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Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN




  1. #1
    Barbanath

    Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Bonjour
    Quels sont les indices les plus important qu'il est a calculer sur une sequence d'ADN afin de la comparer a d'autre sequence d'ADN.
    (exemple pourcentage de A,C, G, T en tel place du codon, site d'enzyme de restriction, sequence ORF...)
    Merci

    -----

    Ze Barba

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  3. #2
    9herve

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Citation Envoyé par Barbanath
    Bonjour
    Quels sont les indices les plus important qu'il est a calculer sur une sequence d'ADN afin de la comparer a d'autre sequence d'ADN.
    (exemple pourcentage de A,C, G, T en tel place du codon, site d'enzyme de restriction, sequence ORF...)
    Merci
    ça dépend ce que tu veux en faire...
    Designer des oligos, rechercher une structure secondaire, calculer le tm, rechercher un homologue, rechercher des motifs, déduire la séquence codante etc...

  4. #3
    Barbanath

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Je possede des extraits de la sequence d'un virus et j'aimerais le comparer avec les sequences des genomes deja connus (de virus de preference mais pas forcement je verrais plus tard) grace a la realisation de programmes
    Et je cherche tous ce qui pourrait me permettre de caracteriser cette sequence pour pouvoir la comparer ensuite que ce soit des criteres connus et evidents tels que la presence de site de restriction ou les pourcentage de nucleotides ou meme n'importe quelles idees
    Ze Barba


  5. #4
    John78

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Le "BLAST" sert a identifier des séquences ressemblantes avec la séquence que tu possèdes.

    tu peux le blaster là :
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
    Tu copies/colles ta séquence dans la fenêtre.
    Tu peux choisir de le faire spécifiquement sur la database "Virus" du NCBI (y a une option).

    Le blast sert a identifier des séquences ressemblantes avec la séquence que tu possèdes.

    A+
    John

  6. #5
    Barbanath

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Merci mais j'aimerais quand meme savoir si vous connaissez des criteres particuliers autre qu'une ressemblance pure.
    Ze Barba

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    John78

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Tout ce qui est taux de GC et usage du code, c'est pas très fiable, surtout chez les virus et a fortiori si ils ont un hôte différent. Donne moi des détails sur ton virus et sur ce que tu possèdes de lui en séquence, je pourrais peut etre t'aider...

    A+
    John

  9. #7
    Yoyo

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Bonsoir,

    Si ta sequence d'ADN est codante (ce qui est probable vu que les genomes viraux sont denses), alors tu peux traduire ta sequence en proteine et faire une recherche, comme le disait john, mais cette fois au niveau proteique, ca pourra te donner des elements de reponses plus significatif, voir eventuellement identifier des domaines fonctionnels ou des motifs proteiques.
    Si tu souhaites rester au niveau nucleique, ce que tu souhaites fiare s'effectue en general apres l'alignement de sequence. Tu peu rechercher la presence de site de regulations, ou de structures secondaires.

    Mais je suis d'accord avec john, quand il te dit que la linguistique de ta sequence ou le % GC ne te donneront pas des informations forcement tres fiables.

    Yoyo

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  11. #8
    Barbanath

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Si ce n'est pas fiable ce n'est pas grave l'important c'est de faire les calculs pour recolter les infos
    En effet c'est un virus qui est en train d'etre sequencer et on veut voir si il ressemble a d'autres virus deja connus
    Donc je cherche tous les indices possible apres je recolterais toutes les informations et je ferais le tri
    A vrai dire je recherche toutes les idees quant aux indices possible a calculer, je ne les retiendrai peut etre pas toute mais j'aimerais verifier que j'explore bien toutes les fenetres possibles
    Et toute information est bonne a recolter si elle est correctement stockée correctement et utilisée avec les pincettes qui s'imposent.
    Ze Barba

  12. #9
    9herve

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Blast, c''est le plus facile et le plus lisible c'est blast, ORF contre ORF, mais fait aussi un Blast ADN vs ADN, car si il y a une erreur de séquence provoquant un stop ou un décalage de cadre (dans la tienne, ou dans la banque) tu peux perdre de l'info, il y a beaucoup d'erreurs dans les banques, par ex fais un Blast en utilisant le polylinker d'un pUC quelconque, tu verras ..

  13. #10
    Yoyo

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    Bonsoir,

    Personellement je comprends pas bien ta demarche. Une recherche de similitudes avec BLAST ou FASTA au niveau ADN ou proteine te donneront les informations les plus precises possibles, et en plus ce sont les seules qui te permettront de savoir si il est similaire a d'autres virus connus.
    Tu peu xtoujours t'amuser a rechercher le site de restriction EcoRI, mais c'ets vraiment du temps perdu...Tu peux t'amuser a recherche la probablite de codage d'une sequence, mais ca ne te renseignera pas sur une quelqueconque similitude avec un autre virus.
    C'est bien de vouloir etudier toutes les possibilites, mais deja, rien qu'en analysant les resultats BLAST (tu peux meme modifier les parametres par defaut! tu verras l'effet que ca aura sur tes resultats!) tu auras plus de travail que necessaire.

    YOyo

  14. #11
    laury290484

    Re : Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

    bonsoir, voilà j'ai une protéine P1 et je n'arrive pas à trouver la séquence d'ADN correspondante en utilisant BLAST. Par contre j'ai pu déterminer le blastp grâce à la séquence Fasta, quelqu'un pourrait m'aider?

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