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Question sur les concentrations en dNTP



  1. #1
    kamor

    Question sur les concentrations en dNTP


    ------

    Bonjour, c'est une question un peu bête que je me pose mais bon...
    quand on dit qu'on met par exemple, 200µM de dATP, 200µM de dTTP, 200µM de dCTP et 200µM de dGTP, la concentration en dNTP sera de 800µM ou 200 ? Intuitivement je dirais 800, mais on peut aussi considèrer que dNTP, c'est les quatre en même temps.
    Merci pour vos réponses

    -----

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  3. #2
    Flyingbike

    Re : Question sur les concentrations en dNTP

    haha la question classique ! dans un mix a 10mM, tu as 10mM de chaque dNTP. Ca correspond a une concentration en nucléotides de 40mM.

    Si tu as des nucléotides séparés a 100mM chacun, en faisant un mix volume a volume, tu te retrouves avec 25mM de chaque, ou 100mM de nucléotides.

    Dans ton exemple, la concentration de chaque se retrouve a 50 (dilution facteur 4) et la concentration de nucléotide est a 200. Dans une PCR quand on parle de 10mM dNTP, c'est généralement 10mM de chaque.

  4. #3
    LXR

    Re : Question sur les concentrations en dNTP

    Citation Envoyé par Flyingbike
    Dans ton exemple, la concentration de chaque se retrouve a 50 (dilution facteur 4) et la concentration de nucléotide est a 200.
    Je suis pas d'accord. Dans l'exemple de Kamor, il est bien précisé que chaque dNTP est à 200 µM. On a donc pour son exemple une concentration générale en dNTP de 800 µM. Pour une concentration en dNTP de 200 µM alors on aurait une concentration en chaque nucléotide de 50 µM.

  5. #4
    kamor

    Re : Question sur les concentrations en dNTP

    Merci ça me conforte dans ce que je pensais. J'avais entendu les deux réponses. Reste plus qu'à savoir qui a raison même si comme je l'ai précisé, la réponse de LXR me parait plus... logique.

  6. #5
    LXR

    Re : Question sur les concentrations en dNTP

    Non je n'ai pas contredit ce que disait Flyingbike. C'est juste qu'en prenant ton exemple il a fait une erreur en considérant dans le calcul que 200 µM était la concentration générale en dNTP. Il a donc divisé par 4 pour retrouver la concentration en chaque nucléotide alors que c'est cette concentration que tu donnais à 200 µM.

    Pour les dNTP que j'utilise, il est précisé 10 mM each, c'est donc à 40 mM en dNTP.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    kamor

    Re : Question sur les concentrations en dNTP

    Euh... franchement j'ai relu 3 fois les explications, et vous ne dites pas la même chose.

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  10. #7
    Flyingbike

    Re : Question sur les concentrations en dNTP

    bah ca depend de si on parle de mixer des dntp a 200µM chaque, ou si on fait une solution qui contient 200µM de chaque (ce qui n'est pas absolument évident dans l'exemple de kamor). Dans ce dernier cas bien entendu elle reste a 200µM. Sinon d'accord avec LXR, quand on dit une solution a 10µM dans un protocole, en général c'est de chaque

  11. #8
    LXR

    Re : Question sur les concentrations en dNTP

    Embrouille de langage.

    Je pense que Kamor voulait dire 200 µM de chaque dNTP dans le mélange réactionnel final, donc 800 µM au total en nucléotides.

    Toi tu as considéré qu'il voulait préparé un mélange réactionnel avec chacun des dNTP à 200 µM. Là bien entendu dilution oblige par ajout de chacun d'eux, ce qui ne modifie pas la concentration finale en dNTP totaux qui est de 200 µM, mais qui en revanche modifie la concentration de chacun des dNTP (50 µM pour chacun).

    Maintenant, à Kamor de nous dire de quelle façon il formulait son exemple : concentration de chaque dNTP dans le mix final de dNTPs, ou concentration de chaque dNTP avant de préparer un mix de dNTPs.


    PS à Kamor : A noter que tu as fait une erreur en écrivant ton exemple, car on n'ajoute pas une concentration, on ajoute le volume d'un produit de concentration donnée.
    Dernière modification par LXR ; 29/04/2010 à 16h58.

  12. #9
    kamor

    Re : Question sur les concentrations en dNTP

    Là je donne raison à LXR, il a bien réussi à comprendre ce que je voulais dire.
    Non en fait, je ne pensais pas additionner les concentrations, mais je me demandais si on considérait que 1 mole dNTP = 1 mole de l'un des quatre, ou si 1 mole dNTP = 1 mole constitué dATP, dTTP, dCTP, dGTP.
    Je sais, ça peut paraitre bizarre comme raisonnement mais bon
    Merci en tout cas à vous deux.

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