Pourquoi 2 est-il le seuil d'acceptation du facteur de variation en qPCR ??

[invite4944608c]

bonjour à tous,

mon chef m'a demandé pourquoi le seuil d'acceptation de du facteur d'amplification ou de répression de l'expression d'un gène en qPCR était fixé à 2.
je dois reconnaitre que je me suis sentie un peu bête ! je n'en sais rien...
alors j'imagine bien que sont des études mathématiques (statistiques, probalistiques ou je ne sais quoi...) qui ont permis de déterminer ce seuil, mais si quelqu'un pouvait m'éclairer un peu sur cette question je pourrais alors me la raconter au près de mon chef (c'est toujours assez plaisant )
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[piwi]

Je crois que c'est purement subjectif.

Cordialement,
piwi

[invite4944608c]

really ???
tu penses que c'est subjectif piwi ? ça me semble étrange quand même.

[IngDr]

C'est un facteur qui est utilisé de manière générale comme seuil dans pas mal d'applications. Dans le cas de puce à ADN par exemple, il y a 7 ans de cela, il était de coutume dans mon labo de ne pas interpréter comme significative une surexpression comprise entre 1x et 2x, et une diminution entre 0x et 0,5x. Peut être qu'à l'époque les erreurs cumulées sur l'ensemble de la manip ne permettait pas d'interpréter de si faibles variations, ou que les valeurs mesurées dans ces intervalles n'étaient pas reproductibles.
Mais la question qu'il faut se poser, est : si par qPCR, on obtient de manière systématique et reproductible, avec un tres faible ecart type, un surexpression de 1,5x ou 1,7x par exemple, d'un point de vue statistique, cela doit être vrai. Mais il faut alors se poser la question de la signification biologique d'une si faible augmentation. Est ce suffisant pour induire des modif de la cellule ? et cette augmentation du taux d'ARNm se retrouve-t-elle au niveau des protéines.

cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite4944608c]

merci IngDr.
je trouve tes questions complètement légitimes.
si te suis bien, tu penses que ce seuil n'est pas un seuil de représentativité mathématiques mais plutôt de signification biologique ?!
parce que c'est vrai, si les écarts types sont faibles, même sur des valeurs inférieures à 2, on est obligé d'admettre que les valeurs sont vraies.

[IngDr]

En fait, mais ce serait à vérifier, je pense qu'au début de l'air quantitative, la précision des appareils, cumulée aux variabilités des manips sur les cellules, extraction etc... ne permettait pas de manière fiable de croire à des valeurs inférieur au seuil de 2. Maintenant si on peut obtenir de manière reproductible des valeurs inférieurs à 2, cela doit être vrai du point de vue de la mesure (encore faudrait il que cela soit confirmé au niveau d'une gamme étalon).

Mais à côté de ce point de vue mathématique/instrument, ce pose la question de la signification biologique. Je ne dis pas qu'à partir de 2x c'est ou ce n'est pas biologiquement significatif, mais je dis qu'il faut se poser la question, en fonction du niveau de base notament. Car 2x presque rien, ca fait toujours pas grand chose, mais 2x une grande quantité, ca peut faire beaucoup. C'est pour cela qu'une analyse en "fold induction" peut être biaisée car on perd l'information sur les niveaux de bases.

[invite4944608c]

très vrai.
en fait il faudrait toujours faire de la "vraie quantification" !
merci beaucoup IngDr, ce fût un plaisir.

[invitea069fc56]

bonjour à tous,

mon chef m'a demandé pourquoi le seuil d'acceptation de du facteur d'amplification ou de répression de l'expression d'un gène en qPCR était fixé à 2.
je dois reconnaitre que je me suis sentie un peu bête ! je n'en sais rien...
alors j'imagine bien que sont des études mathématiques (statistiques, probalistiques ou je ne sais quoi...) qui ont permis de déterminer ce seuil, mais si quelqu'un pouvait m'éclairer un peu sur cette question je pourrais alors me la raconter au près de mon chef (c'est toujours assez plaisant )

Je crois que ce facteur est "subjectivement arbitraire" car il n'y a pas de standardisation du seuil de la signifiance d'induction. Dans des publi, tu le trouves 2.5, dans d'autres 2, 1.7, 3,...etc.. chacun interprète et discute une valeur donnée, sans une base standard.
C'est effectivement basé probablement sur des données statistiques et des observations cumulées.