Adn

[Kavey]

Bonjour, quelqu'un pourrait-il me dire ce que sont les brins retardé et avancé? Ainsi que les Fragments d'Okazaki car je ne trouve aucun sujet disant clairement ce qu'ils sont =S

Merci d'avance pour votre aide.
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[AstroBax]

Il me semble que google pourrait déjà t'aider pas mal, parce que ya suffisamment d'infos pour répondre à tes questions, mais bon, je te réexplique le tout:


http://fr.wikipedia.org/wiki/Fragment_d%27Okazaki

prend un morceau d'ADN à répliquer, le premier point est de séparer les deux brins. lorsque l'ADN va s'ouvrir en un certain point, il y crée un fourche de réplication, c'est à dire qu'au final, on aura un morceau d'ADN "ouvert" dénaturé, entouré par 2 morceaux d'ADN encore double brins. Imagine maintenant que une ADN polymérase arrive là pour créer le brin complémentaire au brin du haut (sur le schéma). Comme elle ne fonctionne que dans le sens 5'->3', elle va partir du milieu, et avancer vers un coté, puis la fourche de réplication va augmenter et la ADN polymerase va pouvoir continuer à avancer. Le brin qu'elle produit est le brin avancé.


Le truc, maintenant, c'est que la fourche de réplication progresse dans les 2 sens. Prend le brin du bas de l'image, au fur et à mesure que la fourche augmente, il n'y a pas de d'ADN polymérase qui va pouvoir synthétiser le brin, vu que dans ce cas, elle devrait travailler dans le sens 3'->5'. Donc à chaque fois que la fourche augmente d'une certaine distance, une nouvelle polymérase va venir s'installer et synthétiser un brin de cette même (petite) distance, et ainsi de suite. C'est c'est que l'on appelle le brin traînard, ou brin retardé, ou fragments d'Okazaki, ou encore brin discontinu.
Après, ya juste encore une ADN ligase qui va venir pour lier tous les fragments d'Okazaki ensemble... et voilà, tu as ton nouveau brin tout neuf...

Astro

[Edelweiss68]

Bonsoir,

C'est c'est que l'on appelle le brin traînard, ou brin retardé, ou fragments d'Okazaki, ou encore brin discontinu.

Il me semblait que le nom de "brin retardé" s'appliquait au brin servant de matrice et non pas au brin nouvellement synthétisé non? Apparemment, j'étais dans le faux!

[AstroBax]

C'est vrai que j'avais jamais utilisé "brin retardé", mais toujours "brin traînard", mais comme je savais que tous ces brins ont au moins 5 noms différents dans chacune des langues possibles et innimaginable, je me suis permit de croire que c'était bien la même chose.
En effet, j'aurais pu être faux avec ce raisonnement mais à voir, c'est bien ça

[A voir en vidéo sur Futura]

[Kavey]

Imagine maintenant que une ADN polymérase arrive là pour créer le brin complémentaire au brin du haut (sur le schéma). Comme elle ne fonctionne que dans le sens 5'->3', elle va partir du milieu

Mais quand tu dis que l'ADN polymérase fonctionne dans le sens 5'->3', tu parles de ce sens comme si c'était le sens du brin complémentaire c'est bien ça?
Je ne sais pas si je me suis bien exprimé =S

[Kavey]

Non oubliez je n'ai rien dit...

[Kavey]

Bonjour, je déterre un sujet que j'ai lancé il y a longtemps mais je me suis rendu compte que je m'embrouille...

En fait ce que je ne comprends pas bien c'est pourquoi tu dis cela AstroBax : "Le truc, maintenant, c'est que la fourche de réplication progresse dans les 2 sens. Prend le brin du bas de l'image, au fur et à mesure que la fourche augmente, il n'y a pas de d'ADN polymérase qui va pouvoir synthétiser le brin, vu que dans ce cas, elle devrait travailler dans le sens 3'->5'." Car d'après le schéma que tu donnes, je vois que sur le brin du bas, l'ADN polymérase travaille (synthétise) dans le sens 5'-3' alors pourquoi y a-t-il formation de fragments d'Okazaki? En fait je ne vois pas ce qui diffère du brin du haut... Car d'après ce que je vois, l'ADN polymérase lit bien le brin parental dans le sens 5'-3' et synthétise dans le sens 3'-5'.

