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Electrophorèse



  1. #1
    Freders

    Electrophorèse

    Bonjour à tous,
    Voilà, j'ai un rapport de TP à faire mais je suis bloquer car je n'arrive pas à débuter. Je suis en Terminale S.
    Voici la feuille de résultats :


    Il faut déterminer le nombre de fragments de restriction et leurs tailles pour l'hydrolyse des 2 ADN (ADN1 et ADN2) par les deux enzymes (BamHI et XhoI).
    -> Je pense qu'il y a 3 sites de restriction mais au vue de la carte de restriction, je ne suis pas sûr de moi.
    Sinon, la taille correspond aux numéros sur le côté?

    Ensuite, il faut, d'après les résultats, reconstituer la carte de restriction de l'ADN 1.
    -> Je ne sais pas trop comment on peut procéder puisque je n'arrive pas à comprendre comment on a obtenu la carte de restriction de l'ADN 2.

    Pour finir, il faut déterminer le type de mutation observée, localiser sa position et déterminer sa taille.
    -> On peut voir que pour BahHI, il y a eu un décalage d'une bande.
    Et pour Xho I, une bande a disparue.
    Mais je n'arrive pas à déterminer ce type de mutation.

    Merci d'avance de votre aide.
    C'est la 1ère fois qu'on travaille sur une électrophorèse donc je suis un peu perdu.

    -----


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  3. #2
    MaliciaR

    Re : Electrophorèse

    Salut,

    Voilà un exo qui est sympa

    Citation Envoyé par Freders Voir le message
    Il faut déterminer le nombre de fragments de restriction et leurs tailles pour l'hydrolyse des 2 ADN (ADN1 et ADN2) par les deux enzymes (BamHI et XhoI).
    -> Je pense qu'il y a 3 sites de restriction mais au vue de la carte de restriction, je ne suis pas sûr de moi.
    Sinon, la taille correspond aux numéros sur le côté?
    La taille de ton ADN2 est donnée : elle est de 6168 pb.
    Tu es sur la bonne voie avec l'idée des sites de restriction Un site c'est un endroit de taille petite, une position Donc, les numéros marqués sous tes traits verticaux sur la carte sont des ..... ?


    Ensuite, il faut, d'après les résultats, reconstituer la carte de restriction de l'ADN 1.
    -> Je ne sais pas trop comment on peut procéder puisque je n'arrive pas à comprendre comment on a obtenu la carte de restriction de l'ADN 2.
    Pour finir, il faut déterminer le type de mutation observée, localiser sa position et déterminer sa taille.
    -> On peut voir que pour BahHI, il y a eu un décalage d'une bande.
    Et pour Xho I, une bande a disparue.
    Mais je n'arrive pas à déterminer ce type de mutation.
    [/QUOTE]


    Que connais-tu comme mutations? Sais-tu représenter un site de restriction, par exemple celui de BamHI?
    Ce n'est pas difficile, c'est au contraire très logique et on s'est démerdé à te donner une belle figure

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  4. #3
    Freders

    Re : Electrophorèse

    Que connais-tu comme mutations? Sais-tu représenter un site de restriction, par exemple celui de BamHI?
    Je pensais à des mutations comme substitution ou addition...
    Mais cela me parait trop simpliste.

    Sinon, oui je sais représenter un site de restriction mais ce que je ne comprends pas c'est que pour l'ADN 2, je vois 6 sites de restrictions sur les résultats théoriques mais seulement 4 ont été représentés sur la carte de restriction.
    SI tu pouvais m'expliquer

    Tu es sur la bonne voie avec l'idée des sites de restriction Un site c'est un endroit de taille petite, une position Donc, les numéros marqués sous tes traits verticaux sur la carte sont des ..... ?
    Ce sont des bases.
    Mais je ne sais pas en quoi ça peut m'aider à trouver la taille d'UN site de restriction.

    En tout cas, merci de ton aide.
    C'est super sympa!

