qRT-PCR, quel programme d'analyse?

[invitea069fc56]

Bonjour à tous,


Je m'adresse à ceux qui ont l'expérience en qRT-PCR pour avoir de leur conseilles en matière de programmes fiables utilisés dans l'analyse des données de la PCR quantitative en temps réel.

Je sais qu'il y a des macro développées pour Excel mais je n'ai pas encore fait mon choix !
Merci pour quiconque qui pourrait me conseiller un bon programme.

Bonne journée
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[invite10adf645]

Perso je bosse avec une gamme de dilution de mes ADNc (1/10 à 1/640). Ca me permet d'avoir la concentration (relative) de mes échantillons (en tripliqués c'est mieux). Ensuite je normalise tout ça par rapport à un (ou +) gène de ménage.

Pour les concentrations relatives, le logiciel de ton cycler (light cycler, realplex...) doit faire l'affaire. J'utilise de préférence une méthode de calcul automatique pour déterminer le seuil (Ct). Pour la normalisation, un simple ratio des concentrations relatives (gène d'intérêt)/(gène de ménage) sur excel suffit. Reste à faire les tests statistiques.

Il y a plein d'autres méthodes de calcul, mais pour moi le plus important reste le choix du gène de référence !

Fanou