Séquençage problématique

[invite6cf32659]

Bonjour

Je fais actuellement du séquençage d'ADN mitochondrial (organisme Microtus agrestis), plus précisément d'une partie du cytochrome b.

Je fais mes PCR sans problèmes, amplification de la bonne zone, quantité d'ADN (quantifié au nanodrop correct), mais les résultats me posent quelques problèmes. J'obtiens bel et bien ma séquence d'intérêt. MAIS

J'ai des doubles pics, mais pas des vilains doubles pics de pollutions Ce sont des doubles pics qui se retrouvent toujours aux mêmes sites, pour chaque séquence, mais pas pour toutes les séquences. Ex : séquence de l'individus 12 aura un double pic au site 120, en le séquençant plusieurs fois j'ai TOUJOURS un double pic au site 120. mais l'individus 14 aurait un double pic au site 150 et toujours au 150.

Bref ma question est la suivante, qui aurait une idée de : où peut venir le problème ? Le séquenceur ?

Merci bien
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[inviteec077029]

ce sont simplement des polymorphismes hétérozygotes. Souvent les polymorphisme connus affectant ou non affectant sont répertoriés dans les banques SNP.
Si aprés vérification tu ne trouves pas le polymorphisme et en plus il affecte l'acide aminée correspondant et bien on pourrait commencer à penser à une mutation génétique (mais peu probable dans ton cas puisque à la base tu ne recherche pas de mut)

[invite6cf32659]

Merci mais non pas du tout

C'était la Taq polymérase qui était problématique