La postion des éléments de réponse aux hormones

[invite87e3a5a2]

Bonjour,
est ce que les éléments de réponse aux hormones sont toujours situés en amont du site d'initiation de la transcription ou en aval du site de terminaison?
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[piwi]

Non. Ils peuvent aussi se situer dans la séquence codante et en particulier dans le premier intron qui est souvent régulateur.

Cordialement,
piwi

[invite87e3a5a2]

Donc c'est pas facile de savoir la position exacte des HREs dans une séquence d'ADN?

[piwi]

Si la séquence est canonique vous pouvez la retrouver en screenant directement une séquence (notez qu'il faut alors chercher jusque très en amont et en aval). Si elle ne l'est pas tout se complique. Il y a des programmes tels que JASPAR ou TFSEARCH qui peuvent vous y aider. Dans tous les cas la validation passe par des tests tels que l'EMSA.

Cordialement,
piwi

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite87e3a5a2]

ce sont des bases de données?
j'ai pas compris le terme "canonique".En fait je ne suis pas spécialiste en biologie

[piwi]

Le HRE est une séquence d'ADN qui n'est pas nécessairement toujours absolument identique dans tous les gènes cibles. Il peut y avoir de petites variation. En général on connait la séquence la plus efficace pour la fixation du récepteur de l'hormone. Donc on peut éventuellement la chercher directement sur la séquence éditée en fichier texte. Mais si vous avez des variations l'ordinateur ne la trouvera pas et il sera difficile de chercher toutes les variantes possibles.
Du coup, il existe des programmes qui permettent de trouver ces éléments de réponses dégénérés sur une séquence d'ADN. Ce ne sont pas des bases de données. En revanche il vont tout vous sortir sans chercher à comprendre la relevance biologique de la chose. Il faut vérifier si ça veut dire quelque chose biologiquement parlant.

[invite87e3a5a2]

En fait moi je cherche à prédire les HREs et j'essaie d'avoir des informations sur ces éléments

[piwi]

Ils sont variables d'une hormone à l'autre. Il faut donc décomposer le problème hormone par hormone même si la démarche reste la même pour toutes.

[invite87e3a5a2]

quelles sont les principales caractéristiques des HREs?

[invite87e3a5a2]

est ce qu'on peut considerer les HREs comme des short tandem repeats