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qRT-PCR pour validation microarray



  1. #1
    release

    qRT-PCR pour validation microarray


    ------

    Bonjour

    Je vais realiser des q RT-PCR pour valider des resultats microarray Affymetrix.

    Voici ma procedure habituelle :
    Le fichier affymetrix me donne differentes informations comme le Probet Set ID, Gene Symbol, Gene Title, Gene ID,... Public ID,...

    En general j'utilise le Gene ID sur NCBI pour me diriger vers le bon gene et ensuite du Public ID dans les genomics region pour trouver le bon variant et ensuite la sequence FASTA.

    Ici j'ai un soucis avec un géne :
    Le Gene ID pointe bien vers le Gene Title donné dans le fichier Affymetrix. par contre je ne retrouve pas le Public ID dans les genomics region.
    Si je fais une recherche NCBI sur ce Public ID je tombe sur le bon UniGene ID et sur un EST.

    Pouvez-vous m'expliquer ce type de gene?
    Que dois-je faire pour mes primers? la sequence du gene ou du EST?

    Merci

    -----

  2. #2
    MaliciaR

    Re : q RT-PCR pour validation microarray

    Salut et bienvenu,

    EST = Expressed Sequence Tags. Un peu plus d'infos ici : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/est.html

    En ce qui concerne les UniGene ID :
    Each UniGene entry is a set of transcript sequences that appear to come from the same transcription locus (gene or expressed pseudogene), together with information on protein similarities, gene expression, cDNA clone reagents, and genomic location.
    Info toujours sur le site du NCBI

    En ce qui concerne tes primers, ca depend de ce que tu chercheras a amplifier.

    Hope that helps.
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  3. #3
    release

    Re : q RT-PCR pour validation microarray

    Merci pour la reponse

    Je ne sais pas si j'ai ete bien clair dans ma question...

    Je pensais qu' un EST c'etait un EST...je ne vois pas pourquoi il est ici integre à un gene...

    Ce que je veux faire c'est confirmer mes microarrays...

  4. #4
    MaliciaR

    Re : q RT-PCR pour validation microarray

    Citation Envoyé par release Voir le message
    Je pensais qu' un EST c'etait un EST...je ne vois pas pourquoi il est ici integre à un gene...
    Et en francais?
    Tu penses que les arrays sont faites comment? Je veux dire, il y a quoi a ton avis sur une array ou tu hybrides de l'ADN a tester?
    Ca sent en plus une exon array, alors...


    Citation Envoyé par release Voir le message
    Ce que je veux faire c'est confirmer mes microarrays...
    Je ne comprends pas. Tu veux confirmer quoi? Qu'il y ait de l'expression de telle facon ou de telle autre? Tu ne peux pas t'attendre a des reponses claires si tes questions ni ta technos ne le sont pas On ne sait ni d'ou provient ton ADN a tester ni quelle est la plateforme que tu utilises.
    An expert is one who knows more and more about less and less.

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