Connaissez-vous des techniques rapides d'identification (quelques heures) d'une bactérie en partant d'un prélèvement biologique ou alimentaire (donc en évitant l'étape d'isolement sur gélose) ? Le pb qui se pose est la présence d'autres germes (contaminants ou commensaux/saprophytes) dans le prélevement (ce qui explique la nécéssité de l'étape d'isolement). Je pense à des techniques empruntées à la biologie moléculaire ou des techniques immunologiques.
Bonjour,
Des techiques d'identification bactérienne par biologie moléculaire existent en effet, mais elles sont pour l'instant majoritairement au stade expérimental.
La plupart se basent sur des PCR avec des amorces au niveau de l'ARN 16S.
Par contre je ne comprends pas très bien la question sur les contaminants. Si tu cherches à identifier des bactéries à partir d'un prélèvement, disons alimentaire, tu as forcément des contaminants (plusieurs souches dans ton échantillon).
Oui ça existe (exemple tout bête de test immunologiqe :test chez son médecin pour distinguer angine virale de streptococcique à partir d'un prélèvement de gorge à l'écouvillon)
Ou encore certaines coloration : Exemple coloration de Ziehl-Nielsen <->Tuberculose)
Certaines formes de germes peuvent aussi être caractéristiques à l'examen direct
Seulement comme tu le vois ces techniques ne permettent certainement pas une identification absolue:On connait ou suspecte par avance ce que l'on cherche.(exemple ziehl nieslen n'est pas spécifique de M.Tuberculosis,mais avec la clinique et des radios à côté on peut le suspecter fortement)
Pour une identification bactérienne "au tout venant",je ne pense pas que cela soit possible (mais je peux me tromper)
Salut,
Les techniques d’identification bactériennes les plus rapides que je connaisse nécessitent avant tout un isolement de la bactérie, pour eviter justement d’analyser des prélevements poly-microbiens. Il faut donc au minimum 18-24h. Puis après ça peut être rapide, avec notamment les nouvelles identifications en milieu liquide (qui te donnent l’identification +/- antibiogramme en 5h environ). Ça c’est fait en routine, et de façon plus experimentale on peut faire des PCR de l’ARNr 16S comme le dit Lord M.
Ensuite tous les test directs (tests de diagnostic rapide d’angine bactérienne, tests « d’antigènes solubles » pour rechercher un pneumocoque, meningocoque dans un LCR….) ne sont pas tous très sensibles et spécifiques….une identification classique est nécessaire.
A ma connaissance rien de très rapide….
Techniquement il doit etre possible de créer des amorce PCR spécifique d'une espèce bactérienne, que se soit sur le 16S ou même des marqueurs alternatifs type ARN polymérase. Et là on évite les problèmes de prélevement polymicrobien. Si on met bout a bout la PCR (3H), une étape de restriction enzymatique pour vérifier si on a le bon fragment (1H) et le gel d'électrophorèse pour voir tout ça (1H) ca fait 5H. C'est expérimental et il faut avoir un bon couple d'amorce, mais c'est faisable sans trop de difficulté et rapide + faisable en routine.... Sans compter qu'on peut identifier des bactéries non-cultivables.
A+
John
C’est vrai que la bio mol c’est rapide, mais dans ce cas il faut déjà savoir à quelles espèces bactériennes tu vas avoir à faire…à moins de tester des tas d’amorces, et là ça doit commencer à revenir cher.
Effectivement le principe des amorces spécifiques est utilisé en labo, mais je ne pense pas qu'il soit pour l'instant adaptable en routine.
En effet, comme il l'a déjà été dit, il faut savoir quelle espèce on recherche, un peu comme un test par immunodetection. De plus les conditions de PCR directement sur colonie ou milieu liquide (sans extraction d'ADN) sont souvent variables d'une espèce à l'autre.
Cependant c'est surement la méthode la plus rapide et la plus rentable actuellement.
