Améliorer la spécificité d'amorces

[invitefec12a67]

Bonjour tout le monde,

Je suis une véritable "newbie" dans ce forum. Je trouve que c'est très riche et réactif. Je suis contente de vous rejoindre.

Mon problème est que je dois trouver des amorces qui amplifient chez deux espèces apparentées mais qui donnent des allèles spécifiques à chacune d'elles. Pour ce, je teste un large panel de marqueurs, essentiellement des SSR d'EST, pour limiter le polymorphisme intrasp. Seulement voilà, j'ai quelques marqueurs qui présentent des allèles spécifiques à l'espèce 1, des allèles spécifiques à l'espèce 2 ET DES ALLELES COMMUNS.

Ma question est comment garder les allèles spécifiques et ELIMINER les allèles communs????

Quelqu'un a déjà eu à faire à une thématique semblable?


J'ai pensé à séquencer les trois types de bandes et à redéfinir des amorces, mais sachant que mes fragments sont relativements courts (rarement > 300 pb) aurai-je beaucoup de succès?


MERCI pour toute réponse
-----

[invitee863e61a]

Bonjour tout le monde,

Je suis une véritable "newbie" dans ce forum. Je trouve que c'est très riche et réactif. Je suis contente de vous rejoindre.

Mon problème est que je dois trouver des amorces qui amplifient chez deux espèces apparentées mais qui donnent des allèles spécifiques à chacune d'elles. Pour ce, je teste un large panel de marqueurs, essentiellement des SSR d'EST, pour limiter le polymorphisme intrasp. Seulement voilà, j'ai quelques marqueurs qui présentent des allèles spécifiques à l'espèce 1, des allèles spécifiques à l'espèce 2 ET DES ALLELES COMMUNS.

Ma question est comment garder les allèles spécifiques et ELIMINER les allèles communs????

Quelqu'un a déjà eu à faire à une thématique semblable?


J'ai pensé à séquencer les trois types de bandes et à redéfinir des amorces, mais sachant que mes fragments sont relativements courts (rarement > 300 pb) aurai-je beaucoup de succès?


MERCI pour toute réponse

Avez-vous essayé, puisqu'il semblerait que vous travailliez en séquences connues, d'utiliser des profils de restrictions? ou en analyse de fragment?

[piwi]

Bonjour,

Je ne comprends pas bien ce que vous voulez faire. Cependant j'ai une question. Est ce que vous connaissez les séquences de vos allèles? Parce que dans ce cas vous pouvez déterminer vos amorces pour qu'elles se terminent en 3' sur une partie variable. Pas d'hybridation pas d'amorcage.

Cordialement,
piwi

[invitefec12a67]

non, je ne connais pas les séquences de mes allèles.

En fait, je travaille sur une espèce qui vient de l'hybridation de deux espèces apparentées. Ce que je désire développer ce sont des marqueurs qui me permettent de déterminer dans l'hybride la provenance de chaque allèle. par exemple ; allèles A et B de l'espèce 1 et allèles C et D de l'espèce 2. Surtout pas d'allèles communs. En plus, je fais du génotypage haut débit, donc je travaille sur du polymorphisme type indel de fragments, SSR (and such things)

A plus

[A voir en vidéo sur Futura]