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Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN




  1. #1
    néophyte

    Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    Bonjour à tous,

    Je me posais une simple question: Comment une protéine (facteur de transcription en général) peut-elle se fixer spécifiquement à une séquence d'ADN?

    Par exemple:
    Comment la TBP (sous unité du TFIID) reconnaît-elle et se fixe-t-elle sur la TATA Box?

    Merci pour votre future aide

    -----


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  3. #2
    Didie13

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    Je me posais une simple question: Comment une protéine (facteur de transcription en général) peut-elle se fixer spécifiquement à une séquence d'ADN?
    La reconnaissance doit très probablement se faire par complémentarité de séquence. Du moins (d'après mes connaissances) c'est le cas pour la grande majorité des protéines reconnaissants les sites de régulation au niveau du promoteur.

    Comment la TBP (sous unité du TFIID) reconnaît-elle et se fixe-t-elle sur la TATA Box?
    Sachant que la TATAbox a une importante composition en A/T, la TBP devrait avoir un site complémentaire à cette séquence. Cependant, la séquence concensus de la TATAbox peut légèrement varier. Donc il pourrait y avoir quelques problèmes si la reconnaissance ne se faisait qu'en fonction de la complémentarité selon moi.
    Peut-être la fixation se fera quand même, mais sera moins forte, et induira une activité moins importante de la polymérase.

    En tout cas j'espère que quelqu'un pour t'éclairer plus que ça!

  4. #3
    MaliciaR

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    Citation Envoyé par Didie13 Voir le message
    La reconnaissance doit très probablement se faire par complémentarité de séquence. Du moins (d'après mes connaissances) c'est le cas pour la grande majorité des protéines reconnaissants les sites de régulation au niveau du promoteur.
    Attention! Complémentarité de séquences entre une suite d'acides aminés et une suite de nucléotides? J'ai dû rater une épisode...

    Non, il existe ce que l'on appelle des séquences DNA-binding, càd spécifiques à la séquence nucléotidique d'un ADN et la reconnaissant, ce qui permet la fixation.
    Il s'agit d'une structure 3D où vient se nicher l'ADN assez souvent. Cela résoudrait ton problème de variabilité au sein de la séquence TATA-box, Didie

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.


  5. #4
    remy2tlse

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    C'est une histoire de configuration spatial de la proteine (structure quaternaire) et de la disposition dans l'espace de la séquence d'ADN qui est n'est pas linéaire ainsi la tata box qui est en amont est pourtant proche spacialement parlent du site d'initiation.
    http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/xta...rans/tata.html

    PS:les schémas 2d illustre uniquement le mécanisme.

  6. #5
    MaliciaR

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    P.S. Il serait souhaitable que quand vous posez vos questions, vous donnez votre niveau d'études... Parce que le site cité ci-dessus est bien, mais je ne suis pas certaine qu'un étudiant de 1ère ou même 2e année de fac comprendrait aisément ce qu'il y figure...

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Didie13

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Attention! Complémentarité de séquences entre une suite d'acides aminés et une suite de nucléotides? J'ai dû rater une épisode...

    Non, il existe ce que l'on appelle des séquences DNA-binding, càd spécifiques à la séquence nucléotidique d'un ADN et la reconnaissant, ce qui permet la fixation.
    Il s'agit d'une structure 3D où vient se nicher l'ADN assez souvent. Cela résoudrait ton problème de variabilité au sein de la séquence TATA-box, Didie
    Oui en effet je sors des bétises plus grosses que moi parfois! Merci MaliciaR pour cette précision!

    Petite question subsidiaire: Ces DNA-binding sont toujours composés de nucléotides non? Alors comment peuvent-ils se fixer à la TBP?

