OGM, Amflora pomme de terre

[invitef08a311f]

Salut à tous,
Je cherche des infos sur la patate OMG amflora, celle autorisée au commerce par Bruxelle il y a peu.
Plus précisément; des infos sur la méthode génétique et la modification précise (séquence) faites sur cette pauvre patate . Je connais les conséquences (baisse du niveau d'amylose par rapport à celui d'amylopectine) mais par quel processus exacte?

Il est très difficile de trouver des infos sur ce genre de points. Elles sont souvent gardée secrète par les industriels responsables du produit... J'en ai conscience mais je demande à tout hasard.

Merci d'avance.

Très bonne journée à tous.

Ben.
-----

[invite853321bf]

Si la modification fait l'objet d'un brevet (et je suis prêt à le parier) tu vas avoir du mal à trouver ces infos.
http://report.basf.com/2009/q2/en/se...basf_ir209.pdf
Tu as une info, ils auraient rajouté un gène

[invite2e21fee6]

D'après les informations que tu me donnes (sans aucunes certitudes) je te dirai que la méthode de modification génétique est certainement via une infection par Agrobacterium Tumefascience, qui est très facile d'utilisation pour permettre l'insertion de gène étrangers. Quant à la séquence utilisée je ne la connais pas.

Etant donné que la différence principale entre l'amylose et l'amylopectine est la présence ou non de ramifications en beta-1-6 on peut imaginer qu'une amyloglucosidase serait concernée. (éventuellement un simple knock-out)

[piwi]

Je ne suis pas callé du tout en biologie végétale, mais on peut faire un KO via agrobactérium?
J'imagine que oui, en pariant sur l'insertition d'un transgène dans le gène codant pour la cible, mais ca me semble quand même très aléatoire comme stratégie. Le crible doit être chiant à souhait et on est pas certain que ca sera propre au final.

Cordialement,
piwi

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite14397db8]

On pourrait utilise la même méthode que pour une souris non Je remplace X par Y+ gène de résistance à antibiotique?

[invite853321bf]

Balancer un gène de résistance à un antibiotique dans la nature ? Hautement improbable que ça soit mis sur le marché. Ta souris reste dans un milieu controlé donc ce n'est pas grave. Assurer que le gène ne sera pas diffusé dans la nature et rende des bactéries résistantes est impossible ou presque

[piwi]

Muter une souris en infectant un cal avec Agrobacterium?

Plus sérieusement, c'est une des techniques qui était utilisée au début dans la mutagénèse dirigée par recombinaison homologue. On introduisait un gène de résistance à la néomycine dans la séquence codante pour casser la phase de lecture et permettre un moyen de sélection des clones. Ca ne se fait plus trop je crois, simplement parce que l'on ne souhaite pas conserver le transgène neomycine.
D'ailleurs je trouve curieux qu'ils aient trouvé judicieux de conserver le transgène dans la patate Amflora. D'un point de vu expérimental, retirer les marqueurs de sélection est plus propre (encore faut il avoir prévu le coup dans la construction au départ). En plus c'est préter le flanc à toutes les critiques qui disent que l'on disseminer un gène de résistance à un antibio dans l'environnement.

Cordialement,
piwi

[invite9b06c290]

Bonjour,

Wikipedia est souvent un bon point de départ : http://fr.wikipedia.org/wiki/Amflora

je cite :

"Il y a eu des débats publics, car Amflora contient un gène marqueur de résistance (nptII), qui est connu comme un gène de résistance à un antibiotique médical, la kanamycine. En vertu de la règlementation européenne, la commercialisation de plantes génétiquement modifiées ne peut être autorisée que si elles ne comportent pas de gènes de résistance à des antibiotiques ayant une importance médicale. La Commission européenne a donc décidé en mars 2007 de demander à l'Agence européenne des médicaments (EMEA) un avis consultatif sur les risques de résistance à la kanamycine .

Sur la base de cet avis, concluant entre autres que le transfert de la résistance des plantes transgéniques à des bactéries était hautement improbable, que le gène nptII était déjà largement répandu dans la nature et présent chez la plupart des bactéries intestinales et la résistance à la kanamycine omniprésente dans l'environnement, l'Agence européenne de sécurité alimentaire (EFSA) a confirmé en avril 2007[2] qu' 'Amflora est sûr pour l'alimentation humaine, animale et pour l'environnement[3]."

[invite7825c20b]

Salut

Je sais pas comment ils ont fait, mais je signale juste que l'insertion du transgène avec Agrobacterium est aléatoire. Donc difficile de faire un KO avec.

Les banques de mutants faites avec Agrobacterium, c'est uniquement l'insertion aléatoire du T-DNA, et après faut rechercher où ça s'est passé.

Donc non, avec cette technique de transgenèse on ne remplace pas un gène par un autre. D'ailleurs, c'est le genre de chose qui nous fait rêver.

Il y a pas longtemps il y a un papier qui montrait qu'ils avaient réussi à faire de l'insertion plutôt dirigée si je me rappelle bien, mais à mon avis c'est encore expérimental.

