Bonjour, je dois effectuer une analyse d'une sequence par bioinformatique. j'ai fai la recherche de sequence homoloque avec un BLASTp et je doi mintenant faire une a analyse phylogénétique.
Pour cela je doi définir un groupe extèrieur et un groupe détude et je ne compren pa coment faire cela.
En faite, on a pa eu de cour acose des grève alor je compren pa gran chose!
Merci de me répondre o plus vite c très urgent.
Bonjour,
En fait si mes souvenirs sont bons, tu as identifié une séquence au sein d'un organisme particulier. Cette organisme à priori fait partie d'un groupe, par exemple le chien chez les mammifères. Ce groupe en question sera ton groupe d'étude, et tu compareras ta séquence à celle de ce groupe pour la situer par rapport aux autres membres du groupe.
En revanche, tu as besoin d'avoir en quelque sorte une référence, quelque chose qui te permette de faire ton arbre phylogénétique et si je ne me trompe pas, de l'enraciner.
Ainsi, tu choisis un groupe extérieur, genre les oiseaux par rapport aux mammifères.
Bonne chance
Merci de ta réponse mais en faite ma séquence est inconnu.
Donc après avoir trouvé des séquences homologues par BLASTp, jai la liste des séquence homologue avec leur espèce: ce sont tous des bactéries. Alors est ske je peu prendre comme groupe extèrieur le eucaryotes? Et si oui commen je choisi kel sequence je pren pour pour faire mé groupe? parsk aparamen je doi pa choisir o hasard dans les procaryotes pour le groupe d'étude et dans les eucaryote pour le groupe extèrieur.
Salut,
Pourrais-tu éviter d'écrire en sms? On a tous peu de temps devant nous, mais on fait des efforts pour écrire correctement
Donc, quelle est ta séquence? (Càd, que dit le BLAST?) Quelles sont les bactéries chez qui tu retrouves les % d'identités les plus élevés?
Si tu ne donnes pas plus d'infos, on ne pourra pas t'aider...
Salut et désolé pour l'écriture.
Ma séquence est une séquenced'ADN inconnu issu d'un milieu marin, c'est tous ce que je sais au dépard. j'ai fait un BLASTp qui m'a permit de trouvé les séquences homologues. Les séquences pour lesquelles j'ai le plus d'identités sont des proteobactéries,enterobactérie s et firmicutes.
