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Marquage fluorescent --> semi-quantification



  1. #1
    v_711

    Marquage fluorescent --> semi-quantification

    Hello !

    J'ai un petit souci technique que je ne parviens pas à résoudre seul.
    Suite à un marquage par immunofluoresence d'une protéine intracellulaire, j'observe des cellules sous binoculaire avec filtre.
    Ceci me permet de mettre en évidence la protéine d'intérêt.

    Je la prends en photo dans le but de faire une semi-quantification.
    Pour cela, j'utilise le "point counting" qui consiste à superposer un quadrillage sur l'image, et compter le nombre de point se trouvant sur une tache verte (fluorescence de la protéine matquée).

    Le procédé est long et fastidieux !!!!
    Surtout que les clichés abondent.
    De plus, même si 3 opérateurs effectuent le comptage, j'ai du mal à penser qu'un cerveau humain fasse preuve de la meilleure des objectivités...

    Je cherche donc un programme informatique qui me permettrait d'avoir une estimation plus rapide et plus objective de la "quantité de vert sur fond noir".
    Photoshop pourrait-il m'être utile ?
    J'ai entendu parler d'ImageJ, mais il me parait fort compliqué...

    D'avance merci pour vos réponse.

    -----


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  3. #2
    Flyingbike

    Re : Marquage fluorescent --> semi-quantification

    ImageJ est plus adapté que photoshop puisqu'il prévoit un nombre impressionnant de plugins pour aider le biologiste notamment dans la quantification. Je t'invite a regarder sur le site, ce logiciel est quand même très bien documenté.

  4. #3
    gorben

    Re : Marquage fluorescent --> semi-quantification

    Salut,

    Si ton image est propre et vraiment "vert sur noir" sans contamination, le plus simple c'est encore de sauvegarder une image en tif (ou jpg ou ce que tu veux) et de re-sauvegarder cette image mais en txt ou xls ou csv. Quand tu as la table avec la position des pixels et leur intensite, il te suffit de l'ouvrir sous excel et virer le bruit (par exemple tu fais la moyenne de toute la table et tu deletes tout ce qui est en dessous de l'intensite moyenne. Ensuite il te suffit juste de compter combien de pixels restent avec une formule sous excel.
    A+

  5. #4
    v_711

    Re : Marquage fluorescent --> semi-quantification

    Problème : mon image est loin d'être "vert sur noir".
    J'ai en grosse majorité des nuances de verts, mais aussi des taches parasites oranges, et quelques pixels bleus sûrement dus au bruit de fond.

    Je me suis lancé dans ImageJ ; mais le logiciel est assez ardu pour un néophyte n'ayant pas de notions d'infographie...
    Existe-t-il des tutoriels pour ce genre de manip ?

  6. #5
    Flyingbike

    Re : Marquage fluorescent --> semi-quantification


  7. A voir en vidéo sur Futura

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