Criblage virtuel et "docking"

[Yoyo]

Bonjour

Ce message s'adresse plus particulierement aux biologistes qui s'interessent aux aspects structuraux.
Connaissez-vous un logiciel ou un server sur lequel il est possible de faire du criblage virtuel de chimiotheque? Dans la meme idée je suis a la recherche d'outils pour faire du docking moleculaire a partir d'une protéine cristalisée. J'utilise l'excelent logiciel Pymol pour visualiser mes structures, j'ai trouvé un pluging qui s'appelle "autodock" mais pour une raison mysterieuse ca ne marche pas... any help?
Si vous avez des outils préférés ou des astuces n'hesitez pas.

Merci par avance
YOyo
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[Yoyo]

Salut

bon visiblement il n'y a pas d'adeptes structuralistes sur le forum...

YOyo

[invite5351d78c]

salut,

je connais un bon logiciel d'alignement de structure, il s'appelle SPDBV (Swiss-Prot DataBase Viewer). Les alignements peuvent se faire par domaines, avec l'angle magique, tu peux aligner autant de protéines que tu veux à conditions quelles soient structuralement proches évidemment . Et une fois que c'est aligné, je regarde avec ViewerLite qui se rapproche de PyMol et beaucoup plus simple d'utilisation et aussi performant.

Qu'est ce que t'appelle du Docking moléculaire??

Donc je sais pas si tout ça correspond à tes attentes mais bon, j'aurais essayé..

Pour le criblage de chimiothèque, je pourrais t'envoyer la station de modélisation moléculaire qu'il y a dans mon équipe par chronopost!! c'est une machine géniale!!

A+

[Yoyo]

SAlut

Merci pour ta reponse et pour le chronopost )

Pour l'alignement j'arrive a le faire sur Pymol donc pas de probleme, mais merci quand meme. Le docking c'est la modelisation des interactions entre de petites molecules et une proteine cible. ca permet par exemple de trouver des drogues pouvant potentiellement bloquer l'activité d'une proteine car cette molecule se fixerait au site actif de la proteine.

Yoyo

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite5351d78c]

Ah d'accord, donc en fait il ya un thésard qui fait du docking toute la journée alors, avec la station. C'est génial car tu te met des lunettes cristoliquide sur le cigare, et là tu voit ta protéine en 3D donc tu te balades carrément dans la molécule. Les efforts pour visualiser la position des acides aminés et des groupements fonctionnels sont nettement diminués. Après ya plus qu'à choisir une molécule potentielle et la mettre dans le LBD de la protéine. Les intéractions se font automatiquement et la machine calcule les distances en Angstrum des intéractions. Je crois qu'on peut aussi lui faire calculer des paramètres thermodynamiques pour évaluer la stabilité de l'intéraction et donc se faire une idée de l'affinité. Tout simplement génial!!!

La solution pourrait être que tu trouves une collaboration avec quelqu'un de ton labo qui posséde une station, mais ça t'as dû déjà y penser depuis longtemps. Je vois vraiment pas comment on peut faire du docking sans station...c'est tellement performant!

A+.

[invitea91ee15c]

Le docking c'est la modelisation des interactions entre de petites molecules et une proteine cible. ca permet par exemple de trouver des drogues pouvant potentiellement bloquer l'activité d'une proteine car cette molecule se fixerait au site actif de la proteine.

Bonjour,

Il existe quelques sociétés bioinformatiques spécialisées dans ce domaine. L'une d'entre elles, Solennia, développe ce genre de process dans le cadre de sa R&D interne.
Autrement côté logiciel fiable réellement dans ce domaine, c'est encore dans les cartons : je travaille sur ce sujet depuis quelques années déjà ...

Cordialement,

[Awana]

Bonjour,
J'ai ouvert ce "vieux" sujet par hasard et du coup comme j'ai cherché pas mal d'info sur le screening virtuel je peux te citer ces logiciels (qui n'existaient peut-être pas à l'époque):
FlexX, Gold et Glide
Après de très nombreux outils se développent, donc difficile de tous les citer.
Bon j'imagine que ma réponse est très tardive mais si quelqu'un tombe par hasard sur ce post...