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qu'est ce qu'une ORF?



  1. #1
    melbio

    qu'est ce qu'une ORF?

    Salut!!!
    Pouvez vous s'il vous plait me dire qu'est ce qu'un ORF?
    Quel est son rôlr?
    De quoi est il composé?
    Merci

    -----


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  3. #2
    piwi

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    ORF c'est pour open reading frame; phase de lecture ouverte. On comprend immédiatement l'intérêt (si on a un minimum de base de biologie, mais si vous posez la question j'imagine que vous les avez)

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  4. #3
    jmbowie

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    ORF c'est pour open reading frame; phase de lecture ouverte. On comprend immédiatement l'intérêt (si on a un minimum de base de biologie, mais si vous posez la question j'imagine que vous les avez)

    Cordialement,
    piwi
    Synonyme : Séquence Codante (CDS)
    Blast up your life!

  5. #4
    melbio

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par jmbowie Voir le message
    Synonyme : Séquence Codante (CDS)
    Bonjour!!!
    Je vous remercie pour vos réponses.
    En effet si j'ai posé la quéstion c'est que je n'avais pas la réponse...
    Bonne journée

  6. #5
    melbio

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    ORF c'est pour open reading frame; phase de lecture ouverte. On comprend immédiatement l'intérêt (si on a un minimum de base de biologie, mais si vous posez la question j'imagine que vous les avez)

    Cordialement,
    piwi
    Bonjour!!!
    Je vous remercie pour vos réponses.
    En effet si j'ai posé la quéstion c'est que je n'avais pas la réponse...
    Bonne journée

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    sed s/war/peace/ *

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Bonjour,

    Citation Envoyé par jmbowie Voir le message
    Synonyme : Séquence Codante (CDS)
    Il me semble que l'on défini plutôt une ORF comme une séquence génomique qui, dans une phase donnée, va d'un codon start putatif à un codon stop.
    C'est donc une région qui contient potentiellement un CDS. Ce n'est donc pas stricto sensu la même définition.
    Mais bon peut-être que je pinaille
    Cordialement,
    Sed
    aui q encore touch2 q ,on clqvier ??

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  10. #7
    jmbowie

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par sed s/war/peace/ * Voir le message
    Bonjour,



    Il me semble que l'on défini plutôt une ORF comme une séquence génomique qui, dans une phase donnée, va d'un codon start putatif à un codon stop.
    C'est donc une région qui contient potentiellement un CDS. Ce n'est donc pas stricto sensu la même définition.
    Mais bon peut-être que je pinaille
    Cordialement,
    Sed
    Il n'y a aucun mal à pinailler: pour toi la séquence codante est donc une ORF expérimentalement démontrée?
    Je définis la séquence codante comme étant celle qui sera traduite (ce qui permet d'éliminer les introns).
    Cordialement
    Blast up your life!

  11. #8
    MaliciaR

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Salut,
    Je serais plutôt de l'avis de Sed : une ORF est putative, alors qu'une CDS est "réelle". Par exemple, avec un logiciel type DNA strider j'aurai les 6 ORF (ou 3, si je suis paresseuse), mais une seule sera CDS (par exemple, sur NCBI j'aurai la CDS et non pas l'ORF).
    Vive le pinaillement C'est peut-être que Paris 6 est notre maman scientifique que nous l'entendons de cette manière?
    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  12. #9
    jmbowie

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Salut,
    Je serais plutôt de l'avis de Sed : une ORF est putative, alors qu'une CDS est "réelle". Par exemple, avec un logiciel type DNA strider j'aurai les 6 ORF (ou 3, si je suis paresseuse), mais une seule sera CDS (par exemple, sur NCBI j'aurai la CDS et non pas l'ORF).
    Vive le pinaillement C'est peut-être que Paris 6 est notre maman scientifique que nous l'entendons de cette manière?
    Cordialement,
    Au moment de la rédaction de mon premier message, j'avais pensé à cela, et bien noté que ncbi annote des CDS.
    Pour pinailler encore (sans être passé par la case Paris 6 ) , la CDS que tu auras trouvé en criblant les ORF...restera putative tant qu'il n'y a pas eu de démonstration expérimentale...mais cela devait être le sens de vos guillemets à réelle.

    Briefly,
    L'ORF, c'est une série de triplets. La CDS, c'est la série de triplets qui place un codon STOP en phase avec un codon START

    Amen

    Blast up your life!

