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contamination PCR



  1. #1
    dormeuzes

    contamination PCR

    Bonjour,

    je suis tech de lab en génétique. Actuellement je rencontre un gros soucis avec une pcr. Mes blancs ne st plus blancs ms magnifiquement contaminés, bref au départ je croyais que je m'étais manqué dc je l'ai refaite verdict idem conta. Je l'ai dc refaite en refesant mon mix d'amorces, en changeant mon tp, mon mgcl2, mes dntp, j'ai mm fait un mix pour mes patients et un pour mes blancs (j'en ai fait 5 pour etre sure) et là rebellotte tt mes blancs st contaminés. Je suis au bord de la crise de nerfs, je ne peux pas rendre de résultats, j'ai un patient urgent ds le lot bref je suis bloquée et je ne vois pas d'où ca peut venir.

    Vous auriez pas une idée d'où ca peut venir, pke là j'ai épuisé tt mon stock d'idées. Avec une collègue on a relancé en double se soir avec chacune ses solutions et verdict demain ms je ne sais pas pkoi j'ai peu d'espoir.....

    Merci d'avance.

    -----


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  3. #2
    kamor

    Re : contamination PCR

    As tu nettoyé tes pipettes? ta paillasse ?
    Ca m'était arrivé une fois avec la Taq. On faisait une PCR 16S universelle, et dans le guide de la Taq il était indiqué qu'il pouvait rester un peu de 16S des bactéries qui l'avaient produites.
    Sinon... je vois pas

  4. #3
    dormeuzes

    Re : contamination PCR

    Ben apparemment je suis la seule à rencontrer ce soucis sur tt le labo (on a une piece pré pcr).

    Et en fait , quand j'ai fait cette pcr, j'en ai fait deux autres (mm gene ms différents exons dc seules les amorces étaient différentes) et sur deux pcr impec pas de conta (alors que mm tp, mgcl, dntp et taq) et celle là conta (c'est une pcr qui se contamine très facilement ms là il y a réellement un soucis).

    Si demain, mon blanc est pas blanc on va voir pour décontaminer la salle ms comme je suis la seule......

    Heureusement que je travaille avec une biologiste compréhensible ms là, je seche complètement et je n'aime pas du tt ca.

  5. #4
    Flyingbike

    Re : contamination PCR

    souvent le problème vient de l'eau, mais il ne faut pas s'inquiéter, les problemes de PCR peuvent rester inexpliqués pendant des mois et disparaitre sans prévenir...

  6. #5
    dormeuzes

    Re : contamination PCR

    On utilise une nouvelle ampoule d'eau stérile à chaque fois...Le seul soucis c'est que là on ne peut pas se permettre que ca dure on est un des seuls labos à faire le diagnostique de cette patho.....j'ai plus qu'à patienter...

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Flyingbike

    Re : contamination PCR

    truc idiot mais qui marche des fois : tu as essayé de changer de poste pour préparer la PCR ?

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  10. #7
    dormeuzes

    Re : contamination PCR

    Oui c'est ce que j'ai fait pour mon 3eme essai (et j'espere le bon)!!

    On nous a mis en service des nouvelles pipettes spéciales pour le dépot d'adn aussi dc je me demande si ca vient pas des pipettes (ms ds ce cas mes deux autres pcr auraient du etre conta je pense)

  11. #8
    kamor

    Re : contamination PCR

    Si tu n'utilises pas des cônes à filtre, ça peut également venir des pipettes, oui

  12. #9
    dormeuzes

    Re : contamination PCR

    Tt les cones st à filtre.....;;Bon bilan en fin de journée je lance mon gel ds 1h!

  13. #10
    dormeuzes

    Unhappy Re : contamination PCR

    Bon je suis au bord de la crise de nerf!!!

    La derniere fois avec ma collegue on a fait des essais en parallèle elle tt de neuf et moi les mm que la fois d'avant et là oh miracle, mon blanc est sorti blanc. Donc aujourd'hui je relance ma pcr et voilà que mes blancs st de nouveaux contaminés, je ne vois absolument pas d'ou ca peut venir, on a épuisé ttes les pistes là je ne vois pas.

    Je sens que je vais attendre la semaine prochaine que mon binome revienne tt lui filer et passer à autre chose.

    Bon si jamais vous auriez des idées auxquelles je n'ai pas pensé je suis preneuse

  14. #11
    Flyingbike

    Re : contamination PCR

    j'avais eu un cas similaire ou tout avait été changé (manipulateur, réactifs, machine, pipettes, pièce, stock d'amorces...).
    On avait fini par passer des choses aux UV avant la PCR.
    Ca a disparu sans qu'on sache pourquoi, meme si des fois ça revient.

  15. #12
    kamor

    Re : contamination PCR

    C'est vrai ça! ça m'est arrivé avec ma PCR l'année dernière, j'ai arrêté quelque temps puis depuis pas de problème de conta. Un mystère de plus
    Sinon y a forcément un petit truc qui n'était pas pareil, peut être parce que ta collègue était là. Pas utiliser les mêmes pipettes, la même paillasse... ou même un truc plus anodin en apparence.

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  17. #13
    jmbowie

    Re : contamination PCR

    Citation Envoyé par kamor Voir le message
    C'est vrai ça! ça m'est arrivé avec ma PCR l'année dernière, j'ai arrêté quelque temps puis depuis pas de problème de conta. Un mystère de plus
    Sinon y a forcément un petit truc qui n'était pas pareil, peut être parce que ta collègue était là. Pas utiliser les mêmes pipettes, la même paillasse... ou même un truc plus anodin en apparence.
    Peut-être la blouse aussi. En manipant tu peux mobiliser de l'ADN qui est sur ta blouse via des aérosols
    Blast up your life!

  18. #14
    dormeuzes

    Unhappy Re : contamination PCR

    Je viens de la relancer pour la je sais pas combientieme fois, si là ca marche pas, je baisse les bras et lundi je file le bébé à mon binome!!

    Pour la blouse en salle pré pcr on en a pas on les laisse à l'entrée, dc je ne vois pas.........

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