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Construction Arbre phylogénétique



  1. #1
    Arabido

    Construction Arbre phylogénétique


    ------

    Bonjour à tous !

    Je réclame votre aide pour que j'arrive à obtenir mon arbre phylogénétique.

    En fait j'ai réalisé un aligement de Séquence via le logiciel BioEdit jusque là tout va bien, puis je crée mon arbre via Clustal W. le logiciel me le crée en fichier.ph mais alors là impossible de l'ouvrir ou du moins je ne sais pas quel logiciel utilisé.

    Es ce que quelqu'un pourrait m'aider ?


    Merci d'avance

    -----

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  3. #2
    yonack

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Pourquoi ne pas tout simplement le tracer sur une feuille de papier, c'est pas bien difficile un arbre phylogénétique, quelques traites, noms, une éventuelle échelle de temps, de probables fossils et des ancêtres communs ( et ui, ils sont de nouveau à la mode les vieux ^^)
    La médecine légale, c'est bien, mais la médecine illégale, c'est quoi ?

  4. #3
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Citation Envoyé par yonack Voir le message
    Pourquoi ne pas tout simplement le tracer sur une feuille de papier, c'est pas bien difficile un arbre phylogénétique, quelques traites, noms, une éventuelle échelle de temps, de probables fossils et des ancêtres communs ( et ui, ils sont de nouveau à la mode les vieux ^^)
    Evite de dire des légèretés pareilles, Yonack...

    Arabido, pourquoi ne pas le faire avec PHYLIP, je crois me souvenir que le format n'est pas un problème... Il est en accès libre sur le site de Pasteur

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  5. #4
    jmbowie

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    ClustalW te le dessine aussi à la demande.
    Blast up your life!

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    yonack

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    pardonnez moi pour mes légèretés, cependant je continu à penser qu'il n'y a pas que l'informatique dans la vie et qu'il est quand même important de savoir dessiner un arbre phylogénétique et non pas de savoir s'en faire dessiner un.

    Mais bon, perso je connai Phylogène, en francais, gratuit, ou NJplot (UNIX/Debian), toujours aussi gratuit et accompagné de beaucoup d'extension.
    La médecine légale, c'est bien, mais la médecine illégale, c'est quoi ?

  8. #6
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Citation Envoyé par yonack Voir le message
    pardonnez moi pour mes légèretés, cependant je continu à penser qu'il n'y a pas que l'informatique dans la vie et qu'il est quand même important de savoir dessiner un arbre phylogénétique et non pas de savoir s'en faire dessiner un.

    Mais bon, perso je connai Phylogène, en francais, gratuit, ou NJplot (UNIX/Debian), toujours aussi gratuit et accompagné de beaucoup d'extension.
    Puisque tu sais demander ce que tu veux que ton logiciel fasse, tu sais dessiner un arbre phylogénétique... Non?

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

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  10. #7
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Merci pour vos réponse !


    yonack si tu sais si bien le faire en papier, explique moi comment tu fais pour un aligement de séquences, je serais curieux que tu m'expliques .....

    Sinon MaliciaR merci pour Phylip, je savais pas qu'on l'avait en accès direct sur le web, je vais essayer demain au labo et je te tiens au courant.

    jmbowie, oui clustalw me le dessine mais j'arrive pas à ouvrir le fichier .ph qu'il me crée, c'est juste ca le problème ...



    Merci en tout cas

  11. #8
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Citation Envoyé par Arabido Voir le message
    Merci pour vos réponse !
    Sinon MaliciaR merci pour Phylip, je savais pas qu'on l'avait en accès direct sur le web, je vais essayer demain au labo et je te tiens au courant.
    You're welcome
    Mais pas besoin d'aller au labo : http://bioweb2.pasteur.fr/phylogeny/intro-fr.html

    Bon courage, je dois m'y remettre aussi

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  12. #9
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Mes alignements sont sur le pc du labo c'est pour çà, je te tiens au courant si ça marche et s'ils sont beaux


    bon courage a toi aussi

  13. #10
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Pff, voilà quelqu'un de vraiment pas sérieux! Tu n'amènes pas de boulot à la maison?!
    Je plaisante.
    Oki doki, donne des nouvelles.

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  14. #11
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    ben qd tu commences très tôt le matin, tu as envie de repos le soir. Et le soir c'est coorection de copies

    Faut pas publier trop vite mdr

  15. #12
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Tu vois, c'est pour cette raison qu'il faut commencer tard le matin... Sinon, les copies... Beh tu choppes quelques étudiants assez futés ou tes stagiaires, et hop
    An expert is one who knows more and more about less and less.

