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[Biologie moleculaire] Calculs transformants et couverture du génome.




  1. #1
    ratatac

    [Biologie moleculaire] Calculs transformants et couverture du génome.

    Bonjour,

    J'ai réalisé un TP sur les levures, et après avoir transformé mes levures (K.Lactis) par électroporation avec une banque d'ADN génomique, j'ai donc obtenu des clones.
    Je dois calculer le nombre total de transformants ainsi que la couverture du génome, mais je ne sais pas comment faire...Quelqu'un pourrait-il m'aider?
    merci!

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    Squalor

    Re : Calculs transformants et couverture du génome.

    Je connais la formule pour les bactérie, mais je pense qu'elle diffère pour les levures. Je suis largement interressé par ka réponse..
    La science consiste à passer d'un étonnement à un autre. (Aristote)

  4. #3
    ratatac

    Re : Calculs transformants et couverture du génome.

    Peux tu me donner ma formule pour les bactéries?? histoire d'avoir une petite idée en attendant la bonne...
    Merci!!


  5. #4
    Yoyo

    Re : Calculs transformants et couverture du génome.

    salut

    tu prends la taille moyenne des inserts de ta banque. tu prends la taille du génome. tu divise l'un par l'autre ca te donne le nombre de clones necessaire pour avoir statistiquement 1 genome. Ensuite classiquement tu comptes au moins 3 fois le génome pour avoir une bonne représentation

    YOyo

  6. #5
    Squalor

    Re : Calculs transformants et couverture du génome.

    voici la formule de mon cours pour le nombre de clone (E-coli) nécessaire pour avoir un fragment x

    N = (ln (1-P)) / (ln(1-R))

    Avec N = nombre de clone
    P= probabilité d'avoir le fragment x pour les N clones (d'habitude 0,99)
    R = taille du fragment x / taille du génome

    et donc la tienne yoyo, c'est pour les levures.. Pk sont elles différentes? ( pas bezucoup, mais un peu quand même..)

    bien à vous,

    greg
    La science consiste à passer d'un étonnement à un autre. (Aristote)

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    ratatac

    Re : Calculs transformants et couverture du génome.

    Merci beaucoup!!!
    je pense que je vais m'en sortir maintenant...
    Bonne soirée!

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