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conversion fasta/PDB



  1. #1
    mimosa

    Question conversion fasta/PDB

    Bonjour tout le beau monde!
    Est-ce que quelqu'un pourrait me donner l'adresse du site qui permet de convertir un fichier en format fasta en format PDB, que j'ai malencontreusement perdue ?

    -----


  2. #2
    sed s/war/peace/ *

    Re : conversion fasta/PDB

    Bonjour,

    juste pour preciser : Vous ne pouvez pas "convertir" un fichier fasta en fichier pdb. Les informations ne sont pas du tout les mêmes. Le fichier fasta vous donne pour chaque identifiant une séquence linéaire de nucléotides ou d'AA. Les fichiers pdb renseignent essentiellement, pour une protéine donnée, sur la position de chaque atome dans la structure de cette protéine.

    Si vous avez juste la séquence et pas l'identifiant du gène/de la protéine en question, vous pouvez faire une recherche avancée sur le site de la PDB (http://www.rcsb.org/pdb/search/advSearch.do) en copiant la séquence dans le champ adéquat. Un blast ira chercher les fichiers PDB qui correspondent à votre séquence.

    Avec l'identifiant c'est plus simple. Vous rechercher sur uniprot ou autres l'identifiant PDB sur la fiche de votre gène/proteine (que vous retrouvez avec votre identifiant)
    Cordialement,
    Sed
    aui q encore touch2 q ,on clqvier ??

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