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cartographie in silico



  1. #1
    nina80

    cartographie in silico


    ------

    SALUT tout le MONDE:
    J'ai des des séquences d'EST d'une espèce sur la base desquelles des marqueurs ont été développés. Cependant ces derniers n'ont pas été cartographiés. L'espèce étant proche du riz, je compte faire les cartographier in silico (bonne synthénie), mais je ne sais pas d'où commencer. HELP!!!!!

    Merci d'avance

    -----

  2. #2
    Yoyo

    Re : cartographie in silico

    salut

    tu pourrais peut etre tout d'abord faire un alignement entre tes EST et le genome du riz, ca t'indiquerait ou ils se situent sur le chr, et surtout s'ils sont uniques ou pas.

    YOyo

  3. #3
    nina80

    Re : cartographie in silico

    Salut Yoyo,
    Justement à propos de ça, est-ce que je dois télécharger le génome du riz en séquences sur mon pc et faire l'alignement avec un logiciel donné ou alors c'est faisable sur un site internet????

  4. #4
    jmbowie

    Re : cartographie in silico

    Citation Envoyé par nina80 Voir le message
    Salut Yoyo,
    Justement à propos de ça, est-ce que je dois télécharger le génome du riz en séquences sur mon pc et faire l'alignement avec un logiciel donné ou alors c'est faisable sur un site internet????
    Le mieux serait que tu blastes ta séquence sur le génome du riz uniquement:

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Bl...OW_DEFAULTS=on

    Et pour trouver ton génome:

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/


    Paramètre à ta convenance. Un conseil, n'utilise pas l'explorateur Safari, qui fonctionne mal avec le serveur depuis mars-avril.

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