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ADNr 16S ou ARNr 16S ?



  1. #1
    Bimini

    Question ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Bonjour à tous,

    Je fais des petites recherches sur les bactéries et si j'ai bien compris, l'ARNr 16S serait une sorte de carte d'identité des différentes espèces...

    Or sur certains documents internet, je peux lire ADNr 16S et ARNr 16S et je n'arrive pas à faire la distinction. Quelqu'un peut-il m'aider ?

    D'autre part, je lis aussi que la région intergénique 16S-23S permet, par comparaison, de distinguer deux souches différentes ?
    Le problème, c'est que j'ai déjà du mal à visualiser ce que peut être l'ARNr 16S, alors vous comprendrez que la région intergénique ne me parlera pas plus.
    S'il existe un petit schéma qui me permettrait de comprendre et de voir ce que tout ça veux dire et à quoi ça ressemble, je ne serais pas contre un petit JPEG ou un lien internet.

    Merci d'avance pour votre aide,

    Michaël.

    -----


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  3. #2
    jmbowie

    Re : ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Citation Envoyé par Bimini Voir le message
    Bonjour à tous,

    Je fais des petites recherches sur les bactéries et si j'ai bien compris, l'ARNr 16S serait une sorte de carte d'identité des différentes espèces...

    Or sur certains documents internet, je peux lire ADNr 16S et ARNr 16S et je n'arrive pas à faire la distinction. Quelqu'un peut-il m'aider ?

    D'autre part, je lis aussi que la région intergénique 16S-23S permet, par comparaison, de distinguer deux souches différentes ?
    Le problème, c'est que j'ai déjà du mal à visualiser ce que peut être l'ARNr 16S, alors vous comprendrez que la région intergénique ne me parlera pas plus.
    S'il existe un petit schéma qui me permettrait de comprendre et de voir ce que tout ça veux dire et à quoi ça ressemble, je ne serais pas contre un petit JPEG ou un lien internet.

    Merci d'avance pour votre aide,

    Michaël.
    1°/ Tous les ARN sont des copies de fragments d'ADN. On appelle ADNr les ADN qui codent (<=> déterminent la séquence nucléotidique) des ARN ribosomiques (ARNr) tel que l'ARN 16S: c'est l'ADN qui détermine la séquence mais c'est l'ARN 16S qui porte la fonction: les gènes des ARN 16S sont utilisés pour distinguer les espèces bactériennes Les gens du métiers parlent souvent de "PCR 16S" pour parler de la technique.

    2°/ La région intergénique est la séquence ADN qui est située entre la séquence qui détermine la séquence de l'ARN16S et celle qui détermine la séquence de l'ARN 23S.
    Blast up your life!

  4. #3
    Bimini

    Re : ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Salut à tous,

    Merci jmbowie pour tes réponses. Elles m'amènent à d'autres questions :

    Donc l'ADNr 16S code l'ARNr 16S et ce dernier permet de distinguer une espèce de bactérie de l'autre. Mais suite à un séquençage d'ADN, est-ce qu'il est possible de distinguer une espèce de bactérie en lisant l'ADNr 16S (comme j'ai cru le comprendre) ou faut-il absolument que l'ADN code l'ARN avant que cette distinction soit possible ? Et s'il faut que l'ARN soit codé, quelle est la procédure à suivre en laboratoire (ajout d'enzymes, etc...) ?

    J'ai bien compris la définition de la région intergénique. Mais juste une question qui me trotte dans la tête :
    Qu'est-ce qui détermine une séquence ADN ?
    - Sa taille en fonction du nombre de nucléotides et dans ce cas combien de nucléotides.
    - Le type d'ARN que la séquence doit coder.
    - autre chose.

    Désolé pour ces questions qui peuvent paraître stupides ou mal formulées, je ne suis pas scientifique, c'est pour les besoins d'un roman.

    Citation Envoyé par jmbowie
    Les gens du métiers parlent souvent de "PCR 16S" pour parler de la technique.
    Merci pour l'info. C'est le genre de détail qui rendent des personnages plus crédibles.

    A bientôt,

    Michaël

  5. #4
    Bimini

    Re : ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Bonsoir à tous,


    Je voudrais éviter d'écrire n'importe quoi et j'ai du mal à filtrer ce genre de renseignement sur Google.

    Merci d'avance à ceux qui peuvent me donner un début de piste, voire les réponses entières.

    Michaël.

  6. #5
    MaliciaR

    Re : ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Salut,

    Rapidos parce qu'il est déjà tard et mon lit me lance des appels irrésistibles

    Citation Envoyé par Bimini Voir le message
    Donc l'ADNr 16S code l'ARNr 16S et ce dernier permet de distinguer une espèce de bactérie de l'autre. Mais suite à un séquençage d'ADN, est-ce qu'il est possible de distinguer une espèce de bactérie en lisant l'ADNr 16S (comme j'ai cru le comprendre) ou faut-il absolument que l'ADN code l'ARN avant que cette distinction soit possible ? Et s'il faut que l'ARN soit codé, quelle est la procédure à suivre en laboratoire (ajout d'enzymes, etc...) ?
    Voici ce que jmbowie t'a dit plus haut :
    les gènes des ARN 16S sont utilisés pour distinguer les espèces bactériennes
    Si on parle de gènes, à quoi bon s'embêter de transformer ces gènes en ARN?
    Sinon, voilà une base de données dédiée : http://rdp.cme.msu.edu/ (RDP pour Ribosomal Database Project).
    Enfin, pour transformer de l'ARN en ADN, on utilise une technique appelée RT-PCR (pour Reverse Transcription, à ne pas confondre avec Real Time qui est différente).