  13. #10
    MaliciaR

    Re : qu'est ce qu'un ORF?



    (Par ailleurs, je pense que la personne qui pose la question n'a jamais imaginé qu'on en arriverait là dans les précisions )

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  14. #11
    piwi

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    On peut un peu compléxifier la chose pour mieux la préciser.

    Considéront cette séquence:
    5'atgaaaaaaacaaaaaaaaaaaaaaaaa aaaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaau aa3'

    C'est la séquence codant pour le peptide suivant:
    Met K K T K K K K K K N K K K K K K K K (Stop)

    Mais en fait, cette séquence possède deux cadres de lecture ouverts:
    cadre 1: Met K K T K K K K K K N K K K K K K K K Stop
    cadre 3: E K N K K K K K K K Q K K K K K K K I

    Pourquoi pas trois et pourquoi pas de cadre 2?
    cadre 2: Stop K K Q K K K K K K T K K K K K K K N

    Tout cela pour dire que la notion de séquence codante ne se superpose pas parfaitement avec la notion de cadre de lecture.
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  15. #12
    jmbowie

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    On peut un peu compléxifier la chose pour mieux la préciser.

    Considéront cette séquence:
    5'atgaaaaaaacaaaaaaaaaaaaaaaaa aaaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaau aa3'

    C'est la séquence codant pour le peptide suivant:
    Met K K T K K K K K K N K K K K K K K K (Stop)

    Mais en fait, cette séquence possède deux cadres de lecture ouverts:
    cadre 1: Met K K T K K K K K K N K K K K K K K K Stop
    cadre 3: E K N K K K K K K K Q K K K K K K K I

    Pourquoi pas trois et pourquoi pas de cadre 2?
    cadre 2: Stop K K Q K K K K K K T K K K K K K K N

    Tout cela pour dire que la notion de séquence codante ne se superpose pas parfaitement avec la notion de cadre de lecture.
    C'est pas que j'aime pas les Lys, mais tu aurais pu complexifier un peu plus...


    :humeurcérébrale:
    Blast up your life!

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  17. #13
    piwi

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    je me suis contenté de mettre une serie de A avec deux C dedans pour casser le monotonie. Un TG devant un U bien placé à la fin pour faire un UAA et bye.

    C'est sûr ce que je ne me suis pas fatigué sur ce coup là
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  18. #14
    Yoyo

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Salut,
    Je serais plutôt de l'avis de Sed : une ORF est putative, alors qu'une CDS est "réelle". Par exemple, avec un logiciel type DNA strider j'aurai les 6 ORF (ou 3, si je suis paresseuse),
    Non tu n'aurais pas 6 ORF, tu aurais si phase de lecture (3 en direct et 3 en reverse).
    Les ORF sont definis strictement d'un codon stop a un autre, apres selon les organismes on defini une taille minimum. Les CDS vont des codons ATG au codon STOP. Une CDS n'est absolument une ORF prouvée experimentalement.

    Pareil pour Piwi, dans ton exemple ce n'est pas vrai, on a toujours trois cadres de lecture possibles, meme si le deuxieme commence par un stop c'est un cadre de lecture possible, il commence juste apres le codon stop...non seulement on a 3 cadres de lecture possible, mais en plus on a aussi 3 ORF potentielles (on en a meme 6 si on considere le brin revese qui est ouvert dans les 3 phases lui aussi).

    YOyo

  19. #15
    MaliciaR

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par Yoyo Voir le message
    Non tu n'aurais pas 6 ORF, tu aurais si phase de lecture (3 en direct et 3 en reverse).
    Les ORF sont definis strictement d'un codon stop a un autre, apres selon les organismes on defini une taille minimum. Les CDS vont des codons ATG au codon STOP. Une CDS n'est absolument une ORF prouvée experimentalement.

    Pareil pour Piwi, dans ton exemple ce n'est pas vrai, on a toujours trois cadres de lecture possibles, meme si le deuxieme commence par un stop c'est un cadre de lecture possible, il commence juste apres le codon stop...non seulement on a 3 cadres de lecture possible, mais en plus on a aussi 3 ORF potentielles (on en a meme 6 si on considere le brin revese qui est ouvert dans les 3 phases lui aussi).

