Bonjour à tous !
Je réclame votre aide pour que j'arrive à obtenir mon arbre phylogénétique.
En fait j'ai réalisé un aligement de Séquence via le logiciel BioEdit jusque là tout va bien, puis je crée mon arbre via Clustal W. le logiciel me le crée en fichier.ph mais alors là impossible de l'ouvrir ou du moins je ne sais pas quel logiciel utilisé.
Es ce que quelqu'un pourrait m'aider ?
Merci d'avance
Pourquoi ne pas tout simplement le tracer sur une feuille de papier, c'est pas bien difficile un arbre phylogénétique, quelques traites, noms, une éventuelle échelle de temps, de probables fossils et des ancêtres communs ( et ui, ils sont de nouveau à la mode les vieux ^^)
Evite de dire des légèretés pareilles, Yonack...Envoyé par yonack
Arabido, pourquoi ne pas le faire avec PHYLIP, je crois me souvenir que le format n'est pas un problème... Il est en accès libre sur le site de Pasteur
Cordialement,
ClustalW te le dessine aussi à la demande.
pardonnez moi pour mes légèretés, cependant je continu à penser qu'il n'y a pas que l'informatique dans la vie et qu'il est quand même important de savoir dessiner un arbre phylogénétique et non pas de savoir s'en faire dessiner un.
Mais bon, perso je connai Phylogène, en francais, gratuit, ou NJplot (UNIX/Debian), toujours aussi gratuit et accompagné de beaucoup d'extension.
Puisque tu sais demander ce que tu veux que ton logiciel fasse, tu sais dessiner un arbre phylogénétique... Non?
Cordialement,
Merci pour vos réponse !
yonack si tu sais si bien le faire en papier, explique moi comment tu fais pour un aligement de séquences, je serais curieux que tu m'expliques .....
Sinon MaliciaR merci pour Phylip, je savais pas qu'on l'avait en accès direct sur le web, je vais essayer demain au labo et je te tiens au courant.
jmbowie, oui clustalw me le dessine mais j'arrive pas à ouvrir le fichier .ph qu'il me crée, c'est juste ca le problème ...
Merci en tout cas
You're welcomeMerci pour vos réponse !
Sinon MaliciaR merci pour Phylip, je savais pas qu'on l'avait en accès direct sur le web, je vais essayer demain au labo et je te tiens au courant.
Mais pas besoin d'aller au labo : http://bioweb2.pasteur.fr/phylogeny/intro-fr.html
Bon courage, je dois m'y remettre aussi
Cordialement,
Mes alignements sont sur le pc du labo c'est pour çà, je te tiens au courant si ça marche et s'ils sont beaux
bon courage a toi aussi
Pff, voilà quelqu'un de vraiment pas sérieux! Tu n'amènes pas de boulot à la maison?!
Je plaisante.
Oki doki, donne des nouvelles.
Cordialement,
ben qd tu commences très tôt le matin, tu as envie de repos le soir. Et le soir c'est coorection de copies
Faut pas publier trop vite mdr
Tu vois, c'est pour cette raison qu'il faut commencer tard le matin... Sinon, les copies... Beh tu choppes quelques étudiants assez futés ou tes stagiaires, et hop
Bah oui, mais c'est moins facile quand il faut aligner à la mains des dizaines ou centaines de milliers de paires de bases - surtout avec plusieurs dizaines de taxons...de quoi prendre quelques semaines !Les logiciels sont bien utiles pour cela, encore faut-il prêter attention à la méthode et aux hypothèses sous-jascentes faites par les concepteurs. Rien à voir avec les phylogénies basées sur la morpho avec une dizaine de taxons. Là je veux bien faire ma phylogénie à la main, mais faut déjà être patient - ce qui n'est pas mon cas !
et oué................
C'est pour cette raison que j'ai parlé de légèretés, Yonack
Arabido, si ce n'est pas secret, tu travailles sur l'Arabidopsis et...?
Cordialement,
Un jour, un grand fou à dit :
PS : Ok, la folie me gagne, je retourne à mes horribles cours ....
Non je travaille même pas dessus mdr mais sur le Peuplier
....
J'espère que vous avez de l'aide psychologique en fac, tu m'en as l'air bien nécessiteux
Bon courage!
Cordialement,
mais effectivement je vais comparer ma famille de protéines avec Arabidopsis, le pseudo c'est pour mes stages antérieurs, me voila tout nouveau dans le monde de Populus Trichocarpa
Pourquoi tu parles d'aide psychologique ????
Aha, paraît-il c'est l'un des nouveaux joujoux pour les chercheurs en Plantes...mais effectivement je vais comparer ma famille de protéines avec Arabidopsis, le pseudo c'est pour mes stages antérieurs, me voila tout nouveau dans le monde de Populus Trichocarpa
Et tu comptes le comparer à d'autres espèces dioïques ensuite? Ou ça ne joue pas...?
C'était à l'intention de Yonack
Cordialement,
Le but de comparer avec tout ce qui est comparable et disponible, donc maïs, riz, .......
Et les blés? Ca m'a toujours assez étonnée de voir que pas beaucoup de gens y pensent alors que c'est susceptible d'être intéressant, vu que l'un est hexaploïde, l'autre tétraploïde...
Tu cherches quoi?
Juste à voir comment se compte ma famille multigénique au sein du génome du Peuplier, on passe de 35 membres chez Arabido à 65 chez le Peuplier, c'est intéressant d'essayer de comprendre pourquoi et voir si on retrouve des arbres proches dans un 1er temps
Ah, la grande joie des familles multigéniques... Tu as de quoi faire des arbres, quoi
Et oué mais c'est surtout pour avoir une idée générale, et ne pas prendre des primers pour rien en essayant de virer des membres pas intéressants pour moi
Mais tu veux le reconstruire comment ton arbre ? En distance, ML, bayesien, parcimonie ? Il me semble que les logiciels que tu veux utiliser ne font que de la distance, ce qui n'est pas terrible pour faire de la phylogénie au sens strict (mais au moins, ça donne des résultats très vite, et souvent peu différent de la parcimonie et des méthodes probabilistes). Si tu veux faire de la parcimonie, tu as PAUP, Winclada (interface pour NONA) ou TNT (gratuit, très puissant, mais infernal à utiliser). Pour les méthodes probabiliste, je ne connais que PAUP et MrBayes. Question bête, combien as-tu de taxons ?
Ah ces jeunes, des vrai assistés
Bioedit il utilise un Clustal pour faire l'alignement et Clustal sort un arbre de distance en général pas beau avec un fichier ".ph" qui normalement est un arbre parenthésé genre : (A(B(C,D))).
Ce type de fichier ca s'ouvre avec un logiciel genre Treeview (faire google pour aller le télécharger.) Il va falloir peut etre légérement éditer le ".ph" pour que celà soit au bon format (le faire avec Wordpad par exemple).
A+
J
