Format pdb

[invitecc7146d2]

Bonjour !
Voilà lors de ma dernière requète, je me suis peut être un peu mal exprimée. Je possède une séquene en acides aminés (non répertoriée dans les banques de données) et je souhait générer le format PDB. Quequ'un peut m'aider ?
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[invite72953e70]

Bonsoir,

je ne suis pas sûr de bien vous comprendre non plus. Vous voulez générer un fichier PDB à partir d'une séquence d'AA ??
Ce n'est pas vraiment un souci de conversion de format.
il va d'abord falloir résoudre un problème trivial : Trouvez la structure de cette protéine a partir de sa séquence primaire. je vous suggère deux pistes : les methodes ab initio ou par les méthode par homologie.
Bon courage
cordialement,
Sed

[invitecc7146d2]

la dernière fois que je l'ai fait c'était par homologie mais avec un type vachement habitué et je ne sais pas le refaire toute seule...

[invite72953e70]

Ah. J'espérais que c'était une plaisanterie, mais apparemment non.
Les méthodes de prédiction de structure portent bien leur nom. Ce sont des prédictions, généralement aussi fiables que l'oracle de delphes en plein délire hallucinatoire (j'exagère volontairement). Si une protéine dont la structure a été résolue expérimentalement se trouve aussi avoir une forte identité de séquence (>80% serait idéal, certains programme essayent à partir de 40%), vous pourrez probablement avoir un peu de confiance dans le résultat obtenu. Mais ce n'est pas une mince affaire votre histoire.
Une page pleine de lien vers ce genre de programme et de la documentation :

http://www.ebgm.jussieu.fr/~debrever...dex.html#HOMOL

Mais je vous aurais prévenu, la recherche dans ce domaine bute encore sur beaucoup d'obstacles, et il ne s'agit pas d'une manip de routine. Je vous conseille vivement de lire la documentation des softs pour ne pas vous faire d'illusions sur la qualité des résultats.


Cordialement,
Sed

[A voir en vidéo sur Futura]