    YOyo
    En voilà un avis de plus... Merci, Yoyo, mine de rien cette question simple permet de remettre les idées en place

    Mais on ne m'a jamais sanctionné en fac quand je disais que j'avais 6 ORF et non pas 6 cadres de lecture. Encore pire : dans DNA strider, le menu qui permet de les définir s'appelle "Find ORFs"...
    Est-ce qu'on n'aurait pas tendance à les confondre?

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  20. #16
    Yoyo

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    En voilà un avis de plus... Merci, Yoyo, mine de rien cette question simple permet de remettre les idées en place

    Mais on ne m'a jamais sanctionné en fac quand je disais que j'avais 6 ORF et non pas 6 cadres de lecture. Encore pire : dans DNA strider, le menu qui permet de les définir s'appelle "Find ORFs"...
    Est-ce qu'on n'aurait pas tendance à les confondre?

    Cordialement,
    En effet voir les 6 cadres de lecture, permet d'observer les ORF presentent dans ces 6 cadres donc le menu "find ORF" est justifié
    Mais c'est vrai qu'on confond tout facilement

    YOyo

  21. #17
    MaliciaR

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Beh alors ce sont le bio-informaticiens les incompétents

    Mais utilie-t-on encore les distinctions? Parce que je vois que ci-dessus personne ne l'a vraiment fait...?

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  22. #18
    piwi

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Pareil pour Piwi, dans ton exemple ce n'est pas vrai, on a toujours trois cadres de lecture possibles, meme si le deuxieme commence par un stop c'est un cadre de lecture possible, il commence juste apres le codon stop...non seulement on a 3 cadres de lecture possible, mais en plus on a aussi 3 ORF potentielles (on en a meme 6 si on considere le brin revese qui est ouvert dans les 3 phases lui aussi).
    Pas d'accord (et oui ça m'arrive de ne pas être d'accord avec toi )
    ORF c'est pas pour cadre de lecture, c'est pour cadre de lecture ouvert. Et ca change tout. Dans mon exemple le second cadre, qui existe effectivement, n'est pas ouvert puisqu'il conduit immédiatement vers un STOP. C'est un cadre de lecture certes mais il est fermé.
    Ensuite il y a bien évidemment les reverses. Mais il n'ont de sens que si je n'ai pas d'indication sur l'orientation de ma séquence. Or j'ai pris le soin de l'orienter. Donc ici je n'ai pas à prendre en compte les 3 reverses.
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

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  24. #19
    MaliciaR

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    J'ai l'impression qu'en fait vous parlez de la même chose. Les deux cadres de Piwi sont bien ouverts, alors que n°2 ne l'est pas, mais il continue à être un cadre de lecture tout court.
    Non?

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  25. #20
    jmbowie

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    On en est à 3 notions donc:

    - Cadre de lecture: Série de triplets lu depuis le 1er, le 2ème ou le 3ème nt (x 2 brins)
    - ORF: série de triplets qui place un codon STOP en phase avec un codon START

    - CDS: ORF vérifiée expérimentalement

    MaliciaR: pour en examiner pas mal, les séquences de NCBI sont annotées en placant des CDS (hyper-lien en bleu) mais les gens y mettent souvent "orf putative" . Le terme CDS permet de distinguer la séquence traduite de ce qui ne l'est pas.

    Edit: Je viens de vérifier dans le menu "MeSH" de NCBI: CDS n'y apparait pas (!) mais ORF est défini comme:

    " A sequence of successive nucleotide triplets that are read as CODONS specifying AMINO ACIDS and begin with an INITIATOR CODON and end with a stop codon (CODON, TERMINATOR)"

    Voili, voilou

    PS: Les bio-informaticiens
    Blast up your life!

  26. #21
    MaliciaR

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par jmbowie Voir le message
    MaliciaR: pour en examiner pas mal, les séquences de NCBI sont annotées en placant des CDS (hyper-lien en bleu) mais les gens y mettent souvent "orf putative" . Le terme CDS permet de distinguer la séquence traduite de ce qui ne l'est pas.

    Edit: Je viens de vérifier dans le menu "MeSH" de NCBI: CDS n'y apparait pas (!) mais ORF est défini comme:

    " A sequence of successive nucleotide triplets that are read as CODONS specifying AMINO ACIDS and begin with an INITIATOR CODON and end with a stop codon (CODON, TERMINATOR)"

    Voili, voilou

    PS: Les bio-informaticiens
    Tiens, c'est marrant ça pour "ORF putative"... Tu me files un exemple? J'en ai bien vu des CDS en hyperlien bleu sur NCBI, effectivement, mais ça non...
    Sinon, la définition que tu donnes est bien celle que tout le monde a donné pour ORF.