[invite14397db8]

En y réfléchissant, c'est vrai que c'est assez limite quand même non? Les épandages massifs d'antibiotiques sur les cultures et leur utilisation en agriculture ont déjà posé d'énormes problèmes et maintenant ils utilisent directement les gènes de résistance...
Après, c'est probablement moins grave, puisque qu'on introduit pas de pression de sélection sur les bactéries. Mais y a rien à faire, ça me chiffonne un peu, pas vous?

[invite4ba74e05]

Bonjour à tous,

Est-ce qu'on ne peut pas imaginer une introduction de la séquence mutée à la place du gène d'origine par recombinaison homologue, comme on le fait chez les souris? Toujours avec le marqueur de résistance pour sélectionner.

[invite14397db8]

Bonjour,

Wikipedia est souvent un bon point de départ : http://fr.wikipedia.org/wiki/Amflora

je cite :

"Il y a eu des débats publics, car Amflora contient un gène marqueur de résistance (nptII), qui est connu comme un gène de résistance à un antibiotique médical, la kanamycine. En vertu de la règlementation européenne, la commercialisation de plantes génétiquement modifiées ne peut être autorisée que si elles ne comportent pas de gènes de résistance à des antibiotiques ayant une importance médicale. La Commission européenne a donc décidé en mars 2007 de demander à l'Agence européenne des médicaments (EMEA) un avis consultatif sur les risques de résistance à la kanamycine .

Sur la base de cet avis, concluant entre autres que le transfert de la résistance des plantes transgéniques à des bactéries était hautement improbable, que le gène nptII était déjà largement répandu dans la nature et présent chez la plupart des bactéries intestinales et la résistance à la kanamycine omniprésente dans l'environnement, l'Agence européenne de sécurité alimentaire (EFSA) a confirmé en avril 2007[2] qu' 'Amflora est sûr pour l'alimentation humaine, animale et pour l'environnement[3]."

Voilà qui répond à ma question, je n'avais pas vu ce message

[piwi]

Est-ce qu'on ne peut pas imaginer une introduction de la séquence mutée à la place du gène d'origine par recombinaison homologue, comme on le fait chez les souris?

J'avais posé cette question il y a quelques années à une prof et la réponse qui m'avait été donné et que ça ne marchait pas. La raison invoquée était que la membrane cellulosique posait problème. Je ne sais pas si cette limite a été levée depuis. Je pense que non, puisque l'on ne fait toujours pas de recombinaison homologue chez la plante.

Cordialement,
piwi

[kinette]

Bonjour,
Si mes souvenirs de génie génétique sont bons, quand la plante est cultivable à partir de cultures cellulaires, on peut prendre des cellules, les débarrasser de leurs parois cellulosique (protoplastes) et utiliser l'électroporation ou le bombardement avec des microbilles chargées d'ADN pour intégrer de l'ADN, ou encore la microinjection... Cette méthode n'est pas super propre: aucune maîtrise du nombre de copies insérées ni de l'endroit d'insertion, taux de succès faible...

Cordialement,
K.

[piwi]

Oui. Ces méthodes sont connues. Le problème est dans la recombinaison homologue.

[Bruno]

Plus précisément; des infos sur la méthode génétique et la modification précise (séquence) faites sur cette pauvre patate . Je connais les conséquences (baisse du niveau d'amylose par rapport à celui d'amylopectine) mais par quel processus exacte?

Il est très difficile de trouver des infos sur ce genre de points. Elles sont souvent gardée secrète par les industriels responsables du produit... J'en ai conscience mais je demande à tout hasard.

Suffit de savoir où chercher. Le site http://www.gmo-compass.org est un bon point de départ, suffit de taper "EH92-527-1" et on tombe sur ça :

The parental plant is potato (Solanum tuberosum) variety Prevalent. An introduced
granule bound starch synthase (gbss) gene from Solanum tuberosum in antisense relative
to the gbss promoter leads to a decrease in amylose content and a concomitant increase in
amylopectin content in tuber starch of amylopectin potato clone EH92-527-1. The
expression of neomycin phosphotransferase II by the nopaline synthase promoter from
Agrobacterium tumefaciens confers tolerance to kanamycin.
.../...
Plasmid DNA was introduced into the potato lines by Agrobacterium-mediated gene
transfer technology. In this case a binary vector system was used where the T-DNA,
containing the genes that are to be transferred, is found on one plasmid while the DNA
mobilising functions are found on a modified Ti-plasmid. Leaf discs from potato were
transformed after which A. tumefaciens was eliminated with Claforan (500mg/l). Shoots
were then generated under selection on kanamycin containing medium (50mg/l). A.
tumefaciens can be considered eliminated since the culturing of shoots on non-selective
medium does not lead to bacterial growth. This is standard technology for potato
transformation.

http://www.gmo-compass.org/pdf/regul..._feed_2005.pdf

[invite2e21fee6]

Bonjour,
Si mes souvenirs de génie génétique sont bons, quand la plante est cultivable à partir de cultures cellulaires, on peut prendre des cellules, les débarrasser de leurs parois cellulosique (protoplastes) et utiliser l'électroporation ou le bombardement avec des microbilles chargées d'ADN pour intégrer de l'ADN, ou encore la microinjection... Cette méthode n'est pas super propre: aucune maîtrise du nombre de copies insérées ni de l'endroit d'insertion, taux de succès faible...

