qu'est ce qu'une ORF?

[MaliciaR]

CDS n'a strictement rien à voir avec ORF mais c une erreur fréquente.
Une ORF est simplement une phase de lecture ouverte, ce qui signifie:
région de séquence génomique susceptible de coder un ARNm

Une cds est une séquence codante ce qui signifie que la séquence code une protéine
Une ORF est une phase de lecture ouverte qui code pour un ARNm putatif

->y'a bien une différence non??

Je ne suis pas persuadée que ces deux affirmations soient totalement équivalentes. C'est ce que je voulais dire.
Et comme Yoyo le précise, cette différence a déjà été notifiée

Pour approfondir, une ORF peut codé un ARNm qui va coder pour plusieures protéines (cas d'une polyprotéine dont le nom m'échappe) donc dans une ORF, dans ce cas, plusieures régions codantes d'où plusieures cds

Je pense que tu te compliques trop la vie surtout qu'une ORF code pas un ARN
En fin de compte ce n'est pas compliqué, une ORF = séquence d'une taille entre deux codons stops. une CDS = séquence comprise entre un codon initiateur et un codon stop.

Voici ce qui a déjà été précisé et ce que je rejoins totalement

Les ORFs n'ont pas besoin d'être vérifiées car on sait que cela est juste de la prédiction bioinformatique mais les cds sont censées avoir été vérifiées.

As-tu déjà fait un peu d'annotation? Connais-tu les EST?

Cordialement,
-----

[invite32ebe868]

C pour moi la question?
D'abord, navré, je n'avait pas compris que c le mot infectieux qui te chagrinait
Pour moi, il n'y avait aucunement de connotation positive ou négative
Sinon, merci je connais les EST(= expressed sequence Tag) et nous ne sommes pas là pour se battre mais pour tenter de répondre à des question.
Déjà, une ORF, ce n'est pas entre 2 codons stop mais entre un codon start et un codon stop et ça code putativement (et c ce mot qui est important) une protéine ou un polypeptide.
Maintenant, si je me trompe alors la publi que je suis en train de faire avec une équipe qui bosse sur le maïs me sera refusé en juillet car je bosse sur de l'annotation (là, je réponds à ta dernière question)

PS: maintenant que vous m'avez mis le doute, je vais devoir aller discuté avec mes encadrants

[invite32ebe868]

C pour moi la question?
D'abord, navré, je n'avait pas compris que c le mot infectieux qui te chagrinait
Pour moi, il n'y avait aucunement de connotation positive ou négative
Sinon, merci je connais les EST(= expressed sequence Tag) et nous ne sommes pas là pour se battre mais pour tenter de répondre à des question.
Déjà, une ORF, ce n'est pas entre 2 codons stop mais entre un codon start et un codon stop et ça code putativement (et c ce mot qui est important) une protéine ou un polypeptide.
Maintenant, si je me trompe alors la publi que je suis en train de faire avec une équipe qui bosse sur le maïs me sera refusé en juillet car je bosse sur de l'annotation (là, je réponds à ta dernière question)

PS: maintenant que vous m'avez mis le doute, je vais devoir aller discuté avec mes encadrants

Je ne peux pas éditer alors je vais me citer
je viens de voir des cours sur internet et effectivement les définitions de ORFs ne sont pas toutes identiques que ce soit des cours de faculté, des publications ou mes propres infos donc je vais envoyer un message à la bioinformaticienne du labo
Pas besoin de se battre, je viens ici pour échanger et non me battre, y'a le rugby pour ça ^^

édit: ben si, j'arrive à éditer là, y'a une notion de temps alors??

[jmbowie]

Voici la définition d'après le serveur ncbi:


ORF= A sequence of successive nucleotide triplets that are read as CODONS specifying AMINO ACIDS and begin with an INITIATOR CODON and end with a stop codon (CODON, TERMINATOR).

D'après Yoyo, cette définition conviendrait davantage à "CDS" (séquence codante" et je suis convaincu aussi.

Ensuite Aka, on peut parler de CDS putative ou vérifiée expérimentalement, comme on parle de promoteur putatif ou démontré, etc.
D'ailleurs Aka, pourquoi dire qu'une ORF est une séquence qui CODE UN ARNm? La transcription commence au (+1) et ta définition impliquerait d'inclure les 5'UTR dans l'ORF!

Le terme ORF c'est finalement plus un outil qu'un élément biologique

Une ORF, c'est une séquence entre 2 codons STOP, soit l'intégralité des possibilités de codage d'une séquence sur les 2 brins. Je parlerai presque d'un outil qui permet de repérer des CDS (une séquence qui a un codon STOP en phase avec un codon START).

[Yoyo]

Une ORF, c'est une séquence entre 2 codons STOP, soit l'intégralité des possibilités de codage d'une séquence sur les 2 brins. Je parlerai presque d'un outil qui permet de repérer des CDS (une séquence qui a un codon STOP en phase avec un codon START).

c'est exactement ce que je dis depuis plusieurs messages et mon exemple de strider est je pense on ne peut plus clair.
Je rajouterai quand meme que le terme de CDS beaucoup utilisé au debut de l'annotation de genbank n'est plus tellement utilisé. A quelques rares exception, c'est quand meme les phases codantes qui interessent les gens.

YOyo

[invite32ebe868]

Désolé de répondre si tard.
J'ai la réponse de la bioinformaticienne du labo par mail.(petit copier/coller en retirant des parties plus personelles)

"Le plus important est que tu donnes ta définition dans le papier. Plusieurs définitions ont été écrites et en ce qui me concerne, je te conseillerai de dire que c'est une séquence d'ADN commençant par un codon d'initiation et se finissant avec un codon stop codant putativement pour une protéine"
Je pense que cela suffit mais si tu t'aperçois que tu as des ORFs commençant par des codons stop, changes la définition, c pas grave.(tous le monde n'a pas la même définition comme je te l'ai dis) "
[....] (là, j'ai droit à un exemple me concernant^^)

"Les ORFs, ça ne donne que des indications, ne perds pas ton temps avec ça."
[...](là, un passage concernant son enfant donc perso^^)

"J'oubliai pour les CDS. Je crois que c'est juste les séquences codantes...

Bye"
-> je croit que j'ai eu droit à de la moquerie, c pas gentil de sa part

Désolé du remue ménage que j'ai créé