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  17. #13
    Skoll

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Citation Envoyé par yonack Voir le message
    Pourquoi ne pas tout simplement le tracer sur une feuille de papier, c'est pas bien difficile un arbre phylogénétique, quelques traites, noms, une éventuelle échelle de temps, de probables fossils et des ancêtres communs
    Bah oui, mais c'est moins facile quand il faut aligner à la mains des dizaines ou centaines de milliers de paires de bases - surtout avec plusieurs dizaines de taxons...de quoi prendre quelques semaines ! Les logiciels sont bien utiles pour cela, encore faut-il prêter attention à la méthode et aux hypothèses sous-jascentes faites par les concepteurs. Rien à voir avec les phylogénies basées sur la morpho avec une dizaine de taxons. Là je veux bien faire ma phylogénie à la main, mais faut déjà être patient - ce qui n'est pas mon cas !
    (Darwin x Manchot) / Japon = Seizon senryaku

  18. #14
    yonack

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Citation Envoyé par Skoll
    Bah oui, mais c'est moins facile quand il faut aligner à la mains des dizaines ou centaines de milliers de paires de bases - surtout avec plusieurs dizaines de taxons
    oupsss, dsl, j'avais pas compris que c'était de ce niveau, je croyais qu'il sagissait de faire un "petit" arbre =)
    La médecine légale, c'est bien, mais la médecine illégale, c'est quoi ?

  19. #15
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    et oué................

  20. #16
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    C'est pour cette raison que j'ai parlé de légèretés, Yonack

    Arabido, si ce n'est pas secret, tu travailles sur l'Arabidopsis et...?

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  21. #17
    yonack

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Un jour, un grand fou à dit :

    Citation Envoyé par Yonack
    Il faut mieux être léger comme la plume du paon,
    Que lourd comme un viel élephant


    PS : Ok, la folie me gagne, je retourne à mes horribles cours ....
    La médecine légale, c'est bien, mais la médecine illégale, c'est quoi ?

  22. #18
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Non je travaille même pas dessus mdr mais sur le Peuplier .
    ....

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  24. #19
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    J'espère que vous avez de l'aide psychologique en fac, tu m'en as l'air bien nécessiteux

    Bon courage!

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  25. #20
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    mais effectivement je vais comparer ma famille de protéines avec Arabidopsis, le pseudo c'est pour mes stages antérieurs, me voila tout nouveau dans le monde de Populus Trichocarpa

  26. #21
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Pourquoi tu parles d'aide psychologique ????

  27. #22
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Citation Envoyé par Arabido Voir le message
    mais effectivement je vais comparer ma famille de protéines avec Arabidopsis, le pseudo c'est pour mes stages antérieurs, me voila tout nouveau dans le monde de Populus Trichocarpa
    Aha, paraît-il c'est l'un des nouveaux joujoux pour les chercheurs en Plantes...
    Et tu comptes le comparer à d'autres espèces dioïques ensuite? Ou ça ne joue pas...?

    Citation Envoyé par Arabido Voir le message
    Pourquoi tu parles d'aide psychologique ????
    C'était à l'intention de Yonack

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  28. #23
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Le but de comparer avec tout ce qui est comparable et disponible, donc maïs, riz, .......

  29. #24
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Et les blés? Ca m'a toujours assez étonnée de voir que pas beaucoup de gens y pensent alors que c'est susceptible d'être intéressant, vu que l'un est hexaploïde, l'autre tétraploïde...

    Tu cherches quoi?
    An expert is one who knows more and more about less and less.

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  31. #25
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Juste à voir comment se compte ma famille multigénique au sein du génome du Peuplier, on passe de 35 membres chez Arabido à 65 chez le Peuplier, c'est intéressant d'essayer de comprendre pourquoi et voir si on retrouve des arbres proches dans un 1er temps .....

  32. #26
    MaliciaR

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Ah, la grande joie des familles multigéniques... Tu as de quoi faire des arbres, quoi
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  33. #27
    Arabido

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Et oué mais c'est surtout pour avoir une idée générale, et ne pas prendre des primers pour rien en essayant de virer des membres pas intéressants pour moi .....

  34. #28
    black adder

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Mais tu veux le reconstruire comment ton arbre ? En distance, ML, bayesien, parcimonie ? Il me semble que les logiciels que tu veux utiliser ne font que de la distance, ce qui n'est pas terrible pour faire de la phylogénie au sens strict (mais au moins, ça donne des résultats très vite, et souvent peu différent de la parcimonie et des méthodes probabilistes). Si tu veux faire de la parcimonie, tu as PAUP, Winclada (interface pour NONA) ou TNT (gratuit, très puissant, mais infernal à utiliser). Pour les méthodes probabiliste, je ne connais que PAUP et MrBayes. Question bête, combien as-tu de taxons ?

  35. #29
    John78

    Re : Construction Arbre phylogénétique

    Ah ces jeunes, des vrai assistés

    Bioedit il utilise un Clustal pour faire l'alignement et Clustal sort un arbre de distance en général pas beau avec un fichier ".ph" qui normalement est un arbre parenthésé genre : (A(B(C,D))).

    Ce type de fichier ca s'ouvre avec un logiciel genre Treeview (faire google pour aller le télécharger.) Il va falloir peut etre légérement éditer le ".ph" pour que celà soit au bon format (le faire avec Wordpad par exemple).

    A+
    J

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