[Biochimie] Problème de transformation
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Problème de transformation



  1. #1
    invite6674eac4

    Problème de transformation


    ------

    voila apres ligation de mon insert:

    buffer10X 2µl
    vecteur: 1µl
    insert:1µl
    ligase T4 (roche):1µl
    overnight 4°

    je transforme
    sous c condition

    cellule d'E.Coli (+CaCl2) à -80° decongeler dans la glace (45MIN)
    j'ajoute mon plamide (10µl 1ng)
    jattend 30min dans la glace
    90s a 42°
    30min dans la glace
    et une heure dans avec le milieu de culture

    j'obtien en deux jour a température ambiante de très petite colonie transparente et j'ai remis une nuit à 37°

    et ca ne pousse pas

    je vous sollice donc car je ne comprend pas à je ne pense pas que ce sois des contaminant ( milieu slectif a la kana)

    merci

    -----

  2. #2
    invite772cf17c

    Re : pb de transformation

    déjà, des colonies transparentes... ca ne doit pas être du E. coli, en effet !

    pour ton protocole de ligation, tu as un buffer 10x, mais au final il n'est dilué que 5 fois ! est-ce que tu es bien sûr d'avoir mis les volumes que tu nous indiques ? est-ce que tu as complété avec de l'eau ?

    Moi perso, j'ai jamais ligué à 4° overnight, je le fais plutôt à 37° (plus ou moins, selon l'enzyme), mais ca dépend du protocole fourni par roche.

    Tu as fait une vérif de concentration (spectro UV) après ligation ? et une vérif de ligation en faisant migrer ton produit de ligation sur agarose ? on peut peut-etre envisager (selon ce la précision que tu désires) une PCR sur produit de ligation avec des amoces de ton gène d'intérêt ou du gène kanR.

    Enfin, quel est le volume de culture dans lequel tu as fait pousser tes bactéries après la transformation ? est-ce qu'il y avait déjà de la kanamycine dedans ? et quel volume as-tu utilisé pour étaler sur ta boite ?

    Pour savoir ce que c'est qui pousse... des colonies transparentes, aucune idée ! mais ca peut être des contaminant ! certaines bactéries peuvent développer rapidement une résistance à la kanamycine, surtout dans un labo ou cet antibio est utilisé couramment. D'où l'intéret de toujours vérifier que les colonies que tu isoles sont résistantes en raison de la présence du plasmide, et non d'une mutation spontanée. Ceci dit, si tes bactéries 'transparentes' ne poussent pas quand tu les repiques, ca veut dire que c'est des faux positifs.

    bon courage !

    Josquin

  3. #3
    invite6674eac4

    Re : pb de transformation

    merci de pour t suggestion

    pour la ligation ya je pense qui il a un pb a la base mon enzyme et mon buffer ne vienne pas de lameme boite donc faut que je check ca

    en suite pour la transfo i let possible que toute mes cellule soit morte pendant le choc thermique en effet peu etre devrai je attendre 45s au lieu de 90s

    je depose 100ml de transformation sur ma boite contenan la kana dans le gel

    Je n'est pas repique mes colonie je l'avaus laisse le week end a t° ambiente (20°) il y avait donc c petite colonie hier puis j'ai mi la boite à 37° me disant que ca aller pousser plus vite et ba non ca na pas bouge alor meme si ce son des contaminant il aurai du pousser eu aussi

    ma manip etai sou hote avec bec electrique alors niveau stéril ca devrai aller

    javou je bloque car javai ce qui faut sur mon gel de control apres ligation

  4. #4
    invite772cf17c

    Re : pb de transformation

    Citation Envoyé par azufell Voir le message
    pour la ligation ya je pense qui il a un pb a la base mon enzyme et mon buffer ne vienne pas de lameme boite donc faut que je check ca
    Citation Envoyé par azufell Voir le message
    javou je bloque car javai ce qui faut sur mon gel de control apres ligation
    ouais, ca peut etre utile. Regarde surtout la composition du buffer à utiliser. même si ca n'est pas la même marque, ca devrait marcher quand même. Mais a priori, ta ligation a marché, donc ca sert pas à grand chose de t'embêter avec le buffer.

    Citation Envoyé par azufell Voir le message
    en suite pour la transfo i let possible que toute mes cellule soit morte pendant le choc thermique en effet peu etre devrai je attendre 45s au lieu de 90s
    Je ne pense franchement pas que ca ait la moindre influence. le choc thermique est important ! si tu diminues la vitesse, tes bactéries n'auront même pas le temps d'être transformées !! et 42°C, pour E. coli, ca n'est pas optimal, mais c'est pas non plus comme si tu les laissais une heure à 60°C, ca ne va certainement pas les tuer !
    Citation Envoyé par azufell Voir le message
    je depose 100ml de transformation sur ma boite contenan la kana dans le gel
    ok... tu es sûr que c'est pas plutôt 100µL ??
    Citation Envoyé par azufell Voir le message
    Je n'est pas repique mes colonie je l'avaus laisse le week end a t° ambiente (20°) il y avait donc c petite colonie hier puis j'ai mi la boite à 37° me disant que ca aller pousser plus vite et ba non ca na pas bouge alor meme si ce son des contaminant il aurai du pousser eu aussi
    ok, on est d'accord. de facon générale, il vaut mieux toujours faire les cultures d'E. coli à 37°C, sinon ca pousse quand même pas très bien. d'ailleurs, après transfo, tu as fait pousser tes bactéries 1h (ca me parrait très peu, mais bon...) A quelle température ?
    Citation Envoyé par azufell Voir le message
    ma manip etai sou hote avec bec electrique alors niveau stéril ca devrai aller
    je sais pas ce qu'est un bec électrique ! wow, ben t'as pas peur de contaminer tes hotes !

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