  9. #7
    MaliciaR

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    Citation Envoyé par Didie13 Voir le message
    Petite question subsidiaire: Ces DNA-binding sont toujours composés de nucléotides non? Alors comment peuvent-ils se fixer à la TBP?
    Mais non, on parle de protéines ici...
    Bon, il est vrai que j'ai oublié de mettre Site après DNA-binding
    On reprend. Les protéines assurant une liaison avec l'ADN portent le nom générique DNA Binding Proteins. Elles contiennent une partie (ou une sous-unité, s'il s'agit d'une protéine multimérique) qui assure cette liaison, le reste de la protéine étant chargé avec la fonction en elle-même (activateur, répresseur de transcription,...).
    C'est dans cette lumière qu'il faut considérer l'exemple de la TBP de TFIID, autrement dit la sous-unité du facteur de transcription TFIID qui se fixe à la TATA-box... Mais il n'y a pas de complexe nucléoprotéique contenant une partie protéique assurant disons l'activation de la transcription et une autre composée d'acides nucléotidiques qui assure la reconnaissance avec l'ADN par complémentarité de séquences
    Je conviens que le site qui a été cité plus haut soit très bien, mais peut-être un peu difficile d'accès pour "les petites classes" Si tu regardes bien tout de même, tu verras que le TPB est une chaîne protéique contenant et des hélices alpha, et des feuillets béta, avec une disposition spatiale particulière. L'ADN vient donc se nicher dans l'espèce de sillon formé par les feuillets béta. Cela aura pour conséquence le recrutement de facteurs de transcriptions qui reconnaissent le TBP et la transcription pourra démarrer.

    J'espère que c'est un peu plus clair maintenant

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

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  11. #8
    néophyte

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    Merci pour vos précisions!

    Il serait souhaitable que quand vous posez vos questions, vous donnez votre niveau d'études...
    Je suis en 1ère master de biomol, on peut donc aller en profondeur dans la chose

    j'ai donc bien compris le concept de l'importance de la configuration spatiale de la protéine.

    Apparemment le type de DNA-binding serait ici du genre zinc finger.

    Mais ce qui me laisse encore perplexe c'est la si grande spécificité de liaison (par quelle type d'interaction? hydrogène?).

  12. #9
    MaliciaR

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    Citation Envoyé par néophyte Voir le message

    Apparemment le type de DNA-binding serait ici du genre zinc finger.

    Mais ce qui me laisse encore perplexe c'est la si grande spécificité de liaison (par quelle type d'interaction? hydrogène?).
    Je dois revoir mes cours pour trouver un peu de détails Ce que je peux dire au pied levé, c'est que les interactions sont majoritairement avec le grand sillon de la double hélice d'ADN car il y a plus de groupements fonctionnels exposés et donc accessibles pour la reconnaissance comparativement au petit sillon.

    Sinon, je ne suis pas persuadée que ce soit un zinc finger ici... Dans le sens où un zinc finger est composé un général d'une hélice alpha et deux feuillets béta anti-parallèles, mais la reconnaissance se fait au niveau de l'hélice... Alors que si je vois bien l'histoire de TBP, la liaison se fait au niveau du sillon entre les deux béta, mais sans la participation de l'hélice alpha...

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  13. #10
    Didie13

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    Merci MaliciaR! C'est en effet plus clair, même avec mon petit niveau

  14. #11
    descmarc

    Re : Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

    Salut,

    Pas mal d'études qui ont le vent en poupe ces derniers temps montrent que la répartition des histones est loin d'étre homogéne le long de l'ADN et de surcroit des régions peuvent être enrichie en histone toute a fait particuliéres.

    Or un des role des histones et aussi de recruter des proteines qui lie l'ADN.

    Imaginons maintenant deux sites de liaison identiques en séquence pour une DNA binding proteines Y sauf qu'un site est enrichie en histone X crutant éfficacement la proteine Z.

    La proteine Z qui se fixe sur les sites entraine l'activations du géne associé a son site.
    l'équilibre est donc déplacé en faveur du site possédant les histones. Le géne associé à ce site sera donc activé alors que l'autre non!

    Conclusion: Oui, la proteine pouvait potentiellement lier les deux sequences mais l'éfficacité de liaison est ici régulé. La proteine se fixe donc là et pas là...

    On voit ici une des raisons qui fait que ce mécanisme de liaison des proteines à l'ADN est si spécifique.
    On montre ici un moyen qu'à la cellule à de réguler l'expression diférentiel de ces génes.

    D'ailleurs j'ai eu un partiel d'épigénétique aujourd'hui qui montrait très très bien sa pour le géne IL-8.

    marc

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