    Citation Envoyé par Bimini Voir le message
    J'ai bien compris la définition de la région intergénique. Mais juste une question qui me trotte dans la tête :
    Qu'est-ce qui détermine une séquence ADN ?
    - Sa taille en fonction du nombre de nucléotides et dans ce cas combien de nucléotides.
    - Le type d'ARN que la séquence doit coder.
    - autre chose.
    C'est ptet dû à l'heure, mais je ne comprends pas trop là Tu veux bien détailler?

    Bonne nuit!
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Bimini

    Re : ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Bonjour à tous,

    Merci MaliciaR pour ta réponse.

    En fait, si j'ai bien compris, une scéquence d'ADN est une succession de nucléotides.
    Mais ce que je ne saisis pas, c'est la taille de cette scéquence.
    Est-ce qu'elle est due à un nombre déterminé de nucléotides, par exemple 20, 100 1000 ou autre ?
    Ou alors est-ce que la longueure d'une séquence est liée à ce qu'il faut pour coder l'ARN ?
    Je suis désolé de poser des questions qui peuvent paraîtres stupides ou mal formulées mais des fois, je bloque sur des petites choses avant de comprendre les grandes.

    A bientôt,

    Michaël.

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  10. #7
    integrity_13

    Re : ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Hello,

    chaque gène a un nombre de nucléotides spécifique, dépendant ce qu'il doit coder. L'ADN est le code et l'ARN est fabriqué à partir de cet ADN par complémentarité grâce à l'enzyme ARN polymérase: si tu as dans l'ADN la séquence ATCGGGT tu auras dans l'ARN UAGCCCA. Dans le cas de l'ARNr 16S, celui-ci est codé par un gène dans l'ADN et transcrit par l'ARN polymérase en ARN. Cela aboutit à la formation d'un ARNr 16S d'environ 1500 nucléotides.

    Quand tu demandes ce qui détermine la taille d'une séquence je ne vois pas trop ta question. Mais la taille de la séquence d'ADN dépend de ce qu'elle doit coder. Par exemple si un gène doit coder pour une protéine de 100 acides aminés, ce gène fera 300 nucléotides (3 nucléotides formant un codon qui code un acide aminé). Mais bon cet exemple est très simplifié..


    Les ARN ribosomiques sont importants pour la traduction des ARN messagers (ARNm) en protéines, en effet il intéragissent avec les ribosomes (le complexe protéique permettant la traduction). Vu que la traduction est essentielle à tous les organismes vivants, tous les organismes vivants (bactéries, animaux, plantes, champignons, ..) possèdent des ARNr. On va ensuite comparer les séquences de ces ARNr dans les différentes espèces, et en simplifié, plus ils se ressemblent d'une espèce à l'autre, plus les espèces sont proche d'un point de vue évolutif. Et donc plus ces séquences divergent, plus les espèces considérées sont loin évolutivement. En gros plus deux espèces sont séparées depuis longtemps, plus des modifications (changements de nucléotides) dans ces gènes se seront produites.

    Voila je sais pas si ça va t'aider.

    A+

  11. #8
    Bimini

    Re : ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Re-bonjour,

    Merci integrity_13, tu as effectivement répondu à ma question (même si elle n'était pas encore assez claire ).

    Comme je ne vais pas écrire un documment scientifique (même vulgarisé) je n'aurai pas besoin de rentrer dans le détail, mais du coup ta réponse m'a interpelé...

    J'avais compris que plus les séquences d'ARNr diffèrent plus les espèces sont éloignées les unes des autres. Mais si ces séquences en viennent à se différencier autant, comment sait-on qu'il s'agit d'ARNr et pas d'un autre ARN ?
    Je m'explique... Quand tu dis :
    Citation Envoyé par integrity_13
    Cela aboutit à la formation d'un ARNr 16S d'environ 1500 nucléotides.
    Dois-je en conclure que les ARNr 16S ont tous environ 1500 nucléotides, que les ARNr 25S ont un nombre de nucléotides bien différent, que les ARNm ont encore un nombre de nucléotides encore différent, et ainsi de suite pour tous les types d'ARN ?
    Autrement dit, si je me trouve devant une scéquence de 1500 nucléotides, est-ce que je peux affirmer de manière certaine qu'il s'agisse d'un ARNr 16S simplement à "la vue" de sa taille ?

    A plus,

    Michaël

  12. #9
    integrity_13

    Re : ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Hello,

    je ne connais pas les différences de tailles des ARNr 16S de différentes espèces. Ce qui est important pour les reconnaître est leur séquence de nucléotides et non leur taille. Même si ils diffèrent les uns des autres entre espèce, leurs séquences restent quand-même semblables. Leurs séquences sont plus semblables entres eux malgré ces différences si tu les compare à d'autres ARN.

    Sinon pour ta dernière question si un ARN fait 1500 nt ça ne va pas te dire grand chose. C'est la séquence qui est importante. Il y a des ARNm de toutes les tailles (incluant 1500).

    A+

  13. #10
    Bimini

    Re : ADNr 16S ou ARNr 16S ?

    Salut,

    Merci beaucoup jmbowie, MaliciaR et integrity_13 pour votre aide et vos réponses.
    Je pense avoir cerné la question (à mon humble niveau, j'entend).

    A bientôt peut-être sur d'autres discussions...

    Michaël.

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