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Problème de compréhension avec genemark



  1. #1
    foxdie

    Problème de compréhension avec genemark


    ------

    bonjour à tous

    j'ai du mal a comprendre condont en phase 1 et 2 ainsi que la suite dans ce texte
    Présentation de GeneMark(Borodovskyet al., NucleicAcidsRes.,22,4756-67)La méthode repose sur le modèle probabiliste suivant appelé modèle de Markov: Hypothèse 1: La probabilité d'observer une base à une position donnée dépend:
    •des bases précédant cette position
    •de sa localisation dans le codonModélisé parmodèle de Markov homogène pour les régions non-codantes.modèle de Markov non-homogène pour les séquences codantes. Hypothèse 2: Une région particulière ne peut être que dans un des 7 états suivants:
    •1. codant en phase 1 sur le brin direct
    •2. codant en phase 2 sur le brin direct
    •3. codant en phase 3 sur le brin direct
    •4. codant en phase 4 sur le brin indirect
    •5. codant en phase 5 sur le brin indirect
    •6. codant en phase 6 sur le brin indirect
    •7. non-codant Prédiction: calculer les probabilités d'observer la région dans un étatisachantque l'un des 7 états est réalisé (formule de Bayes).

    merci d'avance

    -----

  2. #2
    MaliciaR

    Re : Problème de compréhension avec genemark

    Salut,

    Pourrais-tu faire un peu gaffe à la distinction entre les mots et phrase parce que là c'est un peu hard

    Sinon :

    Présentation de GeneMark(Borodovskyet al., NucleicAcidsRes.,22,4756-67)La méthode repose sur le modèle probabiliste suivant appelé modèle de Markov: Hypothèse 1: La probabilité d'observer une base à une position donnée dépend:
    •des bases précédant cette position
    •de sa localisation dans le codon
    Est-ce que tu comprends cette hypothèse?

    C'est facile de comprendre ça (c'est plus dur de l'écrire en stats ). Tu es d'accord qu'un codon n'est pas n'importe quelle succession de bases. Donc, si je prends la première base d'une séquence, je dis qu'elle est la proba d'apparaître de tant. Ok, ensuite je passe à la seconde base. Là, je fais une autre supposition : indépendamment de tout, cette base a une proba d'apparition; mais si je considère que je suis en présence d'un codon, cette proba sera pondérée par une autre qui dépendra de ma première base. Parce qu'un codon qui commence par exemple par A admettra en seconde position une base précise plus souvent que n'importe quelle autre. Même raisonnement pour la troisième base qui, elle, dépendra de la seconde et de la première.
    Ensuite, on te parle de la localisation d'une base dans le codon lui-même. Là, pareil, c'est logique : tu ne considèreras pas de la même manière la première, la seconde ou la 3 base du codon : elles ne subissent pas les mêmes contraintes.

    Est-ce que ça va jusque là?


    Modélisé parmodèle de Markov homogène pour les régions non-codantes.
    Est-ce que tu comprends pourquoi il est dit homogène dans ce cas? Si, oui, tu comprendras aussi pourquoi il n'est pas homogène dans le cas des séquences codantes. Normalement, avec ce que je viens de te dire, ça doit être assez évident


    Hypothèse 2: Une région particulière ne peut être que dans un des 7 états suivants:
    •1. codant en phase 1 sur le brin direct
    •2. codant en phase 2 sur le brin direct
    •3. codant en phase 3 sur le brin direct
    •4. codant en phase 4 sur le brin indirect
    •5. codant en phase 5 sur le brin indirect
    •6. codant en phase 6 sur le brin indirect
    •7. non-codant Prédiction: calculer les probabilités d'observer la région dans un étatisachantque l'un des 7 états est réalisé (formule de Bayes).
    Ce sont les cas possible si je prends n'importe quel bout d'une séquence. Soit elle sera codante et il y aura une CDS dans au moins une des phases (1,2,...), soit elle ne sera pas codante.
    Justement, le modèle supporté par un logiciel tel GeneMark va établir une matrice de probas pour chaque base de ta séquence, selon un set d'apprentissage (séquence issue d'un organisme modèle bien annoté). On aura donc une prédiction selon ce set dont le "comportement" a été appris par GeneMark. Bien sûr, il faut après vérifier que cette prédiction ait une réalité : tu fais un blastx contre Uniprot, par exemple. Le résultat de ces 2 manips devrait te permettre de dire si oui ou non, ton bout de séquence est possiblement une CDS.

    Est-ce que tu y vois un peu plus clair?
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  3. #3
    foxdie

    Re : Problème de compréhension avec genemark

    merci beaucoup je sait je repond trés tard mais merci enfit j'avais un exam et j'arrivé pasun comprendre mais now c'est claire

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