Bonjour,
je recherche un site qui offre une banque de données qui permet de rechercher les proteines qui se lient à l'ADN, que ça soient des facteurs de transcription (FT) ou autres... Il y a "Consite" mais il offre que des FT, je recherche autre chose du meme style...
J'espère que je suis claire..
merci d'avance
bonjour,
Ya ce site qui est bien fait mais sur c'est sur E.Coli et tu auras juste les sites de liaison des TF et des ribosomes..
http://regulondb.ccg.unam.mx/
A+
c plutot Homo sapiens qui m'intéresse... mais je regarderai.
merci bcp!
Les promoteurs étant des régions de l'ADN fortement modulées par des facteurs trans, cette banque de données te fournira déjà pas mal d'informations sur ce que tu recherche : Promoter database. Cette banque de données est vaste. En plus si tu veux fouiller un promoteur, tu peux aller chercher des régions à -10000 ou plus, c'est énorme.
Greg
en fait, j'ai une séquence d'ADN et je voudrais savoir le ou les éventuels facteurs qui peuvent se fixer dessus pour une régulation de la transcription..
cette base de données a l'air intéressante mais j'ai du mal à trouver ce que je recherche.. pt etre aussi parce que je suis pas super douée en informatique..
merci qd meme!
bonsoir,
Oui ton truc est un classique de bioinfo. Une des méthodes très utilisées est d'appliquer sur une séquence donnée des "matrices de poids" (qui en gros contiennent les probabilités pour chaque position d'avoir telle ou telle base pour qu'un facteur de transcription particulier se lie) . Tu trouveras des matrices sur RegulonDB et tu peux ensuite aller sur le site de RSAT
http://rsat.ulb.ac.be/rsat/. Tu rentres la matrice du facteur que tu veux essayer, tu donnes ta séquence et le programme va te donner un score qui te dira s'il y a des sites potentiels ou pas...
tu trouveras plus de détails sur le site RSAT.
Bon courage
à +
Bonjour,
Effectivement ce site repertorie des bases de données intéressantes.. Grand MERCI!! mais j'ai un problème pour trouver les matrices, Regulon DB est bien mais concerne E.coli donc procaryotes. ma recherche se fait chez l'homme ou plutôt vertébrés/mamifères. Comment puis-je trouver des matrices pour pouvoir exploiter ce genre de base de données? Je m'excuse car j suis pas fortich en bioinformatique...
a+