Merci d'avance de m'expliquer à nouveau cela, et de revenir sur un sujet si lointain.. ^^"

[JPL]

Mais tu vois bien que sur le brin du bas d'ADN-polymérase se déplace dans le sens 5' -> 3' du brin ancien, c'est-à-dire en sens inverse de ce qu'il faudrait pour la synthèse du nouveau brin. Autrement dit le nouveau brin ne peut absolument pas être synthétisé en continu, contrairement à ce qui se passe pour le brin du haut.

[Kavey]

Oui je suis d'accord, mais dans ce cas là pourquoi la primase ne laisse-t-elle pas simplement une seule amorce en fin du brin orienté 3'-5', donc proche du 3'OH, pour qu'ensuite la DNA pol III vienne tout synthétiser en une seule fois? Je ne sais pas si tu vois ce que je veux dire... Si tu ne comprends pas je peux essayer de faire un schéma.

[JPL]

Euh ? Tu veux dire que le brin retardé serait synthétisé d'un seul bloc à la fin ? Mais à la fin de quoi ?

Mais peut-être n'ai-je pas compris ce que tu voulais dire.

[Kavey]

Disons que l'hélicase a ouvert le brin d'ADN entièrement, jusqu'à l'extrémité 5' du brin 5'-3' et jusqu'à l'extrémité complémentaire 3'OH, comme illustré sur le schéma ci-joint.

Ma question, est pourquoi le complexe hélicase/primase ne peut tout simplement pas laisser la DNA pol III, "attendre" que la primase met en place l'amorce en fin de brin 3'-5', pour ensuite synthétiser le brin complémentaire en une seule fois, au lieu de poser plusieurs amorces sur le brin 3'-5' pour donner un brin retardé?
Ma question doit être idiote mais bon je préfère la poser quand même et savoir pourquoi je ne dois plus penser comme ça...

Merci d'avance pour votre aide.

[JPL]

D'abord le déroulement se produit de proche en proche localement et se referme derrière. Or là il faudrait imaginer que la double hélice reste ouverte sur une longueur invraisemblable et que l'ADN-polymérase revienne en arrière ! C'est pourquoi j'avais écrit "Mais à la fin de quoi ?". À la fin de la molécule d'ADN ?
On sait depuis une éternité que la double hélice ne peut pas se dérouler entièrement comme tu l'as écrit.

[Kavey]

D'accord donc c'est dû à l'ouverture locale de la double hélice d'ADN que la primase pose plusieurs amorce d'ARN, c'est bien ça? =)
Par contre, pourrais-tu m'expliquer pour quelle raison l'ADN ne peut pas se dérouler entièrement comme je le pensais?

[noir_ecaille]

Pour une question de volume, tout simplement

La molécule d'ADN est en fait une archive ultra compacte, en même tant que "complète". Faute de place pour dérouler l'intégralité de la molécule, on a d'abord une dé-super-compaction locale, suivie d'une décompaction encore plus localisée, et enfin un déroulement de l'hélice qui sera sur une toute petite portion ouverte afin de créer deux nouvelles molécules d'ADN -- aussitôt compactées et aussitôt après super-compactées.

[Kavey]

Ah d'accord ^^ mais la réplication de l'ADN est bien intégrale non? Je veux dire qu'on réplique tout le brin d'ADN?

[JPL]

Oui mais de proche en proche. En fait le long d'un chromosome il y a plusieurs points de réplication simultanés (on parle de fourches de réplication) pour accélérer les choses.

[Kavey]

J'étais au courant pour les fourches de réplications, mais donc dans ce cas pourquoi parle-t-on de réplication intégrale de l'ADN, alors qu'on ne peut pas dérouler tout le brin d'ADN à répliquer? =S Si on ne le déroule pas complètement comment peut-on répliquer entièrement l'ADN?

[noir_ecaille]

Aussitôt déroulé, aussitôt dupliqué.
Aussitôt dupliqué, aussitôt réenroulé.

[JPL]

Les brins sont recopiés de proche en proche (un peu de la même manière que dans un magnétophone on ne lit pas toute la bande d'un seul coup, mais progressivement. Mais on finit par la lire en entier). Il y a juste une petite complication technique due à la présence de plusieurs fourches de réplications : les divers "morceaux" produits par ces fourches doivent être ensuite reliés les uns autres autres par des ligases pour former un brin continu.