Bonjour!
J'ai besoin d'annoter une structure 3D en faisant resortir uniquement certains acides aminés. Quels sont les software permettant ce genre d'annotations (ma structure est au format NCBI chemical data et je l'ouvre avec Cn3D, je n'en sais pas plus).
Merci d'avance!
V.
Primum non nocere.
Salut,
Si tu peux obtenir ta structure via la PDB, au format .pdb, tu peux l'ouvrir avec le logiciel ViewerLite que tu trouveras facilement avec google en accès libre. Grâce à ce logiciel tu peux sélectionner les acides aminés voulus qui apparaissent alors en jaune. Après pour ce qui est annotation/exploitation de la structure, je ne vois pas trop ce que tu peux faire...
Greg
Bonjour
Moi j'utilise Pymol !!! Il est gratuit pour les universitaires je crois !!!
Fabien
Merci beaucoup à vous deux : j'ai ma séquence en .pdb et je l'ai ouverte avec pymol. Mais je ne parviens pas à visualiser uniquement certains AA et à mettre le nom et le numéro à coté.
Fabien peut-être sais-tu comment faire ça sous pymol? Je voudrais pointer toutes les lysines de ma protéine. J'ai essayé la fonction built mais cela n'a pas été très probant...
Merci encore!
V.
Primum non nocere.
Salut,
Pdt ma thèse, j'avais utilisé DS Visualizer d'Accelrys qui est gratuit.
La prise en main est relativement simple et il permet de faire pas mal de choses:
selection des aa en fonctions de leur caractere polaire, apolaire, acide..., la mesures de distances interatomiques, l'annotation des aa (nom+numero) (mais pas de texte libre... il y a ppt pour çà !), créations de surfaces, choix de la couleur de chaque aa, voire de chaque atome...)
Avec ViewerLite, je viens de découvrir comment annoter un acide aminé c'est super simple, l'annotation n'est pas très élégante mais bien visible par contre. Chacun prêche pour son petit logiciel de visualisation 3D.
Greg
PS : ViewerLite provient aussi de chez Accelrys. J'ai aussi vu qu'on pouvait sélectionner les acides aminés selon leur propriétés physico-chimiques. En sélectionnant les acides aminés hydrophiles cela peut faciliter la tache pour la sélection des lysines. Il y a sans doute une fonction pour sélectionner l'acide aminé que l'on veut sur la protéine entière mais j'ai pas cherché.
Dernière modification par LXR ; 08/07/2009 à 20h09.
Sur DS Visualizer : afficher la "data table", puis dans l'onglet "aminoacid" les classer par nom
Bonjour
Alors pour Pymol :
Tu vas dans "display" puis "sequence" et tu verras la séquence de ta protéine va s'afficher. De la tu cliques sur tes "K" en maintenant la touche "ctrl" appuyée (idem que windows".
Sur ta droite un onglet "sele" viendra de s'afficher avec differentes fonctions "A" actions "S" show "H" hide "L" label (ex label résidus pour afficher le nom et le numéro des résidus selectionner et "C" pour color.
Voila si tu as d'autres soucis dis le moi
bon courage
Salut!
Oui en fait j'y ai passé une bonne partie de la journée d'hier mais j'ai trouvé comment faire même si il me reste un détail à régler (les lysines sont représentées par 3 sphères chacune et non pas une seule et par conséquent le nom et le numéro sont aussi indiqué 3 fois ce qui esthétiquement est assez vilain). Et aussi, sais-tu comment déplacer les "labels" (nom du résidu etc...) à l'extérieur de la structure parce qu'ils sont noyés dans la protéine et on ne les voit pas bien...Envoyé par Fabien31
Merci à tous!
V.
Primum non nocere.
