Epigénome et immunoprécipitation

[invite86e3eb3c]

Bonjour,

Je cherche à comprendre comment analyser l'épigénome, notamment à partir de la méthode d'immunoprécipitation. Le problème est que je ne connais rien de cette technique.

Merci de m'éclairer,

Olivier
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[Aqualung]

Bon pour recibler, l'épigénome c'est l'état épigénique du génome, donc à savoir toutes les modifications réversibles et transmissibles ne faisant pas apparaitre de modifications de séquence nucléotidique. (à savoir les condensations, méthylations, inactivations des gènes)

L'immunoprécipitation est surtout utilisée dans ce cas ci pour l'étude des modifications des histones. On a réalisé que les histones possèdaient une queu aminoterminale qui pouvait être modifiée (méthylée, acétylée...) et que ces modifications entrainaient une condensation ou un relachement du DNA, on en a conclu que ça jouait un rôle dans une modification épigénique du DNA. En effet, le DNA relaché peut être transcrit, alors qu'une fois condensé il devient inactif.

L'immunoprécipitation est une méthode utilisée pour étudier les séquences de DNA auquelles se lient les protéines. Pour ce faire on utilise du formaldéhyde qui "gele" les molécules, le liquide va fusionner de manière covalente les protéines au DNA. On va lyser les cellules et récupérer le DNA puis le fragmenter. Le DNA sera coupé partout sauf là où se trouvent des protéines qui le protègent un peu.

Une fois fait, on enlève l'effet du formaldéhyde en chauffant et on détache les protéines, les séquences de DNA récupérée sont des séquences fixant des protéines. On peut soit les séquencer à ultra haut débit soit les hybrider sur des puces pour voir à quoi elles correspondent.

Dans le cas des histones ça permet de voir quelles séquences, quels gènes sont régulés par les histones par ces modifications épigéniques. (le seul problème avec les histones c'est que les séquences isolées sont beaucoup plus grandes.)

sinon il existe d'autres méthodes pour l'étude de l'épigénome (MeDIP, 3C...)

[invite86e3eb3c]

Merci beaucoup pour la réponse.

J'ai cependant encore une petite question: je pensais que des anticorps devaient intervenir dans le processus.

[Aqualung]

Ha oui en effet! en fait les anticorps interviennent dans cette technique pour récupérer le DNA sur lequel sont fixées les protéines. On ligue des anticorps spécifiques de ces protéines (ici spécifique des histones modifiées sur leur queue aminoterminale) les anticorps sont eux même liés à des molécules de Sépharose, ce qui permet de récupérer le tout par centrifugation/précipitation.

[A voir en vidéo sur Futura]