    Et pis, moi, j'aime bien les bio-informaticiens au fond

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  27. #22
    jmbowie

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Tiens, c'est marrant ça pour "ORF putative"... Tu me files un exemple? J'en ai bien vu des CDS en hyperlien bleu sur NCBI, effectivement, mais ça non...
    Sinon, la définition que tu donnes est bien celle que tout le monde a donné pour ORF.

    Et pis, moi, j'aime bien les bio-informaticiens au fond

    Cordialement,
    arf, ce quej evoulais dire c'est que les gens qui déposent la séquence l'annotent en mettant "ORF" alors que ncbi parle de CDS.
    Pas de "putatif orf" mais des "putative futurasciencase" (nouvelle protéine)
    Blast up your life!

  28. #23
    MaliciaR

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par jmbowie Voir le message
    arf, ce quej evoulais dire c'est que les gens qui déposent la séquence l'annotent en mettant "ORF" alors que ncbi parle de CDS.
    Donc, dans ce cas, ils font la confusion entre ORF et CDS?

    Pas de "putatif orf" mais des "putative futurasciencase" (nouvelle protéine)
    Ah, alors celle-là, je l'attends! Qui va faire mumuse pour la caractériser?

    Bon, allez, trêve de c*******.

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  29. #24
    Yoyo

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Citation Envoyé par jmbowie Voir le message
    On en est à 3 notions donc:

    - Cadre de lecture: Série de triplets lu depuis le 1er, le 2ème ou le 3ème nt (x 2 brins)
    Ok
    - ORF: série de triplets qui place un codon STOP en phase avec un codon START
    NON! ORF est une sequence d'une certaine taille comprise entre 2 codons stop!!!! il n'y a pas besoin d'avoir d'ATG pour avoir une ORF!
    - CDS: ORF vérifiée expérimentalement
    NON il n'y a aucune notion de validation dans la CDS! tu crois vraiment que toutes les CDS definies au NCBI ont ete teste experimentallement??? une CDS c'est du codon ATG au codon STOP!

    PS: Les bio-informaticiens
    Si les bio-informaticiens etaient compétents en biologie ils ne feraient plus d'informatique LOL

    Citation Envoyé par PIWI
    Pas d'accord (et oui ça m'arrive de ne pas être d'accord avec toi )
    ORF c'est pas pour cadre de lecture, c'est pour cadre de lecture ouvert.
    Il ne me semble pas avoir dit le contraire on est donc d'accord.
    Sur chaque ARN il y a 3 cadre de lecture possible, un seul est utilisé (généralement) et est defini apartir du codon AUG.
    Et ca change tout. Dans mon exemple le second cadre, qui existe effectivement, n'est pas ouvert puisqu'il conduit immédiatement vers un STOP. C'est un cadre de lecture certes mais il est fermé.
    Dans ton expl, l'ORF presente dans la phase de lecture "2" commence apres ton codon stop!
    Ensuite il y a bien évidemment les reverses. Mais il n'ont de sens que si je n'ai pas d'indication sur l'orientation de ma séquence. Or j'ai pris le soin de l'orienter. Donc ici je n'ai pas à prendre en compte les 3 reverses.
    On est bien d'accord mais comme t'avais mis ATG et non pas AUG j'etait en droit d'imaginer que c'etait une sequence ADN, et dans ce cas la il est normal de vérifier les 6 phases de lecture

    Yoyo

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  31. #25
    Yoyo

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    je poste une petite image d'un strider
    les demi barres = ATG
    les barres completes = STOP

    Les 6 phases de lectures possibles sont indiquées
    en rouge on a la CDS (le gene dans ce cas).
    en vert on a differentes ORFs

    d'ailleur j'aimerai préciser que dans "ORF" il n'y a aucune notion de codage! (open signifie simplement qu'il n'y a pas de codon stop). Dans CDS il y a "coding" donc une notion de traduction, d'ou la necessite de la definir par rapport au codon ATG.

    YOyo
    Images attachées Images attachées

  32. #26
    tortuga

    Re : qu'est ce qu'un ORF?

    Mais... mais... quid des "pseudogenes"?
    Ok, ok, je sors.

