Répondre à la discussion
Affichage des résultats 1 à 5 sur 5

Annotation d'une sequence par bioinformatique



  1. #1
    marocina

    Annotation d'une sequence par bioinformatique

    Bonjour, je dois effectuer une analyse d'une sequence par bioinformatique. j'ai fai la recherche de sequence homoloque avec un BLASTp et je doi mintenant faire une a analyse phylogénétique.
    Pour cela je doi définir un groupe extèrieur et un groupe détude et je ne compren pa coment faire cela.
    En faite, on a pa eu de cour acose des grève alor je compren pa gran chose!
    Merci de me répondre o plus vite c très urgent.

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    t0yt0y

    Re : Annotation d'une sequence par bioinformatique

    Bonjour,

    En fait si mes souvenirs sont bons, tu as identifié une séquence au sein d'un organisme particulier. Cette organisme à priori fait partie d'un groupe, par exemple le chien chez les mammifères. Ce groupe en question sera ton groupe d'étude, et tu compareras ta séquence à celle de ce groupe pour la situer par rapport aux autres membres du groupe.
    En revanche, tu as besoin d'avoir en quelque sorte une référence, quelque chose qui te permette de faire ton arbre phylogénétique et si je ne me trompe pas, de l'enraciner.
    Ainsi, tu choisis un groupe extérieur, genre les oiseaux par rapport aux mammifères.

    Bonne chance
    Allo, Stérique ?! Oui ... Ici Nétique !!!!

  4. #3
    marocina

    Re : Annotation d'une sequence par bioinformatique

    Merci de ta réponse mais en faite ma séquence est inconnu.
    Donc après avoir trouvé des séquences homologues par BLASTp, jai la liste des séquence homologue avec leur espèce: ce sont tous des bactéries. Alors est ske je peu prendre comme groupe extèrieur le eucaryotes? Et si oui commen je choisi kel sequence je pren pour pour faire mé groupe? parsk aparamen je doi pa choisir o hasard dans les procaryotes pour le groupe d'étude et dans les eucaryote pour le groupe extèrieur.

  5. #4
    MaliciaR

    Re : Annotation d'une sequence par bioinformatique

    Salut,

    Pourrais-tu éviter d'écrire en sms? On a tous peu de temps devant nous, mais on fait des efforts pour écrire correctement

    Donc, quelle est ta séquence? (Càd, que dit le BLAST?) Quelles sont les bactéries chez qui tu retrouves les % d'identités les plus élevés?

    Si tu ne donnes pas plus d'infos, on ne pourra pas t'aider...
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  6. #5
    marocina

    Re : Annotation d'une sequence par bioinformatique

    Salut et désolé pour l'écriture.
    Ma séquence est une séquenced'ADN inconnu issu d'un milieu marin, c'est tous ce que je sais au dépard. j'ai fait un BLASTp qui m'a permit de trouvé les séquences homologues. Les séquences pour lesquelles j'ai le plus d'identités sont des proteobactéries,enterobactérie s et firmicutes.

  7. A voir en vidéo sur Futura

Sur le même thème :

Discussions similaires

  1. Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN
    Par Barbanath dans le forum Biologie
    Réponses: 10
    Dernier message: 17/10/2010, 20h57
  2. [Licence (L1-L2-L3)] Séquence d'une hydrolase acide
    Par tynolol dans le forum Exercices en biologie
    Réponses: 2
    Dernier message: 09/01/2009, 01h14
  3. structure 3D à partir d'une séquence
    Par arthurette dans le forum Biologie
    Réponses: 1
    Dernier message: 05/03/2007, 22h21
  4. Vidéo par séquence d'images
    Par Lévesque dans le forum Logiciel - Software - Open Source
    Réponses: 9
    Dernier message: 12/10/2006, 07h37
  5. Annotation des folicules!HELP
    Par ninam dans le forum Biologie
    Réponses: 2
    Dernier message: 08/06/2004, 22h39