Génomique, Protéomique

[invite5351d78c]

Bonjour à tous,

Il y a pas longtemps, on nous a fait lire une publi de 40 pages sur la post-génomique et la protéomique que je conseille à tout le monde de lire si on veut avoir une très bonne approche sur ces domaines fructifiants. L'auteur est Peter James et la revue est Quarterly review of biophysics.

Le problème est que l'article, malgré sa qualité, date de 1997, et qu'à la vitesse ou progresse la biochimie, je craint qu'il soit un peu dépassé. Il parlait déjà des couplages auto-HPLC/MS/MS et des appareils de Fourier à résonance cyclotronique qui fournissaient des résultats prometteurs en protéomiques ainsi que des logiciels de couplage direct à des banques de données de protéine, permettant une optimisation du temps de travail.

En génomique, il est malheureusement très en retard sur les avancées actuelles puisqu'il a été écrit dans la période précédent le séquençage du génome humain ouvrant sur de nouveaux horizons.

J'aimerais donc savoir si quelqu'un pouvait me dire où en est la recherche fondamentale en génomique et en protéomique, qu'elles sont les techniques de pointe utilisées et que recherche-t-on en ce moment??? Et qu'elles sont les techniques en voie de développement??

Merci d'avance.
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[Vinc]

Salut!
Je pense qu'il y a un très grand nombre de thématiques abordées en recherche génomique....
En ce qui concerne les technique c'est la même chose! Je dirais néanmoins que les puces à ADN ont la côte, et ce, pour pas mal de thématiques... Les iRNA sont également très à la mode mais ce n'est pas à proprement parlé de la génomique et ils sont plus utilisés pour les approches fonctionelles!
En ce qui concerne les points chauds, il m'en vient un à l'esprit! Il se produit en ce moment une révolution assez extraordianaire en ce qui concerne la génomique sur le plan conceptuel. En effet, de récentes publies ont montré que des régions du génome annotées comme non codantes étaient retrouvées dans les transcrits, et en grandes proportions!!! D'autres part, on a également montré que les exons d'un même gène n'avait pas forcément la même taille chez différents types cellulaires!!!! c'est à dire que l'exon 3 d'un gène G dans la lignée A, n'a pas la même taille que l'exon 3 du gène G dans la lignée B!!!!! Il y aurait également plus d'ARMm poly A- que d'ARMm polyA+ que ce soit dans le noyau ou dans le cytoplasme!!!! De la même manière, il y aurait plus d'ARNm db que d'ARNm sb!!!!!!
Comme tout ça est quand même assez hallucinant, une des dernièer publie suggère de se poser quelques temps et de tout mettre à plat car on y comprend plus rien!!! Donc il se pourrait bien que de très gros bouleversements se produisent dans les années futures.....

A+
Vinc

[invite5351d78c]

Sérieux c'est génial comme nouvelles découvertes. Mais voilà qui ne va pas arranger les choses pour rassembler sous un même schéma tous les gènes codant pour toutes les protéines humaines. J'avais entendu que certains informaticiens purs et durs c'étaient lancés sur le sujet et pensait pouvoir établir un genre de modèle mathématique établissant toutes les connections entre les gènes et les différentes protéines.
Mais au final, ça se résumait en un entassement de connections en tout sens et impossible de s'y retrouver.

Je connaissais déjà le fait que pour un même gène on a plusieurs transcrits. C'est assez connu maintenant, je crois d'ailleurs que cette diversité provient de la machinerie d'épissage qui est super complexe. Il reste un sacré paquet de boulot pour cet outil de la vie aussi!!!

Par contre l'ARNm double brin!!!Ca me surprend mais en même temps je crois qu'il faut s'attendre à tout. J'en déduis que ça doublerai la diversité des protéines pouvant être produite car les ribosomes pourraient lire le transcrit en sens et en anti-sens.

Il me semble que la biologie moléculaire arrive dans une sorte d'impasse, un peu comme la physique qui essait de réunir les deux théories d'Einstein.

Pour la protéomique, je suppose que les avancées sont bien plus lentes.Est-ce qu'il y a des techniques ou des logiciels qui ont été développés pour déduire la structure tertiaire des protéines à partir de leur structures secondaires ou primaires?? Les séquenceurs d'Edman ont-ils été améliorés pour augmenter le rendement qui était si petit ....???

Merci d'avance.