  5. #4
    MaliciaR

    Re : Electrophorèse

    Citation Envoyé par Freders Voir le message
    Je pensais à des mutations comme substitution ou addition...
    Mais cela me parait trop simpliste.
    Ah bon, pourquoi? N'oublie pas les délétions aussi


    Sinon, oui je sais représenter un site de restriction mais ce que je ne comprends pas c'est que pour l'ADN 2, je vois 6 sites de restrictions sur les résultats théoriques mais seulement 4 ont été représentés sur la carte de restriction.
    SI tu pouvais m'expliquer
    Que vois-tu précisément sur le gel? Tu vois les résultats de la digestions, càd les fragments résultant des coupures.
    Peux-tu juste dire clairement à quoi correspondent les légendes? (C'est tout petit sur le schéma )


    Ce sont des bases.
    Mais je ne sais pas en quoi ça peut m'aider à trouver la taille d'UN site de restriction.
    Beh justement, ici on parle de quoi? Le mot clé est position

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  6. #5
    Freders

    Re : Electrophorèse

    Merci, ça avance!!
    Les numéros sur le côté (M) correspondent donc aux tailles des fragments.
    Par exemple, pour l'ADN 2 digéré par BamHI, il y a 3 fragments de tailles 317pb, 1516pb et 5000pb environ... c'est bien ça?

    Pour cette 1ère partie, tu m'as bien aidé et je crois avoir compris ^^

    Pour la suite, je crois comprendre mais il y a un petit problème...
    Ce sont des fragments, pas des sites de restrictions sur le gel.
    Pour A2, il y a 3 fragments donc 2 sites de restriction.
    de 317pb à 1516pb et de 1516pb à 6158pb.
    Le problème, c'est que pour B2, ça ne marche pas
    Car sur la carte de restriction, il n'y a pas de site aux environs des 800pb...
    Je ne trouve pas ça logique.

    J'espère que tu pourras m'aider à terminer l'exercice.
    Merci beaucoup pour le temps que tu passes à m'aider.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    toony

    Re : Electrophorèse

    Citation Envoyé par Freders Voir le message
    Merci, ça avance!!

    Le problème, c'est que pour B2, ça ne marche pas
    Car sur la carte de restriction, il n'y a pas de site aux environs des 800pb
    Si il y ait ....n'oubliez pas que on peut compter les pb dans les 2 sens....

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  10. #7
    Freders

    Re : Electrophorèse

    Citation Envoyé par toony Voir le message
    Si il y ait ....n'oubliez pas que on peut compter les pb dans les 2 sens....
    Ohh!! J'ai compris!
    J'ai mis du temps mais j'ai trouvé!!
    Pour l'ADN 2, il faut faire 6040-5276 = 800 environ.
    Pour l'ADN 1 ça donne donc un peu près ça :

    ADN 1 ____317____1516_______________ _______6040__ 6158pb


    Je ne sais pas comment représenter le décalage entre A1 et A2.

    Malgré ce jeu de questions-réponses, l'exo avance et touche bientôt à sa fin.
    Merci de votre aide.

  11. #8
    Freders

    Re : Electrophorèse

    J'ai donc réussi à tout faire sauf la carte de restriction de l'ADN 1 car je ne sais pas comment représenter le décalage (la substitution).
    Ne me laissez pas tomber!!
    Merci

  12. #9
    MaliciaR

    Re : Electrophorèse

    Citation Envoyé par Freders Voir le message
    J'ai donc réussi à tout faire sauf la carte de restriction de l'ADN 1 car je ne sais pas comment représenter le décalage (la substitution).
    Ne me laissez pas tomber!!
    Merci
    Hello,
    De quel décalage parles-tu?

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  13. #10
    Freders

    Re : Electrophorèse

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Hello,
    De quel décalage parles-tu?

