soutern, PCR, banque genomique

[invite9ba139af]

Bonjour, je suis actuellement etudiante alors j'ai quelques questions a poser a propos de mon cours...

Alors tout d'abord, a quoi sert une banque genomique?
J'ai compris la theorie de toutes les techniques mais j'ai pas compris a quoi cela servait et quels liens on pouvait faire...

Est ce que le southern permet d'identifier une sequence inconnue?
(j'ai cru comprendre que oui)
Pour utiliser la PCR, il faut deja connaitre la sequence du gène pour mettre les amorces etc, mais dans mon cours, j'ai aussi ecrit qu'on utilisait la PCR pour determiner la banque genomique qu'on cherche!donc je suis toute perdue!

Et enfin, dans quel cas il faut utiliser une PCR plutot qu'une amplification par un vecteur recombiné?


EN gros, j'ai compris quelques notions mais je n'en voit pas tellement l'utilité...merci de m'eclairer!
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[invite9ba139af]

Svp aidez moi vraiment!
merci

[_Mayou_]

Bonjour,
Je peux juste te répondre sur la PCR et les séquences inconnues :

en fait on intègre le morceau d'ADN inconnu dans un ADN bactérien dont on connait la séquence. On mettra donc des promoteurs qui reconnaîtront cet ADN bactérien.
Mais je ne me rappelle plus de tout le mécanisme désolée..mais en gros c'est comme ça que ça marche.

[inviteb8e8d8c3]

En effet, la séquence inconnue est insérés au milieu d'une séquence connue, on peut donc y positionner les amorces et l'amplifier.

En ce qui concerne la banque génomique ça sert à garder in vitro les séquences trop grandes pour être contenues dans un seul vecteur et de pouvoir ainsi les manipuler et les conserver facilement. On peut étudier les séquences séparemment.

[A voir en vidéo sur Futura]

[jmbowie]

Bonjour, je suis actuellement etudiante alors j'ai quelques questions a poser a propos de mon cours...

Alors tout d'abord, a quoi sert une banque genomique?
J'ai compris la theorie de toutes les techniques mais j'ai pas compris a quoi cela servait et quels liens on pouvait faire...

Est ce que le southern permet d'identifier une sequence inconnue?
(j'ai cru comprendre que oui)
Pour utiliser la PCR, il faut deja connaitre la sequence du gène pour mettre les amorces etc, mais dans mon cours, j'ai aussi ecrit qu'on utilisait la PCR pour determiner la banque genomique qu'on cherche!donc je suis toute perdue!

Et enfin, dans quel cas il faut utiliser une PCR plutot qu'une amplification par un vecteur recombiné?


EN gros, j'ai compris quelques notions mais je n'en voit pas tellement l'utilité...merci de m'eclairer!

UNe banque génomique, c'est une collection de vecteur ayant chacun intégré un morceau d'ADN génomique, par exemple après digestion à completion de ce dernier. Le passage en vecteur permet d'amplifier ce morceau (notamment quand ne connait pas la séquence, alors qu'on amplifie en PCR quand on la connait en général) et donc de le stocker (conservation), et de l'analyser (restriction, séquencage depuis une amorce située sur le vecteur).
C'est comme cela qu'on été séquences les génomes entiers: digestion à complétion (de façon à couper régulièement en gros) et ligation "en série" puis séquencage des inserts pour finir par rabouter (recoller les morceaux grâce aux parties qui se chevauchent).

[inviteb8e8d8c3]

La PCR ne peut amplifier que quelques centaines de paires de bases. Pour une séquence plus importante, il faut l'amplifier en l'incluant dans un vecteur qui pourra être cloné en même temps que l'hôte qui le recevra. Si la séquence est vraiment trop grosse, il faut la diviser et inclure les portions dans des vecteurs pour constituer une banque.

[Yoyo]

La PCR ne peut amplifier que quelques centaines de paires de bases. Pour une séquence plus importante, il faut l'amplifier en l'incluant dans un vecteur qui pourra être cloné en même temps que l'hôte qui le recevra. Si la séquence est vraiment trop grosse, il faut la diviser et inclure les portions dans des vecteurs pour constituer une banque.

JE suis pas sur d'avoir tout compris mais il est tout a fait possible d'aplifier de grands fragments par PCR (jusqu'a 15kb)...on est loin des "quelques centaines de paires de bases"

YOYo

[invite89429e81]

Pour utiliser la PCR, il faut deja connaitre la sequence du gène pour mettre les amorces etc, mais dans mon cours, j'ai aussi ecrit qu'on utilisait la PCR pour determiner la banque genomique qu'on cherche!donc je suis toute perdue!

Bonjour,

je ne suis pas sur de bien répondre à cette question, mais on peut utiliser des amorces universelles dans la PCR, si je me souviens bien, donc il n'y a pas forcément besoin de connaitre la séquence...

[jmbowie]

Bonjour,

je ne suis pas sur de bien répondre à cette question, mais on peut utiliser des amorces universelles dans la PCR, si je me souviens bien, donc il n'y a pas forcément besoin de connaitre la séquence...

Si tu veux parler d'amorcs universelles, il s'agit probablement d'amorces qui se fixent sur une partie commune à tous els vecteurs ou du moins toute une série de vecteurs.
Si tu parles d'amorces dégénérées (le tube contient plusieurs amorces, qui varie en une ou plusieurs positions), tu risques d'amplifier des séquences non spécifiquement. Je ne connais pas d'amorces absolument universelles (amplification de toutes les séquences d'ADN). En principe, on parle d'amorce universelles sur un gène une série de vecteurs, un type de génome, etc.

[invite89429e81]

oui, il n'existe pas d'amorce universelle utilisable pour n'importe quel ADN. Il me semble qu'on peut en utiliser par exemple des amorces universelles communes à un genre bactérien. Ces amorces se fixent sur une région conservée de l'ADN.
Bien sur, inévitablement, des études ont du être menées auparavant pour déterminer quelles régions cibler.
Donc, il est vrai que ma réponse n'est pas tout à fait correcte, dans la mesure où la séquence doit quand même être connue, mais le manipulateur n'a pas à définir lui-même la séquence.
Il est de toute façon inévitable de connaitre une séquence d'ADN (à la base) en PCR, sinon on arrive à des résultats nuls ou hazardeux.