple Ile par Leu, silencieux en ce qui concerne le repliement de la protéine. Mais cette même mutation peut vachement affecter l'activité de la protéine si elle se trouve, par exemple, dans le site de reconnaissance du substrat d'une enzyme. Car ces sites sont des sortes de poche où le substrat s'enfouit. Dans le cas d'une mutation Ile par leu, il y a quand même une modification de l'encombrement stérique et le substrat peut ne plus pouvoir passer. Il n'y a donc pas de règle stricte, chaque mutation d'acide aminé a son cas particulier.

Ces noms ont été donné, je pense, pour généraliser les types de mutations, il faut juste garder à l'esprit, pour sa propre compréhension, qu'il y a des cas particuliers et que ce ne sont pas des règles figées.

Mais bon, dans le cadre des exams, garde à l'esprit les notions que filent les profs. Faut que je cherche dans mes cours car j'en ai un qui énumère les différents types de mutations (silencieuses, non silencieuses, faux-sens, non-sens,..) en 6-7 lignes ce qui simplifie largement. J'ai pommé le lien donc reviens d'ici 2-3 jours sur ce topic, j'aurais mis la page en question et là tu comprendras j'en suis sûr.

A+

PS : Autre truc, dans une citation, tu dis que 90% du génome est constitué d'exons, c'est l'inverse, il ya 90% d'introns plutôt.

[invitee57b9048]

Bonjour,

Je me permets de répondre car je suis l'auteur de l'article cité ci-dessus. Le cas considéré traite d'une mutation dans un exon "codant" qui ne change apparement pas la séquence codante par simple traduction de la séquence nucléique. C'est pour cette raison que cette mutation est une mutation dite "silencieuse".

Cependant, que ce soit au niveau des exons, codant ou non, ou au niveau des introns (non-codant), il existe de très nombreuses séquences ayant des rôles de régulation : régulation de la transcription, de l'épissage... Le cas dont je discute dans l'article est une mutation qui affecte une séquence régulatrice de l'épissage. L'exon correspondant est exclu de l'ARN messager ce qui entraine la synthèse d'une protéine tronquée.

Donc pour résumé : une mutation est dite silencieuse si elle ne change pas l'acide aminée correspondant mais elle peut, en affectant certaines séquences dites régulatrices, avoir des conséquences encore plus dramatique sur la protéine.

Voila, j'espere que ces quelques explications t'auront éclairé.

Pierre

[invitecece8814]

Bonjour

Je suis en PCEM1 et en cours de biochimie, je n'ai pas du tout compris ce qui distinguait les mutations silencieuses des mutations non silencieuses (comme faux sens, non sens,...), si quelqu'un pouvait m'aider s'il vous plait

Peut etre était ce un problème de prise de notes, mais mes recherches sur google comfirment bien cette version:
_d'après mon cours, les mutations silencieuses sont :
->les mutations qui s'effectuent sur des séquences d'ADN qui ne sont pas destinées à être transcrites, et qui n'ont pas de rôle de régulation d'une transcription.
-> au niveau exonique au niveau du 3ème nucléotide des triplets (donc codon synonyme)
-> et là au niveau exonique et à l'origine d'une modification de la séquence protéique avec donc des conséquences au niveau de l'activité biologique

Par rapport à ce dernier exemple de mutation silencieuse, quel est alors la différence avec une mutation non silencieuse s'il vous plait??

Pour ma part, les mutations silencieuses sont les modifications d'ADN ou de molécules sur un organe particulier.Quoi qu'il en soit, ces mutations sont indétectables pour l'hommes pendant plusieurs années. Ce sont également les plus dangereuses car elles progressent en silence. Les mutations non-silencieuses sont repérables beaucoup plus vite.

[invitec9f0f895]

Pour ma part, les mutations silencieuses sont les modifications d'ADN ou de molécules sur un organe particulier.Quoi qu'il en soit, ces mutations sont indétectables pour l'hommes pendant plusieurs années. Ce sont également les plus dangereuses car elles progressent en silence. Les mutations non-silencieuses sont repérables beaucoup plus vite.

Ce n'est pas la definition des mutations silencieuses! ce dont tu parles c'est plutot le temps de latence mis par une maladie pour se déclarer.
Yoyo