    Cordialement,
    Pour représenter la carte de restriction de l'ADN 1.
    Je n'y arrive pas.
    Je ne sais pas comment représenter le décalage du fragments entre A1 et A2.
    Merci de ton aide

  14. #11
    MaliciaR

    Re : Electrophorèse

    Citation Envoyé par Freders Voir le message
    Pour l'ADN 1 ça donne donc un peu près ça :

    ADN 1 ____317____1516_______________ _______6040__ 6158pb
    Citation Envoyé par Freders Voir le message
    Pour représenter la carte de restriction de l'ADN 1.
    Je n'y arrive pas.
    Je ne sais pas comment représenter le décalage du fragments entre A1 et A2.
    Merci de ton aide
    Ci-dessus la carte d'ADN1 telle que tu l'as faite
    Ensuite, ton "décalage" se situe au niveau des tailles des fragments, c'est ça? Ce que tu devrais penser à faire c'est regarder où se situerait un site sur ADN1 en comparaison avec ADN2 (lequel est ta référence ).

    Cordialement,

    P.S. J'oublie à chaque fois : quand tu énonces une observation, comme dans ton premier post, il faut absolument que tu précises en comparaison avec quoi tu la fais Sinon, ça ne vaut rien...
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  15. #12
    Freders

    Re : Electrophorèse

    ADN 1:

    __317______1516__________3000_ _____6040 (par Xho I)__ 6158pb

    Le reste par BamH I.

    C'est bien ça?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message

    P.S. J'oublie à chaque fois : quand tu énonces une observation, comme dans ton premier post, il faut absolument que tu précises en comparaison avec quoi tu la fais Sinon, ça ne vaut rien...
    Oui bien sûr, tu as tout à fait raison.
    Sur internet, c'est plus compliqué pour se faire comprendre.
    Merci pour tout!

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  17. #13
    Freders

    Re : Electrophorèse

    Je pense m'être trompé sur la taille des fragments.
    Pour l'hdrolyse de l'ADN 2 par BamHI (A2), 3 fragments:
    - 317pb
    - 1516-317 = 1199pb
    - 6158-1199 = 4959pb.
    Je ne me trompe pas?

  18. #14
    Freders

    Re : Electrophorèse

    Je suis un peu perdu...

  19. #15
    toony

    Re : Electrophorèse

    Pistes:
    La mutation sur ADN1: change-t-elle le nombre de site BamH1?
    La mutation sur ADN1: change-t-elle la taille d'un fragment?
    Donner la taille appproximative des fragments chez ADN 1 grâce aux marqueurs de taille.
    Dernière modification par toony ; 16/03/2008 à 19h25.

  20. #16
    Freders

    Re : Electrophorèse

    Citation Envoyé par toony Voir le message
    Pistes:
    La mutation sur ADN1: change-t-elle le nombre de site BamH1?
    La mutation sur ADN1: change-t-elle la taille d'un fragment?
    Pour moi oui!

    Donner la taille appproximative des fragments chez ADN 1 grâce aux marqueur de taille
    Pour l'ADN 1, par BamHI:
    -317pb
    -1517-317 = 1199pb
    -3000pb

    Et par XhoI :
    -6158-6040 = 118pb
    -5276-118 = 5158pb

  21. #17
    toony

    Re : Electrophorèse

    Quelle type de mutation peut changer la taille d'un ADN?

  22. #18
    toony

    Re : Electrophorèse

    OK, que s'est-il passé pour que, avec BamH1 , le fragment produit avec ADN2 de 5000 pb environ, se retrouve avec ADN1 à 3000 pb? C'est quoi comme type de mutation?

    Ensuite comment expliquer qu'avec Xho il manque un fragment ( le 800pb) avec ADN1?


    Pour Xho et ADn 1, en utilisant les marqueurs ça donne 118 et 5000 ENVIRON.
    Dernière modification par toony ; 16/03/2008 à 20h37.

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  24. #19
    toony

    Re : Electrophorèse

    Réponses:
    que s'est-il passé pour que, avec BamH1 , le fragment produit avec ADN2 de 5000 pb environ, se retrouve avec ADN1 à 3000 pb? C'est quoi comme type de mutation? il s'agit d'une D......N de ........(nombre) de nucléotides


    Ensuite comment expliquer qu'avec Xho il manque un fragment ( le 800pb) avec ADN1? Un Site de R...........N a D.........RU.

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