Phylogénie et méthodes probabilistes

[Dreiyan]

Salut à tous,

Je dois prochainement présenter un article sur des analyses phylogénétiques de gènes d'arthropodes, et je nage pas mal pour comprendre tout ce qui concerne l'analyse des donnée.

Par exemple, je ne comprends pas à quoi servent, ni comment fonctionnent les matrices. Quand et comment interviennent les concepts de "likelihood" (vraisemblance?) et inférence. Tout ça est très flou pour moi, ce qui fait que j'ai du mal à poser des questions précises.

En gros, si quelqu'un pouvait m'expliquer ce qui se passe entre le moment où on a nos séquences d'ADN et celui où on arrive à la conception de notre arbre phylogénétique, ce serait parfait.

Merci de votre aide.
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[Dreiyan]

Hum, je me doutais que ça n'allait pas attirer les foules, mais...

si quelqu'un a quelques pistes, un lien utile, ou même un article à me proposer, je suis preneur.

[black adder]

Salut, je peux te conseiller Darlu & Tassy 1993 "La Reconstruction phylogénétique. Concepts et Méthodes", plutôt basé sur la parcimonie au départ, mais ils ont rajouté les méthodes probabilistes.
http://lis.snv.jussieu.fr/sfs/publications_sfs.shtml
C'est gratuit et téléchargeable sans risque (voir la page elle-même), bon courage

[invitec5c3f3ce]

Salut,

Si mes souvenirs de terminale sont bons, c'est en comparant la séquence de nucléotides de gènes homologues chez différentes espèces, que l'on établit des liens de parenté (ou de phylogénie) entre ces espèces-là...

Toutes ces comparaisons, on les recueille dans une matrice des distances qui est un tableau à double entrée dans lequel figure le pourcentage de différences entre chaque espèces comparées 2 à 2. Ces différences peuvent être dans notre exemple le nombre de nucléotides qui diffèrent.

Ensuite, à partir de cette matrice, on construit un arbre phylogénétique basé sur les liens de parenté entre ces espèces, d'après un élément de comparaison (ici un gène). Pour le construire, le principe est simple: plus le pourcentage de différences entre 2 espèces est faible, plus ces espèces sont proches sur l'arbre. Plus il est important, plus elles sont éloignées.

J'espère que cette réponse te conviendra.

[A voir en vidéo sur Futura]

[black adder]

Resalut,
Je me permet de rectifier un peu le message précédent. En effet, ce que décrit Naturalblues est une des méthodes de reconstruction phylogénétique, la méthode phénétique, basée sur des distances. Dans ce cas précis, les relations sont soutenues par des % de différences (ou de ressemblance). Dans les méthodes probabilistes, les relations sont soutenues par des probabilités, et dans la méthode cladistique, les relations sont soutenues par des synapormorphies (ou caractères dérivés partagés).

[Dreiyan]

Merci de vos réponses,

black adder ton lien ne marche pas pour le moment, je retenterai plus tard.
J'ai en effet à faire dans mon article à des méthodes probabilistes qui me donnent du fil à retordre...

[LXR]

En effet Black Adder ton lien ne marche pas. C'est peut-être un lien de redirection comme on en trouve lors des téléchargements. Poste plutôt la page où l'on trouve l'article à télécharger et pas le lien de téléchargement lui-même.

LXR

[black adder]

salut,
le problème c'est que c'était censé être la page où on trouve l'article à télécharger. sinon, vous pouvez taper "darlu tassy" dans google, ça marche aussi.
j'arrive à y accéder comme ça, alors qu'en cliquant sur mon lien non... étrange

[LXR]

Pour moi ça ne marche pas lorsque je passe par Google... Le mieux serait de tomber en amont de cette page sur le site en question. Mais c'est pas dit que ça marche pour autant.

Greg

[black adder]

et en allant ici

http://sfs.snv.jussieu.fr/

puis dans publications, est-ce que ça marche ?

[LXR]

Oui ça marche. Tu aurais pu directement mettre ce lien là puisque c'est du PDF en accès libre : http://sfs.snv.jussieu.fr/pdf/Darlu_Tassy_online.pdf. Je pense que l'autre lien ne fonctionnait pas car c'était du .shtml et non pas du .html...Bon on y est arrivé à force!

Greg

[black adder]

D'accord, en fait, je pensais que ce n'étais pas conseillé de mettre directement le pdf (je ne sais même pas pourquoi). Donc c'est parfait alors !
Merci

[LXR]

Ici c'est une adresse URL renvoyant vers un PDF en accès libre. Ce sont les pièces jointes en PDF qui sont interdites lorsqu'elles sont postées sans mettre la source, donc non vérifiable, et absolument interdite lorsque l'article en question n'est pas en accès libre.

Greg

[Dreiyan]

Parfait, j'ai téléchargé l'article et le lirais à l'occasion. Merci du coup de main.