Cordialement,
K.

Cette fameuse technique avec les microbilles tous les profs de bio végétale en parlent mais il n'existe que quelques machines au monde (Pour moi la plus proche est à Paris) et cette technique est, comme tu le souligne, fort aléatoire. Chez les plantes il existe plusieurs techniques de mutagénèse, le knockout ciblé le plus facile à produire reste en utilisant la RNAinterférence. Sinon on utilise agrobactérium ou aussi la technique du tilling en sachant que ça sera aléatoire.

Si aucunes de ces techniques ne semblent appropriées, on essayera de travailler avec des protoplastes pour lesquels les techniques de génétiques courantes fonctionnent plutôt bien.

Et en effet le problème le plus important vient de la paroi végétale, d'ailleurs chaque extraction doit comporter une étape de broyage mécanique afin de rompre la membrane.

[invite23579454]

bonsoir à tous

Pour plus d'information sur les OGM ,vous pouvez consultez la base de donné Agbios sur le site :http://www.agbios.com/dbase.php.En ce qui concerne la pomme de terre Amflora je n'ai rien trouvé , mais il y a 144 évènements de transformation sur ce site ou vous allez trouvé toutes les informations sur les méthodes de transformation , les gènes insérés et autres ...
Bonne lecture

[invite23579454]

Correction du site : http://www.agbios.com/dbase.php

[invitef08a311f]

yop,
Eh ben y'en a de la réaction J'ai pas le temps de tout lire maintenant mais je me ferrai un plaisir de le faire plus tard. Je continue à fouiner autant que je peux mais les détails vont certainement être dur à saisir.
J'ai découvert que tout est breveté, comme vous pouvez vous en douter, et l'accès à ces info est sans doute simplement impossible si on est pas employé de BASF, ce qui n'est pas mon cas

Merci à tous, je peux orienter mes recherches avec ce que vous m'avez donné et je me contenterai sans doute de ça.

Très bonne journée à tous.

Bencalif

[Bruno]

yop,
Eh ben y'en a de la réaction J'ai pas le temps de tout lire maintenant mais je me ferrai un plaisir de le faire plus tard. Je continue à fouiner autant que je peux mais les détails vont certainement être dur à saisir.
J'ai découvert que tout est breveté, comme vous pouvez vous en douter, et l'accès à ces info est sans doute simplement impossible si on est pas employé de BASF, ce qui n'est pas mon cas

Je ne sais pas si tu as déjà lu un brevet, mais c'est tout sauf confidentiel. Le principe même d'un brevet est que le détenteur y explique en détail son invention. Si BASF a déposé des brevets sur Amflora, il suffit de les consulter : http://www.epo.org/index_fr.html

Ceci dit je pense que les documents fournis plus haut devraient te suffire. L'inhibition de l'amylose s'est faite en utilisant la technique de l'antisens : http://fr.wikipedia.org/wiki/Antisens

[invite9fc27bc7]

et oui, la recombinaison homologue ne marche pas sur une grosses parties des angiospermes... Ou tout du moins elle n'est pas utilisable pour modifier le génome. Il me semble que les enzymes sont présentes dans le génome des plantes, mais après ... mystère. De mémoire ça fonctionne chez physcomitrella patens, mais c'est une mousse.

Sinon pour faire des KO chez les plantes, il y a bien sur la méthode du RNAi (mais qui peut avoir des problèmes de spécificité suite à la prise en charge de l'ARN double brin dans le RISC (RNA induced silencing complex)
ou bien la méthode plus récente encore du microARN artificiel qui lui est plus spécifique encore, réversible ( il suffit de réintroduire le gène d'intérêt avec des mutations silencieuses) plus d'infos dans la partie "help" de ce site http://wmd3.weigelworld.org/cgi-bin/webapp.cgi (c'est le protocole que j'utilise actuellement)

Sinon il me semble que la transformation de plantes via bombardement avec des billes qui contiennent le vecteur est transitoire (mais à vrai dire, j'ai un gros doute ...)

et sinon, dans l'ordre quand on transforme de l'arabidopsis c'est souvent:

T0: plantes transformées
T1: sélection des plantes transformées (in vitro sur antibiotique, kana, hygro, basta, ampi... )
T2 sélection des lignées 3/4 resistants 1/4 sensible ( génétique de Mendel, 3/4 1/4, donc une seule insertion ( logiquement)
T3: selection des homozygotes sur les plantes résistantes.

petite apart sur la kanamycine: in vitro, les plantes qui poussent sur kanamycine (même les plantes avec la résistance) sont moches. très moches. les feuilles brulées, des problèmes de développement... il y a même relativement fréquemment des pertes de résistance à l'antibiotique)

heureusement maintenant on sait faire des plantes transformées sans gène de résistance (bon pour amflora en 1996, je ne suis pas sur que les vecteurs/protocoles existaient)