[génétique] Construction d'un arbre phylogénétique

[inviteb7174662]

Bonjour à tous,

Je bosse en stage sur la mise au point d'une technique de génotypage (MLVA) sur M.pneumoniae.
Nous avons déjà pu dresser des profiles pour plusieurs souches, et il faudrait désormais pouvoir dresser un arbre phylogénétique, or je n'ai absolument aucune idée de comment réaliser un arbre, de la meilleure méthode à utiliser, quels logiciels etc...

J'ai déjà commencé à faire des recherches sur le net, mais pour l'instant; tout ce que j'ai trouvé ce sont des logiciels qui crééent des arbres à partir de séquences (calcul de "l'éloignement phylogénétique" en fonction des mutations).
Or pour une MLVA, pas de séquences, chaque souche est caractérisée par un profil chiffré (qui correspond au nombre de répétition d'un motif à un locus donné):
exemple :
- Souche 1 : 8,9,3,2,12,5
- Souche 2 : 8,9,3,2,10,4
- Souche 3 : 7,5,1,4,7,1
Voila, comment puis je créer un arbre à partir de ces seules données ?

Je remercie vraiment les personnes qui pourront m'aider.
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[invite75144d9c]

Bonsoir Djelaba,

En fait, un arbre phylogénétique ne reflète pas quel organisme descend du croisement de quels autres, mais uniquement à quel point les uns sont proches des autres...

Voici un lien de l'INRP qui appuie ce que j'avance...
http://www.inrp.fr/biotic/evolut/par...ml/arbphyl.htm

Si tu ne trouves pas de logiciels, c'est peut-être parce que tu n'as pas le bon terme pour désigner ta recherche...
Malheureusement, je ne le connais pas plus! Je ferai des recherches de mon côté

[inviteb7174662]

En fait, un arbre phylogénétique ne reflète pas quel organisme descend du croisement de quels autres, mais uniquement à quel point les uns sont proches des autres...

Nous sommes d'accord.
Je fais du génotypage de M.pneumoniae.
C'est à dire que je recherche grâce à la MLVA à pouvoir rassembler les différentes souches de M.pneumoniae testées dans différents sous-types.
Et je souhaiterai créer un arbre représentant les différents soustypes et leur lien et leur proximité évolutive.

Mais comment faire .... Quels logiciels utiliser, la démarche, que me conseillez vous ?

Ceci dit merci pour le lien, il est très intéressant

[invite56d68a15]

Déjà, les nombre de répétitions du motif peut-il varier dans les deux sens (addition d'une répétition ou diminution)? Si tu n'as pas de raison de supposer qu'il se fasse seulement dans un sens, tu ne peux pas savoir quel état est ancestral et dérivé, donc tu ne peux pas faire un arbre enraciné (où on sait dans quel sens va le temps), mais seulement un réseau. À moins que parmis tes souches, tu en as une dont tu es sûr qu'elle est plus éloignée des autres (groupe externe).

Sinon, vu le nombre de caractères mesurés, je te recommanderais la méthode de parcimonie.
Comme les logiciels fonctionnent surtout avec des séquences d'ADN, il suffit de remplacer ton nombre de répétitions (7 ou 8) par les lettres des bases (AAAAAAA- ou AAAAAAAA respectivement), tu mets des tirets à la fin quand il manque des répétitions, en prenant comme référence le motif qui comprend le plus de répétitions.
Ceci suppose que tu passe d'un nombre de répétition à celui immédiatement inférieur ou supérieur, mais que tu ne passe pas de 7 à 10 repets d'un coup par exemple.
Ensuite, je pense que le logiciel phylip avec le module DNApars devrait faire l'affaire.