  33. #27
    AkaBoris

    Re : qu'est ce qu'une ORF?

    Je vais rajouter une couche^^
    CDS n'a strictement rien à voir avec ORF mais c une erreur fréquente.
    Une ORF est simplement une phase de lecture ouverte, ce qui signifie:
    région de séquence génomique susceptible de coder un ARNm
    Une ORF peut contenir plusieures CDS (cas des ORF de transposons ou de polyprotéines) qui d'ailleures ne contiennent elles que des exons (pas d'introns) mais une ORF peut ne contenir aucune CDS (par bioinfo, on penser que la région pouvait coder un ARNm mais "in vivo" y'a rien)
    La cds correspond donc à la séquence traduite en protéine.
    Pour résumer, si on fait une échelle de taille:
    Protéine < CDS < ARNm < ORF < gène

  34. #28
    MaliciaR

    Re : qu'est ce qu'une ORF?

    Bonjour,

    Rajouter une couche à quoi? La réponse était claire...

    Citation Envoyé par AkaBoris Voir le message
    Je vais rajouter une couche^^
    CDS n'a strictement rien à voir avec ORF mais c une erreur fréquente.
    Elle est nouvelle, celle-là...

    Une ORF est simplement une phase de lecture ouverte, ce qui signifie:
    région de séquence génomique susceptible de coder un ARNm
    Et une CDS, c'est quoi alors?
    Les codons Start et STOP, tu connais?


    Une ORF peut contenir plusieures CDS (cas des ORF de transposons ou de polyprotéines) qui d'ailleures ne contiennent elles que des exons (pas d'introns)
    Tu veux bien approfondir, là?


    mais une ORF peut ne contenir aucune CDS (par bioinfo, on penser que la région pouvait coder un ARNm mais "in vivo" y'a rien)
    Je ne comprends pas pourquoi il faut confondre les ORF prédites par l'annotation et leur vérification expérimentale. Comme il a été souligné plus haut, si tu crois que toutes les ORF figurant dans les banques de données ont été vérifiées...


    La cds correspond donc à la séquence traduite en protéine.
    Pour résumer, si on fait une échelle de taille:
    Protéine < CDS < ARNm < ORF < gène
    Je ne comprends pas non plus comment on peut comparer des choses totalement incomparables

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  35. #29
    AkaBoris

    Re : qu'est ce qu'une ORF?

    Une cds est une séquence codante ce qui signifie que la séquence code une protéine
    Une ORF est une phase de lecture ouverte qui code pour un ARNm putatif

    ->y'a bien une différence non??

    Pour approfondir, une ORF peut codé un ARNm qui va coder pour plusieures protéines (cas d'une polyprotéine dont le nom m'échappe) donc dans une ORF, dans ce cas, plusieures régions codantes d'où plusieures cds

    Les ORFs n'ont pas besoin d'être vérifiées car on sait que cela est juste de la prédiction bioinformatique mais les cds sont censées avoir été vérifiées.


    J'ai essayer de simplifier à la fin avec cette notion d'échelle de taille mais j'ai l'impression d'avoir fait l'inverse

    PS: je connais les codons start et stop

  36. #30
    Yoyo

    Re : qu'est ce qu'une ORF?

    Citation Envoyé par AkaBoris Voir le message
    Une cds est une séquence codante ce qui signifie que la séquence code une protéine
    Une ORF est une phase de lecture ouverte qui code pour un ARNm putatif

    ->y'a bien une différence non??
    Oui il y a bien une différence, elle est d'ailleurs indiqué dans mon message N°25
    Pour approfondir, une ORF peut codé un ARNm qui va coder pour plusieures protéines (cas d'une polyprotéine dont le nom m'échappe) donc dans une ORF, dans ce cas, plusieures régions codantes d'où plusieures cds
    Je pense que tu te compliques trop la vie surtout qu'une ORF code pas un ARN
    En fin de compte ce n'est pas compliqué, une ORF = séquence d'une taille entre deux codons stops. une CDS = séquence comprise entre un codon initiateur et un codon stop.
    Les ORFs n'ont pas besoin d'être vérifiées car on sait que cela est juste de la prédiction bioinformatique mais les cds sont censées avoir été vérifiées.
    Non les CDS ne sont pas systématiquement vérifiée expérimentalement lors de l'annotation d'un génome... imagine le boulot...

    YOyo

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