Outils informatiques

[invitec67a8077]

bonjour je veux savoir les outils informatiques d'allignements de séquence d'ADN, merci
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[MaliciaR]

Salut,

Beh tu tapes "alignement séquences ADN" dans Google et tu seras servi(e) Et pas seulement en outils, mais aussi en infos comment faire. Parce que vu tes questions, tu en as bien besoin

[invite9e1fd470]

Escuse moi MaliciaR mais c'est pas toi qui aurait besoin de cours de bioinfo...

Appatch, le meilleurs logiciel de bioinfo pour aligner des séquences d'ADN, d'ARN ou protéique c'est Blast sur NCBI. C'est américain, très simple d'utilisation, est SUPER utile.

[MaliciaR]

Escuse moi MaliciaR mais c'est pas toi qui aurait besoin de cours de bioinfo...

Pardon?

Appatch, le meilleurs logiciel de bioinfo pour aligner des séquences d'ADN, d'ARN ou protéique c'est Blast sur NCBI. C'est américain, très simple d'utilisation, est SUPER utile.

Bien sur La recherche de similarite et l'alignement de sequences, c'est la meme chose, tout le monde le sait Et c'est vrai qu'utiliser BLAST c'est tres simple, c'est pour ca que plein de gens font du n'importe quoi avec.
ClustalX ou W, Dialign, ca te parle? Alignement de deux sequences ou multiple, ca te parle aussi?

Avant d'etre desobligeant, renseigne-toi mieux.

Cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[piwi]

Je remercie John de bien vouloir cesser ses attaques dont on ne comprend d'ailleurs pas la motivation.
De plus cette phrase:

Appatch, le meilleurs logiciel de bioinfo pour aligner des séquences d'ADN, d'ARN ou protéique c'est Blast sur NCBI

ne veut strictement rien dire... Aussi bien dans sa construction grammaticale pure que dans la mise en relation des mots. Alors avant de s'énerver il vaut peut être mieux soigner son expression.

Pour la modération,
piwi

[invite9e1fd470]

Multalign sa me parle oui. Avec la création d'un arbre phylogénétique aussi.

Piwi, je ne vois pas le problème avec ma phrase. Je ne sais pas si cela vient de moi ou de toi, en toute sincérité

[piwi]

Je viens de voir que Appatch était en référence au pseudo du demandeur. Du coup je comprends mieux la phrase effectivement.
Reste que ce n'est certainement pas avec BLAST du NCBI qu'il va pouvoir aligner des séquences. Il va pouvoir trouver des séquences similaires qu'il pourra multi aligner ensuite dans un programme tel que CLUSTAL (X ou W).
J'imagine cependant que l'on peut réaliser des alignements locaux avec BLAST et plusieurs séquences en lui donnant une banque uniquement constituée de nos cibles (j'y ajouterai quand même quelques protéines non relevantes histoire de voir la pertinance des résultats). A faire à la main (tout en joyeuses lignes de code) et le résultat ne doit pas être ni très pertinant, ni très informatif.

[invite9e1fd470]

Voici "Blast2sequence", un logiciel bioinfo de NCBI permettant l'alignement pas uniquement local de deux séquences (nucléiques ou protéines).

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast...._LOC=align2seq

[MaliciaR]

Bl2seq est un logiciel d'alignement deux a deux, oui. Pas BLAST, comme tu disais dans ton premier post. Cela dit, je ne suis toujours pas d'accord avec le fait que ce soit tres facile d'utilisation.

Sinon, pour faire une pitite DB locale interrogeable par BLAST, on se sert de l'utilitaire formatdb. Mais bon, ce n'est pas avec BLAST qu'on fait des alignements (locaux ou globaux). Il y a water pour les locaux, par exemple. Le site de Pasteur, bioweb2.pasteur.fr, propose plein d'outils tres bien, pour ceux qui aiment faire ca via le web et pas en local comme moi

Sinon, Multalign c'est cool, mais je ne vois pas ce que ca a que Clustal n'a pas. Et puis, franchement, pour faire des arbres correctement, faut prendre un outil pour les arbres... Et ne pas confondre quand meme arbre-guide dans les alignements multiples avec arbre phylogenetique (si, si, des gens le font ).

[piwi]

Le problème de la bioinfo c'est que ça semble facile comme ça. Mais il faut bien avoir conscience que les interfaces graphiques "simples" à utiliséer sont déjà préconfigurées ou parfois peu configurables. Il faut donc bien garder à l'esprit que le résultat que l'on obtient est fonction de ces paramètres et donc bien cerner les limites. Ce n'est pas forcément parce que BLAST du NCBI ne trouve aucun alignement qu'il n'y a rien à trouver. C'est peut être parce que les paramètres par défaut ne lui permettent pas de trouver quoi que ce soit. Dés lors il faut bricoler... Ca se complique.
Il en va de même pour tous les programmes. Certains sont très peu paramètrables. J'ai un résultat, je fais confiance ou pas? Y a quoi sous le capot? Bricole, bricole...
Il n'est donc pas suffisant de connaitre l'existance de pleins de programmes. Il faut comprendre ce qu'ils peuvent réellement rendre pour en tirer parti. Je ne trouve pas ça simple dés lors que l'on commence à se poser des questions. Le pire c'est qu'une fois que l'on est à ce qui nous semble limite, alors là, il faut mettre les mains dedans. Ce n'est plus simple du tout. J'ai l'impression qu'une tendance forte actuellement est justement de recruter des bioinformaticiens pour optimiser l'exploitation des programmes existants et aussi pour en creer de nouveau. Il y a encore peu, chacun bricolait dans son coin à qui mieux mieux. Aujourd'hui ça risque d'être de moins en moins accepté ou intéressant pour sortir de nouveaux résultats.

Cordialement,
piwi

[invite552753b4]

je suis d'accord avec piwi, c pas évident de se faire la bioinformatique surout maintenant avec tte cette multiplicité de sites spécialisés avec différentes fonctions...Il faut savoir faire pr bien pouvoir fre sa recherche correctement...