[A voir en vidéo sur Futura]

[inviteb7174662]

Bonjour Jeanlain et merci beaucoup pour cette réponse qui m'éclaire un peu, mais finalement, ne résoud pas vraiment mon problème je crois. (peut être parce que je me suis mal exprimé)

Pour chaque souche j'étudie en fait 6 caractères (variations de motifs à 6 loci différents).
D'apres ce que j'ai compris, (je suis pas sur d'avoir bien compris non plus lol ^^) la méthode que tu me proposes, est bonne pour un seul caractère.
Je ne vois pas comment combiné tous les caractères pour arriver à un arbre.
De plus il important de prendre en compte le nombre de répétition de plus ou de moins, que je puisse passer de 7 à 10 répitions par exemple.

Je remontre mon exemple :

- Souche 1 : 8,9,3,2,12,5
- Souche 2 : 8,9,3,2,10,4
- Souche 3 : 7,5,1,4,7,1

Je sais qu'à partir de ces seules données on peut créer un arbre phylogénétique (cela a déjà été fait) mais j'ai eu beau lire une vingtaine de matériel et méthodes, aucun n'est assez précis pour me permettre de le reproduire.
Et même avec tes excellentes explications, je n'y parviens toujours pas. Et ce n'est pas ma maigre formation en bio informatique qui va m'y aider :s

Je suis vraiment dans le flou le plus total.

NB : Les variations peuvent se faire dans les deux sens, et je n'ai aucune souche que je sais être éloignée des autres. D'ailleurs, je suis à la frontière entre phylogénie et épidémiologie. Je veux pouvoir regrouper les souches de M.pneumoniae en sous types, et pouvoir si possible faire apparaitre un lien, un éloignement entre les sous types.

[invite56d68a15]

Il y a peut-être des logiciels qui peuvent te faire un phylogénie à partir des nombre de répétitions mais je n'en connais pas.

Sinon, la méthode que je t'ai indiquée permet de représenter tous les motifs. En prenant comme référence les souches qui ont le plus de répétition à chaque motif, tu mets un A (ou C,T,G peu importe) pour chaque répétion, et des "-" (ou une autre base que A ça revient au même) à la fin du motif là où il manque des répétition. Tu fais ça pour tous les motifs à la suite. Si c'est long, ça doit être faisable automatiquement avec une macro excel. Ensuite, tu peux passer directement ça dans un logiciel de phylogénie, selon plusieurs méthodes, cladistique ou phénétique.
Question : ça mute de une en une répétition ou ça peut passer directement de 7 à 12 répet par exemple? Parce que si ça peut tout faire, ce sera dur de faire un réseau fiable.

[inviteb7174662]

Question : ça mute de une en une répétition ou ça peut passer directement de 7 à 12 répet par exemple? Parce que si ça peut tout faire, ce sera dur de faire un réseau fiable.

Le mécanisme de variation est mal connu encore, mais bon on suppose que ca varie tres peu. Je précise que c'est une technique de typage déjà appliquée sur d'autres bactéries, et on a dressé des arbres à partir de cette technique. Bien evidemment ce sont des arbres qui ne vont pas au dela de l'espece, puisque cete méthode sert uniquement au typage des différentes souches d'une meme espece.

Merci pour ces précisions, je vais tenter ce que tu me dis de suite.

[invite56d68a15]

Pour vérifier que tu n'as pas oublié de A ou de "-", tu peux importer tes séquences dans le logiciel bioEdit et voir qu'elle font bien la même longueur.

En fait, je me demande si tu ne ferais pas mieux d'écrire tes séquences directement dans bioEdit et enregistrer l'alignement en format FASTA, lequel peut servir de fichier d'entrée pour les logiciels de phylogénie.

[invite637be4ec]

bonjour a tous, pour ma part je cherche un arbre phylogénétique sur une bactérie qui s'appelle Kingella kingae. Elle appartient aux Eubactéries, au phylum des Protéobacteries, à la classe des Betaprotéobacteries, à l'ordre des Neisseriales et à la famille des Neisseriaceae.
j'ai beau chercher je ne trouve rien, auriez vous quelque chose à me conseiller?
merci d'avance.