Les bases constituant les protéines

[aNyFuTuRe-]

Bonjour,

J'ai une question d'ordre plutôt technique (appliqué à la biologie) par rapport aux protéines. En effet, j'aimerai savoir par quels moyen peut-on, comme pour l'ADN, déterminé les suites de bases (A,T,C,G) qui font 1 peptides. C'est-à-dire, en gros, par quels moyens reconnait-on tel ou tel acide aminé ainsi que leur enchainement le long des différentes chaines peptidiques.

Par exemple, si l'on prend l'exemple de l'hémoglobine, comment détermine t-on sa structure. (Je connais les tecniques relatives à la protéomique mais ce sont les procédés chimiques que je ne trouve pas de mise en évidence des a-a)

J'éspère avoir été clair,

Merci d'avance pour vos réponses
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[LXR]

Bonjour,

Je crois sincèrement que tu as le temps de voir comment on détermine la séquence et la structure d'une protéine car généralement c'est le genre de truc qu'on voit en L2/L3, et je vois que tu as 17 ans donc tu dois être en terminale.

Je vais quand même t'en parler car si tu es un génie, je ne veux pas louper ça . Le séquençage des protéines se fait maintenant par spectrométrie de masse, c'est la meilleure méthode. Avant le séquençage se faisait selon la méthode chimique d'Edman, si tu veux en savoir plus, je t'invite à aller questionner Google . Pour ce qui est de la structure, on la détermine par cristallographie aux rayons X ou par RMN (résonance magnétique nucléaire).

Si tu veux en savoir plus sur ces techniques,....il te faut carrément un cours car c'est assez complexe. Mais je peux t'expliquer les principes généraux.
Pour la spectrométrie de masse, on bombarde la molécules avec des électrons qui vont la fragmenter en morceaux de différentes tailles. Certaines fragmentations vont être favorisées, chez les protéines, on aura principalement des fragmentations sur la chaine principal. Vu que les fragmentations sont aléatoires, on en aura entre chaque liaison peptidique, et donc on aura des fragments de tailles différentes. Ceci recoupe un peu le séquençage de Sanger où on a des fragments séparés d'une base et où on remonte à la séquence. Ici on fait pareil mais avec la masse séparant les fragments. Connaissant aussi la masse des acides aminés, on peut remonter ainsi à la séquence protéique. Je te passe la détermination des ions a, b, c, x, y, z ainsi que les fragmentations permettant de discriminer les acides aminés isobares....
Pour la cristallo, on cristallise la protéine et on la bombarde avec des rayons X. Selon la structure de la protéine, les rayons seront déviés dans des directions précises : c'est la diffraction des rayons X. On obtient une tache et en appliquant la transformée de Fourier, on remonte à la structure de la protéine.
Pour la RMN, il me faudrait 3 pages pour te l'expliquer et il te faudrait t'armer d'une bonne dose d'abstraction et de patience, c'est très complexe!!!!!

Si tu en veux plus, je peux te proposer des liens mais c'est pâs ce qui est le plus passionnant en biologie .

Greg

[aNyFuTuRe-]

Merci bien pour la réponse rapide qui regroupe les principales techniques d'analyses des protéines. Je vais chercher sur google quelque précisions sur la spéctro et la RMN et je pense que ca me suffira car en effet on rentre dans des choses très complexe après!

En fait, pour l'anecdote, j'ai eu la chance aujourd'hui de passer une journée dans un laboratoire de l'institut cochin spécialisé dans l'immunologie et plus particulièrement dans tout les mécanismes cellulaires et moléculaire qui permettent la séléction des lymphocyte T ainsi que leurs modes d'action etc... C'était très intéréssant mais la question auxquel tu m'as répondu ma trotté dans la tête toute la journée.
C'est en maniant un microscope confocal (grosse bête) que tout s'est concrétisé dans ma tête!!

Merci encore et j'hésiterai pas a te demander 2-3 liens si j'ai encore quelque "lacune" .

Cyaz

[Jean-Luc P]

Tiens ça ne serait pas chez notre ami Trautmann, dont lq notoriété a quelque peu enflé ces dernières années

[A voir en vidéo sur Futura]

[aNyFuTuRe-]

Tiens ça ne serait pas chez notre ami Trautmann, dont lq notoriété a quelque peu enflé ces dernières années

Effectivement c'est bien lui, le directeur du labo.

[Yoyo]

Salut

Il est important de noter que la psectro de masse permet d'obtenir une masse d'un peptide obtenu generalement par digestion trypsique. Par deduction on en conclu la sequence. Il me semble que pour une proteine totalement inconnue la degardation d'Edman reste la seule methode.

Il faut aussi savoir que les modifications post-traductionnelles posent des problemes en spectro de masse (par expl les phosphorylation sont tres male observées). Enfin, la spectro de masse n'est pas du tout quantitative ce qui peu poser quelques problemes.

Yoyo

[LXR]

La digestion trypsique est en effet souvent utilisé mais on peut aussi fragmenter avec les triples quadrupoles. Donc avec un système de type ESI/MS/MS, on peut fragmenter assez pour avoir des ions filles assez petit pour être interprétable dans le spectre de masse. Ou alors un système MALDI/MS/MS, c'est mieux car au moins les ions sont monochargés donc il n'y a pas à faire le calcul des charges et la conversion du m/z. Et maintenant, on retrouve souvent des systèmes combinés, du style HPLC/MS/MS couplé à un ordinateur et un logiciel en relation avec des banques de données protéiques. Ca sépare les protéines d'un mélange, ça les fragmente, ca donne le spectre de masse, l'ordi l'interprète et intérroge une banque de donnée pour savoir quelle protéine c'est, si elle est connue.

Greg

[pimd]

On est obliger de passer par une digestion trypsique !! A moin d'etudier une protéine vraiment petite. Et les technique de MS2 sont utilisée pour différencier Leu et Ile par exemple, l'enchainement primaire etant accessible en MS.
(je fait le relou, mais petit bémol aussi pour le MALDI, on obtient aussi du multichargé )
Enfin Yoyo, la MS est tout à fait quantitative il suffit d'utiliser des standard interne isotopique, ce qui n'est certe pas forcement facile en protéomique, mais réalisable.

[LXR]

Salut Pimd!

En effet, ne faisant plus de structure poussée, je ne suis plus au parfum de l'actualité et des techniques structurales. Je suis resté au niveau L3 structurale de ce côté là... . C'est sûr que j'imagine mal mettre une grosse protéine du style Récepteur Tyrosine Kinase directement dans la MS/MS.

Greg

[pimd]

(ce fut un plaisir de repondre a ce post, mouahahah )

[pimd]

En fait, je voulais parler de MS3 pour différencier les isobares, et la structure primaire est accesible en MS2, pas en MS simple !